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節的第二天，儘管天氣很好，“貝格爾”號卻未能出海，因為有幾名處於酒醉狀態的優秀水兵由於粗野舉動罰戴八、九個小時的重鐐。
十二月二十七日，是一個東風吹拂、陽光燦爛的日子，就在這一天，“貝格爾”號在上午十一點起錨，終於第三次出海了。這次它沒有返航回來。在克服了種種障礙和經歷了幾次延期之後，達爾文的環球航行開始了。
當然，決不能把這次乘“貝格爾”號的旅行想象為一次純科學性的旅行。毫無疑問，這次旅行，即使沒有達爾文，也一定會提供一些科學的成果，因為這次探險的任務之一是研究和詳細勘察南美洲的東西兩岸。但是政治和經濟任務則是這次航行的基本原因。當時的英國，力求奪取南美洲的市場，力求促使英國的資本滲透到這個洲的各個國家的經濟中去。因此，這次探險的所謂科學目的，只不過是英國用來掩蓋自己在南美洲進行擴張的一個最方便的假面具而已。達爾文字人與這個“崇高的”政策是毫無關係的，不過乘“貝格爾”號艦的這次旅行，對他來說，則是最終決定他整個未來事業的大事。
第五章 乘“貝格爾”號旅行的第一年
“貝格爾”號以每小時七、八海里（十三——十五公里）的速度飛速前進。達爾文平安地度過了第一個晚上。“貝格爾”號雖然躲過了在海峽颳起的大風暴，但是卻遇上了驚濤駭浪，於是從第二天起，達爾文便開始受折磨，這種折磨持續了整整一週，對他來說，這是可怕的一週，暈船把他折磨得“情緒大為低落”，使他對這次旅行感到“十分後悔”，他在《航海日記》中談到暈船時寫道：“這是最大的不幸”，當他們經過馬德拉群島時，他甚至不能登上甲板去看一看這個群島。躺在吊床上使他多少好受些。他同斯托克斯合住的那個船艙，光線很充足，除了艦長室之外，可以說是最好的了，可就是非常狹窄，繪圖桌旁的那個狹窄過道是他工作、穿衣和睡覺的唯一地方。斯托克斯在這張桌子的一端繪圖，另一端是“剛夠轉身的那點空間”（給福克司的信）則是達爾文工作的地方。他的吊床就在繪圖桌的上面，繪圖桌另一端的上面是斯托克斯的吊床。在暈船期間，達爾文要麼躺在吊床上，要麼躺在艦長室的沙發上，同菲茨·羅伊談話，閱讀洪保德和其他旅行家描寫熱帶自然界的著作，以此來轉移注意力。
只是在一月五日，當“貝格爾”號駛近特納裡夫島時，大海和天氣才起了明顯的變化，但就是在這裡，達爾文也大失所望，他在自己的《航海日記》中連聲說道：“倒黴！倒黴！”
“貝格爾”號艦向聖克魯斯鎮駛去，這個鎮的許多白色小屋子在火山岩的映襯下顯現出來。達爾文觀察了這時在濃雲上空顯露出來的白色山巔，或稱“大糖塊”，他認為，飽賞洪保德引人入勝地描述在攀登山峰時所見的美景的宿願，眼前就要實現。突然從聖克魯斯駛來一隻小船，從它的上邊一位執政官登上了“貝格爾”號的甲板，他宣佈，現在歐洲有霍亂，“貝格爾”號必須進行十二天隔離，在此之前，任何人都不準上岸。聽到這個意外的訊息後，全船的人無不沮喪，死氣沉沉。不過，菲茨·羅伊艦長馬上改變主意，因為要無所事事地度過十二天，這不合他的性格，他馬上下令張帆，向維德角群島駛去。就是到了第二天，達爾文還以戀戀不捨的目光送別他極其嚮往的目標——那久久還歷歷在目的特納裡夫峰，它被初升的陽光照耀著，以及它那被羽狀雲朵遮蓋住的大圓錐體。不過使他快慰的是，天氣變得晴和了，熱帶的夜晚美麗無比，暈船之苦也沒有來纏繞他了。在他後來發表的《考察日記》中，他把他從正在遠去的“貝格爾”號上看到的特納裡夫峰上的曙光稱為“是我永遠不能忘記的那許多令人神往的日子中第一天的曙光。”
到美洲去乘下的旅程，確實是在風平浪靜的海面上渡過的。一月七日和八日，達爾文安靜地閱讀了一些作品。可能他這時讀的是賴爾的著作。關懷備至的漢斯羅，曾建議達爾文在旅行中帶上當時剛剛出版的賴爾的《地質學原理》第一卷。漢斯羅說：“您一定得讀一讀這本書，因為它很有趣味，但除了事實以外，其餘的可不必注意，至於理論，那是極其荒謬的。”
賴爾的這本書，對當時在地質學上佔統治地位的實變論者的觀點，進行了最有力的駁斥。大家知道，法國科學家居維葉發現了一個完整的絕種動物界，並在他的多卷本《對骨化石的研究》中，把他本人在賴爾之前所發現的脊椎動物化石加以系統化。居維葉透過對海沉積層層理順序的研究，確信大海曾幾次向陸地移動，海水留下了痕跡以及海生動物的遺骨，
