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奠定學術自由、教學自由、學習自由的原則以來，“思想自由、相容幷包”就成為了全世界大學的基本價值和基本準則。蔡元培曾三次留學德國，並曾在洪堡大學學習過，所以深受洪堡和德國大學精神的影響。
此外，蔡元培認為，在中國教育傳統中，在《中庸》等儒家經典中，也已蘊含著這一種精神。如《中庸》有言，“萬物並育而不相害，道並行而不相悖”。只是自漢武帝採納董仲舒的建議，實行罷黜百家、獨尊儒術以後，思想界長期受封建專制統治，根本不可能有思想自由。因此，蔡元培認為，要改革中國教育，就必須循“思想自由之原則”。
長眠香江
抗日戰爭爆發後不久，上海淪陷，國民黨政府遷都重慶，中央研究院也遷往內地。蔡元培因不願隨蔣介石去重慶，改從上海赴香港，準備轉赴昆明，主持中央研究院院務。但是到達香港之前，蔡元培剛剛得了一場傷寒病。已經近70歲的老人，面對前面的長途跋涉，十分擔心能否安全到達昆明。無奈之下，只好先滯留香港。
1937年12月26日，夫人周養浩攜子女也到港，全家在九龍柯士甸道156號租房居住。
蔡元培在港期間，除了讀書閱報之外，絕無其他消遣。由於怕受人注意，因此很少跨出大門。香港住宅，又很狹窄，三四個房間，便成為他日常活動的小天地，生活的枯燥，是可以想像的。
在枯燥、清貧、寂寞中，蔡元培的生命漸漸地走到了盡頭，這盞光照中國思想界的明燈即將熄滅。
1940年3月3日早晨，蔡元培起身後到浴室去時，在浴室門邊，忽然感到一陣頭暈，失足摔倒，吐了一口鮮血。於是趕緊找來商務印書館的一位特約醫師朱惠康，朱醫生看過後未找出病源。這天晚上，他一宿都未睡好。
第二天上午，朱醫生過來複診，認為可能是胃潰瘍，因為家裡人手不多，照料不便，因此建議送到養和醫院去診治。到了養和醫院，朱醫師又診斷可能是急性胃潰瘍，於是透過文學家許地山找來港大醫學院的英籍教授寇克博士，為蔡元培診治，並施手術。
由於輸血裝置都在香港大學，又將蔡元培轉移到香港大學。輸血的過程中，蔡已經陷入昏迷狀態。輸完之後，他的手足開始緩緩活動，有時兩片嘴唇微微翕動，像要開口說話。寇克博士認為，這種反應情形非常良好，令人興奮。
回到養和醫院，已是午夜以後。約至四點多鐘，蔡元培的呼吸開始顯得很費力。六時左右，口中噓氣已經極為微弱。養和醫院院長李樹芬和寇克博士雖然先後來到，但到七點左右，兩位醫師都認為救治無望。九時過後，蔡元培噓出了最後一口微弱的氣息。
蔡元培軼事
徵婚啟事
1900年夏，蔡元培的原配夫人王昭病逝，那時他才33歲。為他提親的人多得踏破了門檻。蔡元培面對紛至沓來的媒人，磨濃墨，鋪素箋，揮羊毫，寫下了一張徵婚啟事，貼在書房的牆壁上。他的擇偶條件為：（一）女子須不纏足者；（二）須識字者；（三）男子不娶妾；（四）男死後，女可再嫁；（五）夫婦如不相和，可離婚。這則徵婚廣告曾經轟動一時。在舊禮教盛行的晚清，一位堂堂大清朝的翰林，居然公開提倡男女平等和婦女解放，這確實是要有些勇氣的。
胡適軼事
胡適與黃侃
黃侃曾與胡適同在北大講學。在一次宴會上，胡適偶爾談及墨學，滔滔不絕。黃侃罵道：“現在講墨學的人，都是些混賬王八！”胡適赧然。過了一會兒，黃侃又罵道：“便是適之的尊翁，也是混賬王八。”胡適大怒。
黃侃卻大笑道：“且息怒，我在試試你。墨子兼愛，是無父也。你今有父，何足以談論墨學？我不是罵你，不過聊試之耳！”舉座譁然大笑。
黃侃反對胡適提倡白話文。有一次，他在講課中讚美文言文的高明，舉例說：“如胡適的太太死了，他的家人電報必雲：‘你的太太死了！趕快回來啊！’長達11字。而用文言則僅需‘妻喪速歸’4字即可，只電報費就可省三分之二。”
一次，黃侃對胡適說：“你提倡白話文，不是真心實意！”胡適問他何出此言。黃侃正色回答道：“你要是真心實意提倡白話文，就不應該名叫‘胡適’，而應該名叫‘到哪裡去’。”此言一出，他仰天打三個哈哈，不管胡適，揚長而去。
胡適著的《中國哲學史大綱》，僅成上半部，全書久未完成。黃侃曾在中央大學課堂上說：“昔日謝靈運為秘書監，今日胡適可謂著作監矣。”學
