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言居正徑入不顧。今按世貞與錫爵往還甚密，言較可信，其餘則傳聞之辭也。）
錫爵駭然地退出了。就這樣決定吳中行等受杖的命運。十月二十二日行刑。中行、用賢各杖六十，杖畢，拖出長安門，再用門板抬出北京。中行已經氣絕，幸虧中書舍人秦柱率領醫士把他救活，大腿上的腐肉割下幾十塊。用賢是一個胖子，總算受得起，但是大腿上割下來的腐肉有手掌大，後來他底妻索性把這塊肉風乾，留給子孫，作為傳家的教訓。在他們兩人逐出北京的時候，日講官右庶子許文穆送給中行一隻玉杯，上面鐫著幾行字：斑斑者何卞生淚，英英者何藺生氣，追追琢琢永成器。
用賢所得的是一隻犀角杯，上面也有幾行字：
文羊一角，其理沈黝，不惜刻心，寧辭碎首？黃流在中，為君子壽。
艾穆、沈思孝所受的待遇更慘了。廷杖八十以後，手足加了鐐梏，收監三日，再得到充軍的處分，艾穆遣戍涼州，思孝遣戍神電衛。艾穆、平江人，在湖南、湖北沒有分省以前，和居正算是同鄉。居正痛切地說：“從前嚴分宜（嚴嵩，分宜人）當國的時候，沒有同鄉對他攻擊，如今我比不上嚴分宜了。”他回想到門生和同鄉都向自己攻擊，真有些感慨系之。
氣量寬宏的大臣，遇到這個局面，用不到憤激，更談不上廷杖，爭是非本來是很平常的，為什麼要流血呢？但是明朝的政局，本來不是一個心平氣和的局面，居正也不是一位氣量寬宏的大臣。他總以為這樣便可以壓抑當時的輿論，偏偏中行等四人血流滿地，氣息僅屬的形態只激起了一個志士底憤慨。這是萬曆五年新科進士，觀政刑部的鄒元標，後來嘉宗天啟年間一位有名的大臣。元標看到廷杖以後，隨即上疏：陛下以居正有利社稷耶？居正才雖可為，學術則偏，志雖欲為，自用太甚。其設施乖張者：如州縣入學，限以十五、六人，有司希指，更損其數，是進賢未廣也；諸道決囚，亦有定額，所司懼罰，數必取盈，是斷刑太濫也；大臣持祿苟容，小臣畏罪緘默，有今日陳言而明日獲譴者，是言路未通也，黃河氾濫為災，民有駕蒿為巢，啜水為餐者，而有司不以聞，是民隱未周也；其他用刻深之吏，沮豪傑之材，又不可枚數矣。伏讀敕諭：“朕學尚未成，志尚未定，先生既去，前功盡隳。”陛下言及此，宗社無疆之福也。雖然，弼成聖學，輔翼聖志者，未可謂在廷無人也。且幸而居正丁艱，猶可挽留，脫不幸遂捐館舍，陛下之學將終不成，志將終不定耶？臣觀居正疏言：“世有非常之人，然後辦非常之事，”若以奔喪為常事而不屑為者：不知人惟盡此五常之道，然後謂之人；今有人於此，親生而不顧，親死而不奔，猶自號於世日，“我非常人也‘，世不以為喪心，則以為禽彘，可謂之”非常人“哉？
奏疏上去兩天以後，元標廷杖八十，謫戍都勻衛。天啟年間，元標為左都御史，一次在進侍經筵的時候，跌倒下去。燕宗連忙派內官去慰問，大學士朱國祚說道：“元標在先朝，因為直言受杖，至今步履猶艱。”四十餘年的事了，這一次的廷杖，留下不滅的遺蹟。元標後來也曾說過：“大臣和言官不同：言官只要風裁卓絕，大臣非大利害，即當護持國體，那能和少年一樣地輕動？”大致他對於萬曆五年的建言，感覺到一些懊悔。萬曆十年，居正身死，次年，革除官蔭諡號，直至天啟年間，才能追復官職，那一次卻完全得力於元標底建議。
在這兩次廷杖中間，福建巡撫龐尚鵬有書到居正，為諸人營救；南京操江御史張嶽上疏請令居正奔喪。西南方的彗星，還是直射到東北，蒼白色的光芒，造成萬曆五年十月間的恐怖。群臣都感覺不安，謠言好比沒有根蒂的柳絮一樣，正向四圍激盪。有的甚至說居正豫備造反，情形離奇到不成樣子。神宗底上諭又下了：朕承天明命，為天下君，進退予奪，朕實主之，豈臣下所敢自擅。元輔張居正，受皇考顧命，輔朕幼衝，擄忠宣酸，迅成化理，以其身任天下之重，豈容一日去朕左右！茲朕體其至情，厚加恩恤，凡人子所以榮親送終之典，備極隆異，元輔孝思，已無不盡，亦不在此一行。且綱常人紀，君臣為大，元輔既受皇考付託，義不得復顧其私，為朕倚任，義不得恝然自遂。朕為社稷至計，懇切勉留，群臣都當助朕留賢，才是同心為國。叵耐群奸小人，藐朕沖年，忌憚元輔忠正，不便己私，乃借綱常之說，肆為擠排之計，欲使朕孤立於上，得以任意自恣，殊為悻逆不道，傾危社稷，大傷朕心。茲已薄示處分，用懲奸罔，凡爾大小臣工，宜各明於大義，恪共職業，共成和衷之治。如或黨奸懷邪，欺君無上，必罪不宥。欽哉，故諭。（見奏疏六
