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神宗的決鬥。這才是人生的不幸。居正自言“自是羈紲愈堅，憂危愈重矣”；又言“付囑愈重，早夜兢兢，誠不知死所矣”。這些話都是事實。但是他現在竟沒有自全之策。‘鳳毛叢勁節，只上盡頭竿，“盡頭竿究竟不是一個安全的地位。
就在八年三月，居正得到一件大喜的事，他底第三子懋修中了殿試第一人。這一次主考是內閣申時行、侍郎餘有丁。在當時的情狀下，首輔底兒子當然會高中的，何況懋修在兄弟中，才具較高呢？主考閱卷，擬定懋修第三，進呈御覽。神宗看過以後，改為第一。這一科，居正長子敬修也成進士。居正六子：敬修、嗣修、懋修，至此都成進士，第四子簡修，加恩授南鎮撫司僉書管事。
八年閏四月兩廣總督劉堯誨奏報討平八寨。兩廣的吏治，向來是一個問題：吏治不清，地方不安，人民起義，和少數民族的暴動，成為相應而來的事實。八寨在廣西桂林、平樂兩府，本來是僮人群居的場所。隆慶年間，殷正茂進兵古田的時候，八寨先降，於是並龍哈、咘咳為十寨，立長官司。萬曆六年，曾經有一次動亂，兩廣總督凌雲翼隨即進兵。雲翼去職以後，堯誨繼任，八寨又來一次動亂。居正和堯誨討論過幾次：廣右議徵八寨，此或不容已者，已屬本兵從其請矣。（書牘十一《答兩廣劉凝齋》）
八寨之徵，在兩鎮似不容已，本兵已復從其請。（同卷《答兩廣劉凝齋論嚴取與》）
這都是萬曆七年的事。第二年八寨敉平，居正談到兩廣的情況。
八寨兵已奏捷，諒此時竣事矣。武弁遊民，私買賊級，乃廣中沈錮之病，今得力祛此弊，則功賞皆實。但先年有旨，凡大舉征剿，皆憲臣親臨紀功，今不知紀功是何司、道官。紀功得人，積弊乃可革也。黃總戎頗有志向，不安下流，但微負氣。將官負氣，正可駕馭而用之，固愈於頹靡、懦熟，剝削以事結納者也。俟到任信至，如尊諭戒諭之。（書牘十二《答劉凝齋》）
八年二月，河工勘報完成，潘季馴升工部尚書兼副都御史；這是一個崇銜，其實用不到管事。明朝有添注官，在實缺官以外，臨時添設，本來是一種酬勞的意義。但是季馴在河工已久，委實需要休息了，居正想起前任兩廣總督凌雲翼，現任南京兵部尚書，只是一個閒曹，決定派雲翼總督漕運，以為代潘的地步，同時再調潘代凌，成為潘、凌對調。他分別和兩人說起：兩承翰教，領悉。比者平成奏績，公之膚功，固不待言，然亦借督、漕同心之助，況河、漕歸併，已有成命，則今之代江（漕運侍郎江一麟）者，亦即以代公，不可不慎也。反覆思之，莫如洋山（雲翼）公為宜。此公虛豁洞達，昔在廣中，僕妄有指授，渠一一取其意而行之，動有成功，則今日必能因襲舊畫，以終公之功，一善也。官尊權重，足以鎮壓，二善也。留京參贊（南京兵部尚書兼參贊南京軍務）重任也，朝廷加意河、漕，特遣重臣以行，則在事諸臣，誰不奮厲？三善也。南中道近，聞命即行，不煩候代，則漕事不致妨廢，且得數月與公周旋，同心計處，何事不辦，四善也。公即旦夕回京，亦不過添注管事，駢枝閏位，何所用之？不如即代洋山，是身不離南中，可以鎮異議，屬人心，此中八座虛席，一轉移間，又無妨於他日之柄用，於公亦有利，五善也。有此五善，慮之已熟，故違部議而請上行之。恐公不達鄙意，敢布腹心。（書牘十二《答河道潘印川》）
向承教，粵中經理，不辭再勞，具見公忘身徇國，不勝敬仰。後思彼中事體，近已略定，好議喜事者知鄙意有在，亦自斂戢，而不敢復興事端，今若無故易置，反覺多事；且瘴病之鄉，亦不忍再煩也。河、漕虛席，因憶公鴻猷偉略，優遊留省，無以騁才，而河、漕重任，比之東粵，尤為緊要，先朝嘗特遣重臣經理；且二三年間，僕力主印川公治河之策，幸有成功，今仍須素有威望者繼之，庶可以行僕之意而終潘之功。博求中外，無如公者，故暫借經理。他日此中八座或虛，一轉移間，其事又甚易也。恐公不達所以借重之意，而有外於左右，故略布區區，萬望鑑諒。（同卷《答南兵兼河道凌洋山》）
居正在政治方面的成績，逐日進展，但是對於居正不滿的呼聲，仍然不斷。八年三月，南京兵部主事趙世卿奏匡時五要，請廣取士之額，寬驛傳之禁，省大辟，緩催科；最後提出言路當開。他說：近者臺諫習為脂韋以希世取寵，事關軍國，捲舌無聲，徒摭不急之務，姑塞言責，延及數年，居然高踞卿、貳，誇耀士林矣。然此諸人豈盡奊詬無節，忍負陛下哉？亦有所懲而不敢爾！如往歲傅應禎、艾穆、沈思孝、鄒元標，皆以建言遠竄，至今與戍卒
