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中藏書樓中，翻出了《海國圖志》、《瀛環志略》等書，眼界大開，對變幻中的西方世界產生濃厚的興趣，對傳統的中國文化開始了反思。 心潮起伏，思緒萬千。1876年，康有為進入九江鎮禮山草堂，拜學術造詣頗深的朱次琦先生為師，學業大有長進，可是從朱先生那裡學到的知識沒能讓康有為找到改造中國的方法。
1879年，康有為來到了西樵山，這裡山勢雄奇，怪石嶙峋，綠樹成蔭，流水瀑漏，一幅靈山秀水。康有為徜徉其中，心潮滾滾，日夜冥想：白天在水邊遊弋，思索今文經學；月光下飄蕩林間，思考西方新知。一切一切激發著康有為的對人世的思考，喚起了青年人特有的種種狂念，如痴如狂。後來康有為在自編年譜中這樣描寫了那段浪漫時光：
時或嘯歌為詩文，徘徊散發，枕臥石窟瀑泉之間，席芳草，臨清流，修柯遮之，清泉滿聽，常夜坐彌月不睡，恣夜遊思，天上人間，極苦極樂，皆以身試之。
這種瘋狂灑脫的生活讓許多人都懷疑康有為精神失常，然而，就是這種被人誤解的生活讓康有為成為與世不容的“人”——“聖人”。
回到南海後，康有為更加註意中學與西學的比較，力求從中西文化的結合處找到改造中國的道路。這時的康有為酷好公羊學，宏揚今文經學，抨擊漢學，從一般的論選中放談高論，藉以表述自己的思想傾向，隱然成為繼龔自珍、魏源後的又一位今文經學新興思想的代表人物。然而，康有為接觸到的西方知識皆為聲光化電的科技圖書和歷史、地理等社科書籍，若想用此來改革時局，可謂水中月，鏡中花，痴人妄想。但康有為思辨力極強，能夠將之應用到社會人文，形成自己所特有的思想體系。梁啟超曾這樣讚揚老師的思辨能力：
先生者，天秉之哲學者也。不通西文，不解西說，不讀西書，而惟以其聰明思想之所及，出乎天天，人乎人人，無所憑藉，無所襲取，以自成一家之哲學，而往往與泰西諸哲相暗合，得不謂理想界之人傑哉。”
1888年，康有為到北京參加舉人考試，在全國政治中心，康有為更加真實的感受到民族危機。面對國家衰敗，民不聊生，列強肆虐的狀況，清王朝坐享“天朝上國”，不思進取。為了中國前途命運，康有為認真分析了社會矛盾、官吏民情，以平民身份提出了“變成法”、“通下情”、“慎左右”的改革方案，即《上清帝第一書》，警告清政府如不變法，國將不國，清廷危在旦夕。由於清腐朽官吏的阻撓，上書沒有到達皇帝手中。1889年，康有為懷著沉重的心情回到廣東，1890年，康全家遷往廣州，在雲衙書屋開堂授課。傳播西方新思想，培養維新人才。
1890年，啟超退出學海堂，正式請業南海之門，開始觸及到時代的脈搏，聆聽時代的召喚。1891年，書屋遷至長興學舍，康有為著《長興學記》，以為學規。兩年後，遷入萬木草堂。這裡古木參天，空氣清新，環境幽雅，是讀書的天堂。
萬木草堂學生皆不滿二十，天真爛漫，志氣高昂，互相關愛，康有為待他們親如自己孩子，衣食住行，無微不至。更重要的是教學認真，讓學生們日有所得。梁啟超曾這樣形容上課情景：
先生每逾午，則升坐講古今學術源流，每講輒歷二三小時，講者忘倦，聽者亦忘倦。每聽一度，則各各歡喜踴躍，自以為有所創穫。
萬木草堂中有藏書，那是康有為從其家中雨萬巷藏書樓中搬出的，另外還有樂器庫，給大家提供了優越的學習條件。有時，康有為甚至撫琴於草堂與大家一起談論樂賦。當然最令年輕人接受的教學地點應該在大自然中，一邊品味自然的芬芳，一邊聽先生授課，寓學於樂之中。這時啟超和同窗才完全釋放了原有的矜持，回到了美好的童年時光。論難鋒起，聲震林木，連臂高歌，棲鴉驚飛，啟超等在山林中飛奔，嬉笑聲洋溢在清新活潑的空氣當中。
當然，萬木草堂更加註重學習，而且教學有別於封建私塾教學。它的教學目的就是求新知和救國救民，以改造社會為己任。梁啟超指出學堂教旨在於激勵氣節，發揚精神，廣求智慧，認為自己一生學問之得力，全在於萬木草堂。教學內容上注重古今、中外的對比與結合，新穎活潑。中學上傳授今文經學、中國史地；西學有哲學、數學、萬國史學、政治學。教學形式多彩多樣，師生同堂，共商國是，尋求新知。康有為鼓勵學生自學，自備札記簿記錄讀書心得，堅持教學與實踐結合，學生們得到了實戰經驗，甚至連《新學偽經考》、《孔子改制考》這樣的有影響力的學術論著也有學生們分別完成。
