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日本人的翻譯質量和忠實性如何卻不是沒有問題的。這樣，就更增加了這項工作的複雜性和困難性。
由於上述的幾種困難，檢察處這項工作在起訴書起草的時候以及公開庭審的初期還沒有做出很大的成績。那時他們只是找出了一些勉強可以支援起訴書和可以打擊某些被告的檔案。至於能夠深入地打擊每個被告的證據大都是後來在審判過程中找到和提出的。因為，越到後來，工作人員從這“浩如煙海”的檔案中尋找證據的技術便愈加熟練；他們對日本歷史、政治和國情的瞭解也有所增進；而同盟各國的檢察人員，特別是中蘇兩國的陪席檢察官和他們的助理人員，此時也可以插手幫忙了。例如，關於重光葵和梅津美治郎的罪行的許多有力證據便是蘇聯檢察人員在日本檔案中找到和摘出的。又如，關於土肥原賢二和板垣徵四郎的罪行的許多有力證據便是中國檢察人員倪徵噢、吳學義、劉子健等在日本檔案中找到和摘出的……這些證據都是開庭以後向法庭提出的，有的還是在反詰辯護證人時和檢方進行反駁時作為補充證據提出的。
在這裡，必須指出：提證的工作是貫穿著整個審理過程的一項主要工作。訴訟任何一方，只要它能找到對自己有利的證據，總是有辦法在某一適當的階段向法庭提出的。因此，檢察方面這種挖掘證件的工作在庭審結束之前一直都在孜孜不息地繼續努力，不像偵訊戰犯和錄取口供的工作那樣，到庭審開始便必須立即停止。
此外，還有兩件事值得在這裡提到：（一）在遠東法庭檔案室裡所陳列的，除了堆積如山的日本政府檔案之外，還有一小部分外間不能看到的其他檔案和手稿，例如“滿洲國大事記”、“木戶日記”、“西園寺公札記”等。這種資料雖然不多，但它也是訴訟當事人挖掘證據的物件。（二）為了維持“公平”、“平等”的原則，法庭不但讓檢察人員到檔案室去隨意翻閱、任意摘取他們所需要的資料，而且也讓被告辯護律師們去任意翻閱、儘量摘取他們認為對被告有利的任何資料。因此，檔案室便成了訴訟雙方的“共同武庫”，每天都有三五成群的檢察人員和辯護人員在那裡孜孜不息地做“打撈”工作。他們在法庭上雖然屬於兩個敵對的陣營，但在檔案室裡他們卻是“各盡所能、各取所需”，並且“和平共處”、“互不侵犯”。這不能不說是遠東法庭裡一個很特別、很有趣的現象。
南京大屠殺事件的實地調查
檢察處在起訴準備中的第三項工作便是派人到各地去對戰犯們的罪跡進行現場採訪和調查。由於日本戰犯的罪跡遍及全東亞和太平洋區域，這種採訪調查當然不可能普遍、全面，而只能是有重點地、有選擇地進行。這種方法對於某些種類的罪行是特別適宜的，對於某些其他的罪行卻沒有多大用處。例如，破壞和平罪中關於日本侵略政策的形成以及侵略戰爭的發動，這種證據只有從日本政府檔案、主要戰犯的口供等方面去找，派人到外地去採訪調查是不會有結果的。但是對某些日本戰犯在亞洲各地命令或縱容部下大規模地屠殺平民、虐待俘虜、燒劫財產、強姦婦女等種種非人道的暴行，派人到犯罪地區去作現場調查的好處是很大的。第一，他們可以向當地親歷目睹的人們錄取證詞，由陳述者簽字後將來便可作為書面證言向法庭提出。由於證人是罪行的親歷目睹者，他的證言便是第一手資料，其作證價值是巨大的。第二，在採訪調查的過程中，工作人員還可以預先約定所謂“關鍵性證人”（key witness）在審判的適當階段中到東京來出庭作證，用口頭的陳述對被告戰犯做有聲有色的控訴。
由於實地調查訪問的方法對大屠殺一類的暴行特別適宜，國際檢察處在法庭訊審開始以前曾經有重點地採用過多次；並且很有收穫。例如，關於日軍在馬尼拉等地的暴行，“巴丹死的進行”，緬泰路的強制勞動，南洋各集中營中的任意虐殺等，他們都曾派人到菲律賓、印尼、緬甸、南洋各地去作實地調查，收集了不少的書面證詞。然而做得最有成績的還是關於南京大屠殺事件的實地調查。
南京大屠殺事件是日軍在第二次世界大戰中的一件最突出的暴行，其規模之大、時間之長，殺人之多，都是歷史上所罕見的。這事件曾經轟動全世界的輿論，遭到善良人類的普遍譴責。負責控訴日本戰犯罪行的國際檢察處當然要把這件事作為一個重點去處理，特別是由於這件事的禍首和主犯不是別人而正是已經逮捕在押的松井石根大將。為了徹底弄清事件的真相和收集較多的證據去支援檢察方面的控訴，檢察長季楠在1946年3月初便呼叫了一架盟軍總部的專用飛機，在中國陪席
