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在出現一次危機的期間或者在危機以後，總統在一段短暫的時間內總比較定期地召開國家安全委員會會議，部分原因是把它作為記錄下所有負責官員的意見的一種手段，但是主要是為了制止外界的批評，因為這些批評往往把政府的機構和效率等同起來。在古巴導彈危機期間，當有人問及外間傳說的關於國家安全委員會成員所採取的各種不同的立場時，他說，“國家安全委員會是總統的一個諮詢機構。歸根到底，美國總統必須作出決定。這是總統的決定，不是國家安全委員會的決定，也不是任何集體的決定。”他這番話一點也沒有誇張，因為他常常否決國家安全委員會主要成員的決定，而且至少有一次還否決了他們全體的決定。
有些人對於肯尼迪對待組織機構的態度嘖有煩言。霍奇斯部長就公開發牢騷說，應該更多地召開內閣會議。國務院的助手們私下抱怨說，如果在作出關鍵性的決策時他們不在場，那末他們的威望將蒙受損失。臘斯克國務卿則不滿地說，他不喜歡在“不負任何責任的索倫森和凱森那樣的人作出學究氣的評論的會議上”提出他的意見。他寧願把自己的論點只說給總統聽。不過總的說來，各部的首長都同意威拉德·沃茨的結論，即雖然沒有召開大量的正式會議，“總統和內閣之間……內閣官員之間”兩方面的聯絡通氣全達到了異常密切的地步。
演說和宣告的審批
總統規定，所有重要的演說和國會證詞須由白宮審批，但除了在危急時期，這個規定是難得執行的。塞林格和他的班子以及特德·里爾登審查日常的演說稿。邦迪和我的班子分別審查關於國內和對外政策方面的主要宣告。總統審查他自己的一些演說稿。有時遇到某個敏感的問題正在舉行聽證會時，他便要求我們事先對那些持有不同觀點的行政部門證人的所有國會證詞加以協調，並在聽證會進行過程中加以檢查，例如在古巴導彈危機或是1962年的經濟與稅收前景等問題上就是如此做的。
這種做法取得了一些重要的成果。國防部發表的有幾篇演說就變得不十分“炫耀武力”。一個國務院的助手獲得通知，他不得堅持自己在民權方面的不切實際的建議。不過這還不是一種完善的制度。有幾篇有爭議的高階宣告未經審批就發表了，而且沒有什麼方法去審批對新聞界或國會質詢所作的答覆。
最難審查的演說稿——而且如果不加審查，聽其發表又最為危險的——就是高階軍官發表的那些演說，他們的意見往往並不反映總統對於和平的看法。在肯尼迪就職的第一個星期，海軍作戰部部長阿萊·伯克的一篇強烈的反蘇演說被白宮把調子改得緩和了些，以免不利於RB－4偵察轟炸機飛行員的獲釋。當這件事為外界知道以後，興起了一大陣關於“封住了軍界嘴”的喧嚷。實際上，海軍上將伯克是自動把演說稿提出來的，而且這種程式也沒有什麼反常。但是有一點變得比以往任何時候更為明確，即現役軍官不應在他們的演說或國會證詞中破壞最高統帥的最後決定；不應在有關美國對外政策的性質上混淆世界視聽；不應把對部隊或輿論進行政治思想的灌輸作為他們公務上的一項職責。
上述最後一項的最糟糕的例子就是：埃德溫·沃克少將對駐在德國的他的部隊使用了右翼極端分子的材料。總統在報紙上看到了沃克的狂熱的指責，於是請麥克納馬拉進行調查。1961年11月，沃克少將受到告誡並被調往太平洋後，他即辭去了軍職。
肯尼迪說，保護軍方，使他們不直接捲入政治，規定他們的訓話要準確而無黨派性，並且要求他們的正式發言反映官方的政策，這並不是什麼過激的，甚至新奇的做法。也沒有對軍方的言論自由或是他們坦率回答國會的質詢加上任何新的限制。但是如果一個著名的高階軍界人物發表了一篇影響到對外政策或者可能影響到軍事政策的演說，我認為人民——以及國外——有權指望這篇演說是代表本國政府的意見的。……審查的目的……在於保證……政府是以一個調子發言的。
同時，肯尼迪指出，為了這一目的，他自己的演說也交給國務院和國防部去審查。
然而，斯特羅姆·瑟蒙德卻乘機發動一次參議院的調查，企圖把這種“審查制度”與對共產主義的“示弱”聯絡起來。前總統艾森豪威爾發表一項宣告說，經過“再三考慮以後”，他自己政府規定的審批演說的政策應予取消，這使局勢更形複雜化了。但是幾位高階軍官全證實這種做法是明智的，同時沃克少將的大肆咆哮的證詞也證實了這一點。總統相當欣慰地說，軍界支援他的審批政策的最著名的人物，都是些顯要的
