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達爾文很快就同這些軍官和海軍准尉們認識了，因為他一會兒同一些人在一起吃飯，一會兒又同這另一些人在一起吃飯。他同斯托克斯在普利茅斯近郊散了幾次步，同他一起測量了太陽的高度，關心磁性儀器。倒黴的是遇到了極其惡劣的天氣，陰雨綿綿。在這種情況下，達爾文就呆在家裡，讀點書。在其他日了裡，他有時同菲茨·羅伊在一起消磨時間，同他和水兵們一起用餐，或同他們在一起作一些磁性觀測，有時同博物學家們——魚類學家哈米爾頓·斯米特和物理學家哈里森——在一起。
十一月十二日，“貝格爾”號終於油漆完畢，所有甲板已清掃乾淨，各種物品已收拾停當，於是很快就要啟航便有了一些眉目了。
十一月二十三日下午一點，“貝格爾”號解纜了，第一次從停泊處移動，行駛約一英里，改換了停泊地點。達爾文在《航海日記》中指出，為了最後準備啟航，要做的事剩下不多了。他寫道：“艦上裝滿了各種儲備品……貨艙裡恐怕連一筐糧食也難以再放進去。我對艦內情況的瞭解是很模糊的，就象人們對一個人腹內情況的瞭解一樣，也就是說，我對裝載空氣、水和食物的大船艙的瞭解是極其模糊的。”
此後，又過去了一些日子，在這些日子裡，達爾文有時忙於收拾和佈置自己和斯托克斯同住的船艙，有時學習一下子跳上吊床的本領（由於地方不夠，所以每天晚上都得搭起吊床），有時在附近散步。終於一切都準備就緒。可是，“貝格爾”號還沒有開動，因為逆風一個勁地刮個不停，所以啟航日期一拖再拖。達爾文的情緒低落了：他想念親人，並且想到一離別就是三年，就感到害怕。天氣不斷使人感到愁悶和沮喪。此外，他還感到心臟有點痛，心搏過速，於是他就象那些只有一知半解的醫學知識的青年人所經常表現的那樣，猜想自己得了嚴重的心臟病；不過他沒有去找醫生，因為他怕醫生不讓他去航行。
十二月十日終於出海了。達爾文很快就患了暈船病，船的搖晃使他感到十分難受。傍晚，海上迎面颳起了大風暴，因此第二天早晨“貝格爾”號又返航。到中午時分，這艘二桅方帆軍艦又回到了它的停泊處。達爾文飽受了風暴之苦，所以在他恢復知覺，稍事休息，在海岸上散了一會步之後，他感到很高興，因為散步大大恢復了元氣。這隻艦又不得不停泊在港灣裡。這時達爾文著手製定計劃，並把他準備在航海時要做的事一一寫進了《航海日記》，收集蒐集品，考察和閱讀他所能消化的自然史的“各個領域”，進行氣象觀察，學習數學、德語、西班牙語和少量的古典語，例如在星期天用希臘語讀讀聖經，還讀點英語書來消愁解悶。這個宏大的規劃比起“劍橋”時的那個規劃來雖然稍微遜色，但是在這個宏大的規劃中，只有學習數學和閱讀希臘文聖經這兩項達爾文後來未能實現。
西南風颳個不停，啟航也遙遙無期。不過達爾文還是懷著高興的心情在《航海日記》中指出，三星期前從普利茅斯啟航的二桅方帆軍艦又被迫返航歸來。
十二月二十一日“貝格爾”號終於第二次出海了，但是在退潮期間駛經德霍克島時觸了礁，一動不動地停了半個小時，最後駛進了公海。達爾文也患了暈船病。後來他睡著了，一直睡到第二天早晨才醒。早晨他得知，“貝格爾”號艦由於風向改變又返航回來。它趁著強大的順風很快就返回到了普利茅斯。
所有這幾次延期雖然使查理心情憂鬱，但也有其積極的一面。“貝格爾”號屬於那種老式的二桅方帆軍艦，這類二桅方帆軍艦由於輕便而得了一個外號“棺材”，其所以如此，是因為這種輕便的軍艦一遇到大風浪便往往沉沒。它的船舷與船的大小相比顯得很高，因此大浪衝擊它們的時候是很危險的。前面已經提到，它從上次航行回來時已破爛不堪，所以不得不對它幾乎是重新改造。這隻船上用的材料都是最好的。這隻小船確實沒有辜負艦長和全體船員對它的種種關懷，在它從長期的艱難航行歸來時幾乎連一根椽木也沒丟。
另一方面，查理卻有很多時間向那些有經驗的人請教，準備收集自然史蒐集物所必需的各種裝具，準備他作為一個博物學家所需要的各種裝具，準備他作為一個博物學家所需要的書籍。他後來在航途中的來信中寫道：“我們在普利茅斯所經歷的那一切遙遙無期的停留是極其幸運的，因為我認為在出外作自然史各部門的採集和觀察工作的那些人之中，沒有一個比我裝備得更好的了。”
為了慶祝聖誕節（十二月二十五日）水兵們個個都要痛飲一番，因此哨兵的職務只得由一名海軍練習生來擔任。在聖誕
