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對於這一點；邊防的將帥是心知肚明；袁崇煥也曾經上奏說：“孰知毛文龍徑襲遼陽，故旋兵相應。使非毛帥搗虛，錦寧又受敵矣。”
後來袁崇煥殺毛文龍之後；老於兵事的兵部尚書王在晉指出：“‘毛文龍徑襲遼陽，故旋兵相應，寧錦之圍解，文龍與有力焉。’此出於崇煥之自陳，劇稱其牽制之功，則文龍何可殺耶？文龍殺而虜直犯京城，明知而故悖之，崇煥之禍其真自取矣！”充分肯定了毛文龍的存在，是大明邊防的重要保障，毛文龍一死，後金便可長驅直入京師。
毛文龍在時，後金對明朝軍事行動都很短暫，也不敢走遠。而毛文龍被殺後，後金欣喜異常，彈冠相慶，史載“清主大喜，置酒高會”，後金首領皇太極立刻起傾國之兵入關直撲北京，史稱“己巳之變”。此後一直到明朝滅亡，後金（清）時常直犯中原，如入無人之境，保定、濟南、兗州、高陽、固安、良鄉等許多城市被屠城，數百萬百姓遭到擄掠，這時候人們才意識到毛文龍的作用，但為時已晚。
而且毛文龍身為儒將；不是單純的和後金硬碰硬；長期以來，毛文龍派遣了大量人員到後金統治地區刺探情報，擾亂人心，鼓舞遼民反抗，“將軍之細作，時達遼瀋，飛書遍投”具體說來；就是對後金的滿漢軍官進行策反；迫使他們反正；至少也要傳遞情報；不能絕對忠於滿清。
對於鐵桿的漢奸；韃子毛文龍靈活的使用反間計；投書於頑固不化的後金官員、將領，又故意洩露裡面一些模稜兩可的作用，藉助努爾哈赤多疑；好殺的性格；造成後金的猜忌、自相殘殺，借敵之手以滅敵；起到了戰場上做不動的作用。
史載後金“大帥名阿骨者，極驍勇，善用兵……毛將軍用間以離之，奴竟殺阿骨。”天啟三年（1623年）十二月，毛文龍再次用反間計除去後金大將柯汝棟、戴一位。
對於毛文龍虛虛實實；真真假假的反間計努爾哈赤毫無辦法；只能一次次的招降；請求毛文龍中立；到天啟五年（1625年），後金首領努爾哈赤又抓住了一些毛文龍派出的奸細，束手無策的努爾哈赤；於是在天啟四年（1624年）招降失敗後，又一次至書毛文龍招降，毛文龍亦未理睬。
努爾哈赤之死；其實還是個疑案；
努爾哈赤戰敗於寧遠，是1626年正月，至八月二十日死，其間八個多月。
大量史料記載看，在這八個多月中，努爾哈赤並沒有去治病，而是“整修舟車，試演火器”，並且到“遠邊射獵，挑選披甲”，積極準備再進攻寧遠，以復前仇。四月，親率大軍，徵蒙古喀爾喀，“進略西拉木輪，獲其牲畜”。五月，毛文龍進攻鞍山，後方吃緊，這才回師瀋陽。六月，蒙古科爾沁部的鄂巴洪臺吉來朝，他親自“出郭迎十里”，全不像“重傷”之人。
但是畢竟也不能排除傷口感染；疾病潛伏期長的因素；史書同樣記載同年七月中，努爾哈赤身患毒疽。痛苦難忍；於是一向謹慎小心的努爾哈赤於天啟六年（1626年）八月間，在死前曾出瀋陽，前往狗兒嶺附近的湯泉洗浴。毛文龍安插在瀋陽城裡的奸細耿仲明，立刻探知這一情況並飛報東江。毛文龍派遣了千總毛永科、石景選率領一個百餘人的小分隊於八月初十夜襲湯泉，努爾哈赤八月十一日回城並死於途中。
毛文龍自己也是以東林黨人自居；還多次被閹黨成員潘士聞、楊國棟等彈劾；也堅決不立魏忠賢的生祠；那麼為什麼又被東林黨人錢龍錫和袁崇煥陷害；假傳聖旨處死了呢？
這就得講一下大明官場的潛規則了。大明朝的官場；推薦重用的人決定了一個人的官場派系…而推薦毛文龍的是東林黨人王化貞；王化貞這個人是葉向高的弟子；屬於東林黨人中的葉派；和楊漣左光斗等人的楊派不是一個派系的。
廣寧慘敗之後；面對虎視眈眈的魏忠賢；東林黨人中的葉派；和楊漣左光斗等人的楊派圍繞著慘敗而歸王化貞的問題；起了一場內鬥；
楊漣左光斗等人的楊派從實際出發；認為王化貞的罪責廣寧慘敗之中的罪責明顯大於熊廷弼；這個事情說不過去；主張放棄王化貞；不給魏忠賢藉口。但是如果王化貞承擔主要責任；那麼魏忠賢可以藉此打擊王化貞的老師葉向高………史實上是熊廷弼死；王化貞入獄；葉向高就不得不辭去首輔的職務；一旦王化貞承擔主要責任；葉向高的下場就很難說了。
因此圍繞著王化貞熊廷弼誰承擔主要責任的問題；葉向高和楊漣左光斗等人的的矛盾激化了；雖然葉向高是一個正人君子；不過為了自己不被牽連；也不得不火力
