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表反對北洋軍閥政府的宣言，並幾次宣佈和北京政府教育部脫離關係。
由校長、各科學長和教授代表組成的評議會，畢竟只有少數幾個人，所以蔡元培決定組織來源更廣、更有代表性的各科教授會。1917年12月，北大評議會透過各科教授會組織法，隨後分別成立了各學科教授會。1919年廢門改系後，北大成立各系教授會。系主任由教授會投票選舉。當時規定，系主任必須是教授，如一個系僅一名教授，這人就為系主任，無二話可說；有兩人則按期輪值，以先到者為始；三人以上互相選舉，如票數相等，校長可增投一票決定人選。教授會負責規劃本系的教學工作。
1919年4月，蔡元培又在北大成立了教務處和總務處，這是蔡元培實施教授治校體制的第三步。蔡元培開始改革時，加強各科學長的職責，由學長負責各科的行政、教學工作，但這只是過渡，因為這易造成學長權力的集中。按他的民主辦學的設想，是要按學校的行政、教務和事務方面分別設立各種相關的委員會，由有關教授分別領導，統一管理。大學的事務都由大學教授所組織的教育委員會主持，大學校長也由委員會選出。這樣一來，學校的民主根基牢固，內部組織結構完備，在“城頭變幻大王旗”的軍閥混戰歲月裡，無論外部形勢發生怎樣變化，也無論何人來任校長，都不能獨斷專行，禍害北大。即使照德國的辦法，一年換一個校長，也不成問題。
1919年3月，學校評議會透過了文理科教務處組織法，準備成立教務處。教務處由各科教授會主任組成，從中推出一人任教務長，襄助校長領導全校教學，任期一年。原計劃這個組織法在該年暑假後與分系制一起實行，但因這時社會上攻擊北大甚猛，尤對陳獨秀特別激烈，蔡元培為避鋒芒，緩和氣氛，決定提前實行文理科教務處組織法。4月8日，蔡元培召集有關會議，籌組教務處，選舉教務長。馬寅初當選為北大的第一任教務長。
在成立教務處的同時，北大還成立了總務處，主管全校的人事和財政。首任總務長蔣夢麟後來也做到北大校長，對北大的發展作出過重大貢獻，有很不錯的口碑。
1919年9月，蔡元培經五四運動後返校任職，進一步調整了北大的學校組織。到年底，北大除仍設評議會為全校最高的立法機關和權力機關外，還設行政會議、教務會議和教務處、總務處等幾個重要機構，基本確立了一套完備的民主治校的領導體制，達到了民主治校的目的。正如蔡元培後來在北大25週年紀念會上所指出：“凡此種種設施，都是謀以專門學者為本校主體，使不至因校長一人之更迭而搖動全校。”即學校領導體制的改革，目的是要使專門學者即教授成為大學的“主體”，成為學校辦學的管理者，保證民主辦學制度的實施，防止學校少數人專權。教授治校調動了廣大教師的積極性，提高了辦事效率和教學質量。北大教授對此很滿意，經常有人回憶起這段民主的歲月。顧孟餘先生在《憶蔡孑民先生》一文中說：“先生掌北大數年，以政治環境關係，在校之時少，而離校之時多。離校之時，校務不但不陷停頓，且能依計劃以進行者，則以先生已樹立評議會及各種委員會等之制度。此制度之精神，在以教授治理校務，用民治制度，決定政策，以分工方法，處理各種興革事業。然非校長之清公雅量，則此制度不克成立；非師生絕對信賴校長，此制度不易推行也。”
6。蔡元培的大學之“學”（1）
蔡元培瞭解中外教育制度，而且主持過全國的教育工作。可以說他是五四時期中國極少數具有系統教育思想和理論的教育家，尤其是對高等教育，從教育宗旨、教育內容、教育體制，都有一整套的設想，他也是懷著這一整套設想去改革北大的。因而他一到任就能大刀闊斧，將改革全面鋪開。
首先是學科體制改革。
蔡元培非常強調大學的學理性質，認為大學是以培養研究高深學問的學者為目的的。他認為：“所謂大學者，非僅為多數學生按時授課，造成一畢業生之資格而已也，實以為共同研究學術之機關。”作為大學，就應該圍繞研究學術這一核心，設定合理的學科。對於“學術”二字，應該有深刻的理解。“學與術可分為二個名詞，學為學理，術為應用。”他認為工商、法律、醫學等科目，既講學理又講適用，均為術，只有純粹的科學與哲學，才是學。他雖然認為“學必借術以應用，術必以學為基本，兩者並進始可”，但又強調“學應該重於術”，“以學為基本，術為支幹”，而在基礎理論和應用學科之間，應該重“純粹的科學”研究。他主
