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、金安節、蘇行衝、陳子卿等人認為，道是宇宙的本體，道主宰器，形而上在形而下之先，因此：雖然道在器中，體在用中，但二者不相雜，可以分離。
沈元、陳旉、陸宸、周執羔等反對派則認為，“有形，而後有形而上”，形而下之器是形而上之道的基礎，因此：道不離器，體不離用，不能分割，唯有主次。
因為學者們的分歧，理學內部分成了三派，其中沒有明確表態的一派是中立派。
名可秀屬於沒有明確表態的中立派，但在兩派的爭論中，她的思想也經歷了一個碰撞、反思和轉折。
理學內部的爭論持續了三年，直到蔡發去世還沒有定論。因為學者們的分歧，已經對理學的發展造成了影響，雖然這個影響還沒有顯形於外，但內部學者團體已出現了對立的跡象，如果不解決這個爭端，很可能會造成理學的分裂。
名可秀這些年一直在著寫《中庸正義》，但並不是閉門造車，理學的兩個議題之爭她一直在關注，隨著她中庸思想的深入，也在反覆思考她釋義的格物致知和理學的道器之爭。
與其他學者相比，名可秀有一個長處，就是宏觀與系統能夠很好結合，也即是說，她的抽象思維和理性思維的結合比任何一位儒家學者都要強。
儒家學者們，包括創始人孔子在內，都是以抽象思維見長，理性思維相對較弱。只有像沈元、陳旉、高宣、陸宸這些長年致力於物理和應用的儒家學者才具有比較強的理性思維，但這類儒家學者比較少，而他們的抽象思維卻因理性思維過強往往受到侷限，所以在思想上很難有大的建樹，譬如張衡、祖沖之、沈括、蘇頌都是這種，物理百科成就很厲害，但思想成就則不顯。先秦諸子百家的聖哲中，也唯有墨子，這兩種思維結合得最好，故能同時創立出墨家的思想體系和名辯物實邏輯體系。
名可秀具有兩種思維結合的特性，這決定了她既能理性辯證地分析問題，又能創新思想解決問題。
她經過長期的反思，分析、歸納理學內部的爭論觀點，就道器之爭上，她認為應該以中庸的思想來對待道、物的區別，它們的先後關係不是絕對的，道生萬物，是道在物先，但道不是平空就有的，混沌生太極，太極這個道是又因混沌這個物而生，故而，道與物的先後是相對的。
中庸就是一種相對的思想，名可秀認為，治學上要多用相對論，不要用絕對論。所以，不能過於強調道與物的區別，否則將導致一般與個別、本質與現象割裂的傾向，這會使儒學走上形而上、空談天理而不重實踐的道路——這是認同沈元、陳旉等人的“道不離器”論。
但是，她又贊成蘇澹和已辭世的蔡發的提議，將“格物之理”從理學中分出去——這就是摒棄了她原來對理學的三個層級定義。
大憲十六年的二月初二，在理學開年第一次理事會議上，名可秀正式提出了她的新學說，闡明瞭她的意見，這標誌著理學內部長達四年的格物致知之爭和道器之爭終於落定。
名可秀首先提出的，是新的“格物致知”說。
“格物、致知”，這是《大學》提出的。從東漢鄭玄作註解起，到宋代諸儒，“格物致知”的意義一直是爭論不休的熱點議題。名可秀在她所著的《大學正義》中，對格物致知有創新的釋義：窮究事物道理，致使知、性通達至極。即：研究事物而獲得知識、道理。知識是物理，道理是人性、天道之理。
名可秀的釋義與其他儒家的區別在於：不是司馬光的“抵禦外物誘惑，而後知曉德行至道”和程顥的“窮究事物道理，知性不受外物牽役”，視物理為修德性的物慾而斥於外，也不是程頤的“窮究事物道理，致使自心知通天理”的踏腳石的存在；而是認為物理與天理、人性是並行、同行的存在。
名可秀的這個釋義提高了“物理”（自然科學）的地位，是理學成立的基礎，但是也存在著問題，即理學內部爭論的——怎麼從格物理致知天理？
不解決這個問題，就會混淆人心和道心，這也是名可秀的格物致知釋義中存在的不足——雖然她的釋義沒有將二者混同，但也沒有明確分開，在這上面是模糊的，所以造成了理學派在實踐應用中的分歧。
理學派內部因為格物學科而起的爭論衛希顏是知道的，但她並不是理學的成員，雖然是她給理學提了個名，但當時是作為鳳凰書院的創始山長給初立的理學派“贈”了個名，她自己是道家的身份，不會參入到儒學派系中——何況，她不通儒學。所以，名可秀對格物致知和理學定義的反思，衛希顏是幫
