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集中在熊廷弼身上；葉向高認為畢竟熊廷弼和王化貞的矛盾是楚黨和東林的黨爭；而讓葉向高王化貞師徒兩個負擔整個東林黨的風險；也是實在是坑爹……。
但是楊漣左光斗等人卻不這麼看；他們認為熊廷弼雖然是楚黨；卻是完全可以拉進來東林黨來的；事實上熹宗初立，此時楊鎬的叔父楊淵怪熊廷弼不肯保奏楊鎬，反把他押解進京，所以聯手與熊廷弼不睦的御史馮三元、大學士顧慥、尚書姚宗文等上疏彈劾熊廷弼，說熊廷弼在邊地假名增稅，勒索小民，聲言築城禦敵，實是誤國欺君。明熹宗下詔熊廷弼於獄。左輔楊漣上疏挽救，才下旨革熊廷弼職。
而熊廷弼立刻接過了楊漣左光斗等人的橄欖枝；為了對東林黨表示好意；站在東林黨一邊對魏忠賢大加攻擊；傳言有楊漣彈劾閹黨的奏疏就出自熊廷弼之手！
天啟二年三月二十一日熊廷弼上《辯張本兵疏》，指出閹黨張鶴鳴是王化貞的後1臺，廣寧失守的真正罪魁禍首：“河西所以斷送之，故雖由撫臣王化貞而主令決戰以致其七進七退環兵速敗者，張鶴鳴也。縱恿用間用賄用兵遼將以致於佯退賣陣謀縛獻者，張鶴鳴也。兵馬錢糧器械盡送廣寧，不容關上留用，不為登、津處窘經略如窮人無歸者，張鶴鳴也。駐紮關上排程三路有救嚴勒兵將控扼山海，有論廣寧進兵方出策應屢付兵馬下部議覆皆有旨而皆抗違不遵，百計破壞者，張鶴鳴也。”楊漣、左光斗等東林黨人發現如果犧牲王化貞，甚至可能透過打擊閹黨張鶴鳴來最終打到魏忠賢，也紛紛開始保熊，攻擊王化貞！
而王化貞老師葉向高與魏忠賢的關係也是相當可疑，魏忠賢重修西山碧雲寺，葉向高為之撰記，對魏忠賢大為稱頌。魏忠賢殺王安，葉向高也上疏指斥王安，支援魏忠賢。東林干將周宗建上疏彈劾魏忠賢，葉向高又壓制周宗建，稱讚魏忠賢“即滿腹詩書者不能道，奈何以不識字自謙哉”，事情不了了之。以東林後來的標準，葉向高肯定夠上逆案名單，而且名在前列。
楊漣一事，葉向高也是試圖將東林和閹黨雙方都壓下，楊漣等人遂痛恨葉向高，有些東林甚至認為葉向高是閹黨智囊。葉向高自己在奏疏中批露：“舉朝鬨然，即臣等亦被其指摘。甚者疑為忠賢畫策，當以焦芳同傳矣”。
於是隨著王化貞這個導火索，
楊漣和葉向高的矛盾已經不可調和了。
【這一點，當年明月這位著名作家還感慨了一番——實際呢，我覺得這位
著名作家看世界純是文學家的視角，根本不知道政治鬥爭的複雜性，以為東林黨就是一個嚴密的組織，結果很多事都沒看懂】天啟二年（1622年）二月，明政府將王化貞、熊廷弼逮捕聽候審理，後經刑部和大理寺的審判，二人處以死刑。楊漣、左光斗等人上書替熊廷弼辯解，與此同時，為了保護自己的老師葉向高，王化貞和魏忠賢勾結，讓魏忠賢得以用受賂的罪名擊倒楊漣左光斗等人，楊漣左光斗一派的東林黨人皆入大獄，然後紛紛被殺……。
魏忠賢能速勝東林黨，和東林黨內東林黨人中的葉派；和楊漣左光斗等人的楊派內鬥，無法形成合力，有著巨大的關係。
而由於王化貞倒戈，不但保住了自己的性命，葉向高也得以辭官，算是逃過了牢獄之災……
當然因為葉向高威望極高，楊漣左光斗等人的楊派其實都是葉向高提攜，保護的，甚至可以說沒有葉向高，就沒有東林黨，雖然阿諛魏忠賢，東林黨人也不敢把葉向高說成是閹黨，而且葉向高和楊漣左光斗等人的楊派關於熊廷弼王化貞誰承擔主要責任的鬥爭，也是為了自保，情有可原，不過王化貞這個導致東林黨全盤崩潰的叛徒，就無論如何不能說是東林黨了，甚至有人把他說成是閹黨【雖然這哥們一直到崇禎五年（1632）被斬首時，之前一直在蹲大牢，魏忠賢都沒救他出來】。
政治這東西，大人物才有權選擇自己的立場，在文貴武賤的明朝，毛文龍只能被東林，被閹黨，由於王化貞反戈一擊，成為東林黨的眼中釘肉中刺，於是毛文龍就不幸的被打成東林叛徒，甚至閹黨的門人，被開除出東林黨了——當然，這只是一部分東林黨人，比如錢龍錫等人的意見，而孫承宗和錢謙益等東林黨人依然認為毛文龍是東林黨人，錢謙益曾作〈寄東江毛總戎文龍〉，孫承宗曾作〈塞翁吟〉詩詞來肯定毛文龍的功勞。
138倒黴的毛文龍
而毛文龍倒黴的地方還不止於此，魏忠賢為了佔據大義，指責熊廷弼放棄了山海關外的所有據點，這是明朝所有叛徒漢奸想做卻做不到也不敢做的事情，根
