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趟“貝格爾”號後，於九月二十二日回到了施魯斯伯裡，以便在臨行前再與父親和姐妹們一起過一段時光。十月二日他離開家，繼續辦理旅行的準備事宜，在倫敦購買東西。十月二十四日，他終於來到“貝格爾”號停泊地普利茅斯，並留下來，焦急地等待“貝格爾”號最後啟航。
啟航之所以推遲，最初是由於“貝格爾”號在第一次探險後要進行修理。達爾文在九月份第一次去參觀“貝格爾”號時，看到它還沒有桅杆，它的形狀“與其說象是準備作環球旅行，不如說象是遇了難。”這隻艦確實破爛不堪，因此實際上它被重新改造：上層甲板被抬高，這樣它在風浪中就變得安全可靠（雖然全體船員仍然把這塊甲板叫做“半湖礁”，因為在狂風暴雨的天氣裡，波浪不斷地從這塊甲板上頭衝過去）；在它的下面騰出了更多的地方來住人和堆放食品；而主要是對船底進行了加固，使這隻船堅固多了。當達爾文在十月份再次來到普利茅斯時，船員們正在忙著給船首部分油漆和裝修船艙。
達爾文很快就同這些軍官和海軍准尉們認識了，因為他一會兒同一些人在一起吃飯，一會兒又同這另一些人在一起吃飯。他同斯托克斯在普利茅斯近郊散了幾次步，同他一�
