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建築能力提供了多麼重要的解釋。在本能的改變中，習性無疑往往發生作用；但它並不是肯定不可缺少的，就像我們在中性昆蟲的情形中所看到的那樣，中性昆蟲並不留下後代遺傳有長久連續的習性的效果。根據同屬的一切物種都是從一個共同祖先傳下來的並且遺傳了許多共同性狀這一觀點，我們便能瞭解近似物種當處在極不相同的條件之下時，怎麼還具有幾乎同樣的本能；為什麼南美洲熱帶和溫帶的鶇像不列顛的物種那樣地用泥土塗抹它們的巢的內側。根據本能是透過自然選擇而緩慢獲得的觀點，我們對某些本能並不完全，容易發生錯誤，而且許多本能會使其他動物蒙受損失，就不必大驚小怪了。
如果物種只是特徵很顯著的、穩定的變種，我們便能立刻看出為什麼它們的雜交後代在類似親體的程度上和性質上——在由連續雜交而相互吸收方面以及在其他這等情形方面——就像公認的變種雜交後代那樣地追隨著同樣的複雜法則，如果物種是獨立創造的，並且變種是透過第二性法則產生出來的，這種類似就成為奇怪的事情了。
如果我們承認地質紀錄不完全到極端的程度，那麼地質紀錄所提供的事實就強有力地支援了伴隨著變異的生物由來學說。新的物種緩慢地在連續的間隔時間內出現；而不同的群經過相等的間隔時間之後所發生的變化量是大不相同的。物種和整個物群的絕滅，在有機世界的歷史中起過非常顯著的作用，這幾乎不可避免地是自然選擇原理的結果；因為舊的型別要被新而改進了的型別排擠掉。單獨一個物種也好，整群的物種也好，當普通世代的鏈條一旦斷絕時，就不再出現了。優勢型別的逐漸散佈，以及它們後代的緩慢變異，使得生物型別經過長久的間隔時間以後，看來好像是在整個世界範圍內同時發生變化似的。各個地質層的化石遺骸的性狀在某種程度上是介於上面地質層和下面地質層的化石遺骸之間的，這一事實可以簡單地由它們在系統鏈條中處於中間地位來解釋。一切絕滅生物都能與一切現存生物分類在一起，這一偉大事實是現存生物和絕滅生物都是共同祖先的後代的自然結果。因為物種在它們的由來和變化的悠久過程中一般已在性狀上發生了分歧，所以我們便能理解為什麼比較古代的型別，或每一群的早期祖先，如此經常地在某種程度上處於現存群之間的位置。總之，現代型別在體制等級上一般被看做比古代型別為高；而且它們必須是較高階的，因為未來發生的、比較改進了的型別在生活鬥爭中戰勝了較老的和改進較少的型別；它們的器官一般也更加專業化，以適於不同機能。這種事實與無數生物尚儲存簡單的而很少改進的適於簡單生活條件的構造是完全一致的；同樣地，這與某些型別在系統的各個階段中為了更好的適於新的、退化的生活勻性而在體制上退化了的情形也是一致的。最後，同一大陸的近似型別——如澳洲的有袋類、美洲的貧齒類和其他這類例子——的長久延續的奇異法則也是可以理解的，因為在同一地區裡，現存生物和絕滅生物由於系統的關係會是密切近似的。
看一看地理分佈，如果我們承認，由於以前的氣候變化和地理變化以及由於許多偶然的和未知的散佈方法，在悠長的歲月中曾經有過從世界的某一部分到另一部分的大量遷徙，那麼根據伴隨著變異的生物由來學說，我們便能理解有關“分佈”上的大多數主要事實。我們能夠理解，為什麼生物在整個空間內的分佈和在整個時間內的地質演替會有這麼動人的平行現象；因為在這兩種情形裡，生物通常都由世代的紐帶所連結，而且變異的方法也是一樣的。我們也體會了曾經引起每一個旅行家注意的奇異事實的全部意義，即在同一大陸上，在最不相同的條件下，在炎熱和寒冷下，在高山和低地上，在沙漠和沼澤裡，每一大綱裡的生物大部分是顯然相關聯的；因為它們都是同一祖先和早期移住者的後代。根據以前遷徙的同一原理，在大多數情形裡它與變異相結合，我們借冰期之助，便能理解在最遙遠的高山上以及在北溫帶和南溫帶中的某些少數植物的同一性，以及許多其他生物的密切近似性；同樣地還能理解，雖然被整個熱帶海洋隔開的北溫帶和南溫帶海里的某些生物的密切相似性。雖然兩個地區呈現著同一物種所要求的密切相似的物理條件，如果這兩個地區在長久時期內是彼此分開的，那麼我們對於它們的生物的大不相同就不必大驚小怪；因為，由於生物和生物之間的關係是一切關係中的最重要關係，而且這兩個地區在不同時期內會從其他地區或者彼此相互接受不同數量的移住者，所以這兩個地區中的生物變異過程就必然是不同的。
依據譜系以後發生變
