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孔孟之道戰勝了諸子百家的理論，從漢朝開始，就成為統治全國的指導思想。時代愈是往前發展，統治者對它的依賴程度也愈大。到10世紀以後，也就是唐宋兩代，中國經歷了一次巨大的變化：經濟的重心，由華北旱田地帶移至華中和華南的水田地帶。隨之產生的顯著後果，則是內部的複雜性相繼增加。官僚階層過去為豪門大族所壟斷，至此改變而為與紳士階層相表裡。軍隊中的將領逐漸失去了左右政治的力量，文官政治確立為統治帝國的原則。這種多方的改變，使集權的中央政府不得不創立新的哲學理論，以維繫社會上成千成萬的優秀分子，即讀書計程車人。這些士人就是紳士階層，和以前的門閥士族比較，人數多，流動性大，生活面和知識面也遠為廣闊。以此，儒家單獨的倫理性格已經不能完全適應時代的需要，而必須摻和理智上的新因素，才能適應於新的環境。
針對這種需要，很多學者不斷把孔孟的著述加以新的註釋，而把這些註釋綜合調和以構成一種思想系統的，則是宋代的大儒朱熹。他是孔孟以後儒家學派中最有影響的思想家，死後被尊為賢人。他對儒家經典的論述具有權威性，他的《四書集註》，是明朝、清朝兩代士人規定的教科書，也是科舉考試的標準答案。
他的治學方法被稱為“理智化”、“客觀”、“歸納法”，有時甚至被認為有“科學”的根據。朱熹對過去的歷史和哲學著作熟讀深思，進行整理。他的結論是，歷史上各個朝代的盛衰興亡，以及宇宙中的各種自然現象，都有共通的原則，而且彼此印證。其學說的基礎，乃是宇宙和人間的各種事物都由“氣”構成，透過“理”的不同形式而成為不同的“物”。這所謂“物”，包括具體的事物如日月星辰，也包括抽象的倫理如孝悌忠信。這種把具體和抽象混為一談的方法，是中國思想家的傳統習慣，也合於他們一元論的宇宙觀。因為他們認為，一個人看到一件事物，這種事物就不是孤立的，不可能與環境隔離。他們著重於事物的功能。一件事物具有特性，就是因為它和其他事物發生了關係。白色的東西有白色的特質，是因為有光線的反射，見於人眼。這也就是說，凡“物”皆有動作，光線的反射見於人眼是一種動作，為人忠孝也是一種動作。運用這樣的觀點，朱熹把雷霆和鞭炮看成相似之物，因為兩者都是“鬱積之氣”企圖發散。
孔子的仁，孟子的性善論，乃至中國社會傳統的組織和習慣，都被朱熹視為“天理”。但是人可能違反天理，因為各人秉氣不同，有清有濁。如果濁氣抬頭，天理就被“人慾”所取代。補救的辦法是“格物”，也就是接受事物和觀察、研究事物。他說：“所謂致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而突其理也。蓋人心之靈，莫不有知，而天下之物，莫不有理。”透過格物，可以使人發現天理。
事實上，朱熹所使用的方法並不是歸納法，也很難說得上科學性。用類比以說明主題，是戰國時代的思想家和政治家常常使用的方法。孟子以水之就下比喻人之性善，其實人性與水性並沒有聯絡，所謂相似，不過是存在於孟子的主觀之中。朱熹的格物，在方法上也與之相同。在很多場合之下，他假借現實的形態以描寫一種抽象的觀念。他認為一草一木都包涵了“理”，因此他所格的“物”包括自然界。在他看來，傳統的社會習慣，乃是人的天賦性格。但是他在作出結論時，卻總是用自然界之“理”去支援孔孟倫理之“理”。這也就是以類似之處代替邏輯。
對朱熹的思想系統，可以從不同的角度批判。其中重要的一個方面是，假如人之愚頑不肖，如他所說在於氣濁，則這種生理性的缺點就應當採取機械性的方式補救，例如著眼於遺傳，或者如道家的注重吐納。然而朱熹反對這樣的辦法。他認為這些氣濁的人應該接受教育，經過不斷的努力，才可能接近真理。這樣一來，朱熹之一個全體的、有組織的宇宙，已成問題，即倫理之理有別於物理之理。
