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要在各科底賬簿上切實註明。在內閣裡，他自己也有賬簿，可以隨時稽考。他以六科控制六部，再以內閣控制六科。這是居正底政治系統。
六科是明朝特有的政治機構。一切行政事務，分屬吏、戶、禮、兵、刑、工六部，各部行政長官，有尚書、左右侍郎。同時又有吏、戶、禮、兵、刑、工六科，各科有都給事中、左右給事中、給事中。尚書是二品，都給事中只有七品，但是對於六部的封駁、糾劾之權，完全在六科手裡。明朝的大官可以統率小官，但是小官同樣可以牽掣大官，這是明朝的立法精神。六科實際上是六部的監察機關，各科給事中分管各科的事，但是對於國家大事，同樣地可以建言；對於奉旨會推內閣大學士，吏、兵二部尚書，及在外總督、總兵的場合，各科都給事中同樣地可以參加；至於光宗逝世的時候，楊漣以從七品的兵科右給事中，和內閣同受顧命，更是特有的創例。
居正以六科控制六部，是明朝的祖制，但是以內閣控制六科，使是一種創制。內閣本來是皇帝的秘書處，事實上不負行政責任，更談不上監察責任，實施考成法以後，內閣實權顯然擴大，所以萬曆四年劉臺劾居正疏，稱“居正定令，撫、按考成，章奏每具二冊，一送內閣，一送六科。撫、按延遲則部臣糾之，六部隱蔽則科臣糾之，六科隱蔽則內閣糾之。夫部院分理國事，科臣封駁奏章，舉劾其職也。內閣銜列翰林，止備顧問，從容論思而已。居正創為是說，欲脅制科臣，拱手聽令。祖宗之法若是乎？”劉臺底言論其實沒有說錯。
考成法底實施，在整理賦稅的方面，發生的影響最大。中國人受聖經賢傳底影響太大了。孟子見梁惠王，第一句便是“王何必曰利，亦有仁義而已矣”。孟子又勸梁惠王，“王如施仁政於民，省刑罰，薄稅斂，深耕易耨，壯者以暇日，修其孝悌忠信，入以事其父兄，出以事其長上，可使制梃以撻秦楚之堅甲利兵。”政治家談到理財，好象做了一件虧心的事。漢武帝時代，桑弘羊領大農，在整個國家，因為對外戰爭，已經走上經濟崩潰底路線以後，居然靠著平準政策底運用，“民不益賦而天下用饒”。（《史記·平準書》）這是多麼大的貢獻，但是卜式對他的批評，只是“烹弘羊，天乃雨”。其實一個有組織的國家，不能沒有國家的經濟政策。沒有經濟，便沒有政治。孟子底主張，是十分取一。白圭問道：“吾欲二十而取一，何如？”孟子說：“子之道，貉道也。”孟子是說無組織的民族，才能二十取一，有組織的國家，不能不十分取一。這是孟子底經濟政策。他那“薄稅政”的主張，用現代的術語，其實只是“養稅源‘。國家對於人民的賦稅，不能太重，人民才可以謀經濟發展，人民底經濟發展了，國家便增加十分取一的機會。孟子底主張，其實不是”崇禮義，退財利，復往古之道，匡當世之失“（桓寬《鹽鐵論·利議第二十七》）那一套。
居正當國以後，他底主張是富國強兵。要強兵便先要富國。富國不外是開源、節流。在這兩方面，他都盡了最大的努力。考成法是開源，在考成法以外，當然還有節流。
隆慶二、三年間的預算，每年國家收入二百五十餘萬兩，支出四百餘萬兩。（見奏疏一《請停取銀兩疏》）這是一個岌岌可危的預算。當時沒有屋上架屋的構機，也談不到親戚故舊的汲引，所以要節流便不僅是裁減“駢枝機關”、“閒散人員”。隆慶年間的節流是從皇帝和國防入手。這是大處著墨的方法。所以隆慶三年穆宗向戶部索銀三十萬兩，內閣便把歲入、歲出的狀況奏明，請求停取銀兩，其結果穆宗只是說：朕覽卿等所奏，戶部銀兩缺乏。內庫亦缺銀兩，朕方取。既這等說，且取十萬來。卿等傳示，不必再來奏擾。（附前疏）
這時的內閣大臣，真是負責任的大臣，穆宗底態度，有一些憊賴，但是皇帝索款，立刻打了三折，不能不算是好的。
隆慶六年居正當國以後，在節流方面，真是“錙銖必較”。神宗開館纂修《穆宗實錄》，居正上疏，請求免循舊例賜宴。他說：臣等夙夜皇皇，方切兢惕，豈敢為此飲食宴樂之事，非唯於禮有不可，於心亦實有不安也。且一宴之費，動至數百金，省此一事，亦未必非節財之道。（奏疏二《辭免筵宴疏》）
這一年的冬天，居正在日講的時候，請求次年正月早開日講，不必設宴，並免元夕燈火。神宗真是一個聽話的孩子，他說：早吩咐停止了。伺候聖母用膳的時候，都很簡單，逢到節期，只有果宴。
筵宴停止了，光祿寺春節的供應又省去七百餘金。萬曆元年十月，居正進講，言及宋仁宗不愛珠飾。
