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張在高等教育中要有所分工,“治學者可謂之‘大學’,治術者可謂之‘高等專門學校’。兩者有性質之別,而不必有年限與程度之差。”北京大學既然稱大學,而且是全國唯一國立大學,就應該致力於把它辦成研究學理的中心。
1919年,蔡元培在北大進行了學科體制上的第二個重大改革——“廢門改系”。設立學系的思想動因,基於蔡元培對近代科學發展的理解和認識。他從科學演變的歷史及其發展趨勢,看到了學科之間相互滲透和相互影響的特點,認為“文理是不能分科的”,例如文科的哲學,必植基於自然科學,而理科學者最後的假定,亦往往牽涉哲學。從前的理學屬於哲學,而現在用實驗法,應列入理科。地理學的人文方面,應屬文科,而地質、地文方面則屬於理科。歷史學自有史以來,屬於文科,而推原於地質學的冰期與宇宙生成論,則屬於理科。教育學和美學,也漸用實驗法,有同一趨勢。他指出,許多專門學者,不明瞭科學發展的趨勢,不明白各學科之間的相互關係,以至存在“專己守殘之陋見”。如“治文學者,恆蔑視科學,而不知近世文學,全以科學為基礎;治一國文學者,恆不肯兼涉他國,不知�