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化的這個遷徙的觀點，我們便能理解為什麼只有少數物種棲息在海洋島上，而其中為什麼有許多物種是特殊的即本地特有的型別。我們清楚的知道那些不能橫渡廣闊海面的動物群的物種，如蛙類和陸棲哺乳類，為什麼不棲息在海洋島上；另一方面，還可理解，像蝙蝠這些能夠橫渡海洋的動物，其新而特殊的物種為什麼往往見於離開大陸很遠的島上。海洋島上有蝙蝠的特殊物種存在，卻沒有一切其他陸棲哺乳類，根據獨立創造的學說，這等情形就完全不能得到解釋了。
任何兩個地區有密切近似的或代表的物種存在，從伴隨著變異的生物由來學說的觀點看來，是意味著同一親型別以前曾經在這兩個地區棲息過；並且，無論什麼地方，如果那裡有許多密切近似物種棲息在兩個地區，我們必然還會在那裡發現兩個地區所共有的某些同一物種。無論在什麼地方，如果那裡有許多密切近似的而區別分明的物種發生，那麼同一群的可疑型別和變種也會同樣地在那裡發生。各個地區的生物必與移入者的最近根源地的生物有關聯，這是具有高度一般性的法則。在加拉帕戈斯群島、胡安·斐爾南德斯群島（Juar Fernandez）①以及其他美洲島嶼上的幾乎所有的植物和動物與鄰近的美洲大陸的植物和動物的動人關係中，我們看到這一點；也在維德角群島以及其他非洲島嶼上的生物與非洲大陸生物的關係中看到這一點。必須承認，根據特創說，這些事實是得不到解釋的。
我們已經看到，一切過去的和現代的生物都可群下分群，而且絕滅的群往往介於現代諸群之間，在這等情形下，它們都可以歸入少數的大綱內，這一事實，根據自然選擇及其所引起的絕滅和性狀分歧的學說，是可以理解的。根據這些同樣的原理，我們便能理解，每一綱裡的型別的相互親緣關係為什麼是如此複雜和曲折的。我們還能理解，為什麼某些性狀比其他性狀在分類上更加有用；——為什麼適應的性狀雖然對於生物具有高度的重要性，可是在分類上卻幾乎沒有任何重要性；為什麼從殘跡器官而來的性狀，雖然對於生物沒有什麼用處，可是往往在分類上具有高度的價值；還有，胚胎的性狀為什麼往往是最有價值的。一切生物的真實的親緣關係，與它們的適應性的類似相反，是可以歸因於遺傳或系統的共同性的。“自然系統”是一種依照譜系的排列，依所獲得的差異諸級，用變種、物種、屬、科等術語來表示的；我們必須由最穩定的性狀，不管它們是什麼，也不管在生活上多麼不重要，去發現系統線。
人的手、蝙蝠的翅膀、海豚的鰭和馬的腿都由相似的骨骼構成，——長頸鹿頸和象頸的脊椎數目相同，——以及無數其他的這類事實，依據伴隨著緩慢的、微小而連續的變異的生物由來學說，立刻可以得到解釋，蝙蝠的翅膀和腿，——螃蟹的顎和腿，——花的花瓣、雄蕊和雌蕊，雖然用於極其不同的目的，但它們的結構樣式都相似。這些器官或部分在各個綱的早期祖先中原來是相似的，但以後逐漸發生了變異，根據這樣觀點，上述的相似性在很大程度上還是可以得到解釋的。連續變異不總是在早期年齡中發生，並且它的遺傳是在相應的而不是在更早的生活時期；依據這一原理，我們更可清楚地理解，為什麼哺乳類、鳥類、爬行類和魚類的胚胎會如此密切相似，而在成體型別中又如此不相似。呼吸空氣的哺乳類或鳥類的胚胎就像必須依靠很發達的鰓來呼吸溶解在水中的空氣的魚類那樣地具有鰓裂和弧狀動脈，對此我們用不到大驚小怪。
不使用，有時借自然選擇之助，往往會使在改變了的生活習性或生活條件下變成無用的器官而縮小；根據這一觀點，我們便能理解殘跡器官的意義。但是不使用和選擇一般是在每一生物到達成熟期並且必須在生存鬥爭中發揮充分作用的時期，才能對每一生物發生作用，所以對於在早期生活中的器官沒有什麼影響力；因此那器官在這早期年齡裡不會被縮小或成為殘跡的。比方說，小牛從一個具有很發達牙齒的早期祖先遺傳了牙齒，而它們的牙齒從來不穿出上顎牙床肉；我們可以相信，由於舌和顎或唇透過自然選擇變得非常適於吃草，而無需牙齒的幫助，所以成長動物的牙齒在以前就由於不使用而縮小了；可是在小牛中，牙齒卻沒有受到影響，並且依據遺傳在相應年齡的原理，它們從遙遠的時期一直遺傳到今天。帶著毫無用處的鮮明印記的器官，例如小牛胚胎的牙齒或許多甲蟲的連合鞘翅下的萎縮翅，竟會如此經常發生，根據每一生物以及它的一切不同部分都是被特別創造出來的觀點，這將是多麼完全不可理解的事情。可以說“自然”曾經煞費苦心地利用殘跡器官
