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包主義的支柱和核心。正是有了這一點，囊括大典和網羅眾家才有了實際的內容。他認為，學術上的各種派別，都是相對的，不是絕對的。所以每一種學科的教員，即使主張不同，只要言之成理，持之有故，就應該讓他們存在，使學生有選擇餘地。“一己之學說，不得束縛他人；而他人之學說，亦不束縛一己。誠如是，則科學、社會學等，將均任吾人自由討論矣。”他非常欣賞古人所說的“萬物並育而不相害，道並行而不相悖”這兩句話，主張對於教師，“苟其確有所見，而言之成理，則雖在一校之中，兩相反對之學說，不妨同時並行”，“此大學之所以為大也”。他在後來追憶在北京大學的經歷時還說：“我對於各家學說，依各國大學通例，循思想自由原則，相容幷包。無論何種學派，苟其言之成理，持之有故，尚不達自然淘汰之命運，即使彼此相反，也聽它們自由發展。”
相容幷包，不是隨便說出並可以做到的，它反映了一種氣度、一種胸懷，需要一往無前的勇氣和必勝的信念。在新舊勢力激烈交鋒的當時來說，更反映了推行者對新文化的一種堅定的自信。
在政治舞臺上摸爬滾打過多年的蔡元培，深知政治和學術的關係，因而能夠把政治和學術分得很開。他知道學術不同於政治，其興衰變遷，不能簡單對待，知道海納百川、有容乃大的道理，因而對於各種學術思想、主張之存亡消長，保持一種超然的態度。這種超然是一種大度，但決不是騎牆或和稀泥。蔡元培自己的學術觀點鮮明，支援新文化運動的觀點亦很鮮明，但作為一校之長，他沒有簡單地對待他所不贊成的東西，而是讓它們在與新事物的競爭中自然淘汰。這種辦法，比對不同觀點採取簡單批判、打倒的辦法高明瞭許多。思想文化上的東西，並不是說打倒就打倒的，有的是打而不倒；或者一時打倒了，不久又活過來。簡單打倒的毛病還有一點，就是對於舊事物合理的東西一時不易發現和繼承下來，就像倒洗澡水把孩子和髒水一併倒掉一樣，而新思想不能在與舊思想鬥爭過程中得到鍛鍊，發現問題。簡單對待某種思想的做法，是基於一種對其他人不信任的心理，以個人或幾個人的價值判斷，代替其他人的選擇，因而毛病甚多。
蔡元培的相容幷包思想，也使一些舊派教員折服。五四運動爆發後，蔡元培被迫辭職，當局欲找一些北大的舊派作些落井下石的文章，而向來大罵新派的黃侃卻站在了挽留蔡元培的行列。他對人說：“餘與蔡孑民志不同，道不合；然蔡去餘亦決不願留。因環顧中國，除蔡孑民外，亦無能用餘之人。”黃老先生也應算蔡元培的知音。
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5。《大學令》——教授治校
蔡元培多次到歐美留學、考察，西方政治民主思想和教育思想對他影響很深，因而他成為國內主張學術思想自由、民主辦校、提倡教授治校的第一人。早在1912年他主持起草《大學令》時，就規定大學要建立評議會、教授會的組織，並對它們的許可權作了明確的規定。
京師大學堂時期唯總監督馬首是瞻的衙門作風自不必說，北京大學成立之後，學校權力仍掌握在以校長為首的少數幾個人手中。正如蔡元培後來所說：“我初到北京大學，就知道以前的辦法是一切校務都由校長與學監主任、庶務主任少數人總理，並學長也沒有與聞的。我以為不妥，所以第一步組織評議會，給多數教授的代表議決立法方面的事；恢復學長許可權，給他們分任行政方面的事。但校長與學長仍是少數，所以第二步組織各門教授會，由各教授與所公舉的教授會主任分任教務。將來更要組織行政會議，把教務以外的事務均取會議制。並要按事務性質，組織各種委員會來研討各種事務。”
1917年，蔡元培主持建立了北大評議會，作為全校的最高立法機構。評議會由評議員若干人組成，校長是當然的議長，評議員由各科學長和各科分別推舉的教授代表二人組織，任期一年。1919年以後，評議員除校長和各科學長外，每5名教授選一名代表為評議員，一年改選一次。凡學校章程與條令的稽核透過、學科廢立、課程設定、教師的審聘、學校預決算等重大事項，都必須經過評議會的討論決定，才能執行。
評議會實際上是一個教授會，是蔡元培教授治校的重要體現，在實際操作過程中也確可以“容納眾人意見”，具有民主討論的風氣。曾任過評議員的李書華教授後來回憶說：“目睹開會時對於各議案的爭辯，有時極為激烈。”北大評議會中新派人物佔有多數，在五四運動時期，他們能支援全校師生的愛國活動，多次發
