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以利用各文官間對故太師的反感，排斥他所接近的人，如侍郎兼講官高啟愚、禮部尚書徐學謨和他申時行自己。
為什麼張居正這樣令人痛恨？原因在於他把所有的文官擺在他個人的嚴格監視之下，並且憑個人的標準加以升遷或貶黜，因此嚴重地威脅了他們的安全感。這些官員之間關係複雜，各有他們的後臺老闆以及提拔的後進。他們又無一不有千絲萬縷的家族與社會關係，因之得罪了一個人，就得罪了一批人；得罪了一批人，也就得罪了全國。這正如他同年王世貞所說，張居正一套偏激的辦法，是和全國的讀書人作對。
張居正又錯誤地使用了獬豸這一動物。監察官是徵集輿論、平衡陰陽、在公益和私利中找到折衷的工具，元鋪張先生卻用它來推動自己的政策。御史和給事中只檢舉對他不利的人物，不糾察他的行政，這種情況使他們與特務警察無異。因之張居正雖沒有獨裁者的權位，卻有了獨裁者的神通。要不是在他執政之日有這種普遍被壓抑的恐懼和怨恨，以後的反張運動就不會引起這麼多的同情，動員這麼多的力量，產生這麼多的枝節。
1585年，萬曆皇帝決心將張居正一案作為歷史看待。申時行也決心防止這樣的政治波瀾再來掀動本朝的上下機構，他呈請皇帝停止張居正所制定的考成法。為了有效地管制全國各府縣，這一考成法規定各科給事中按年月記載各地方官的政績，其標準為欠稅是否能夠追繳，盜匪是否能夠擒獲。官員前案未結，就不許升遷離職，甚至有些已經退休或正在養病的官員還要被傳詢答覆問題。現任首輔申時行認為這種方法有欠公允。因為稅收能否如額徵足，有其多方面的原因，而不完全決定於縣令府尹的能力和辦事精神；匪盜就擒或漏網，更多出於偶然的機會，如果上官不顧困難，一味逼迫下屬，下屬又逼迫兵丁捕快，就會促成許多嫌疑犯屈打成招，這也不是清明寬厚的本朝所宜有。萬曆聽罷首肯。這樣，張居正時代惟一有組織性的條例也就此撤銷。
為了表示胸襟開闊，申時行對參劾過自己的官員概不追究，甚至還建議其中的幾位官員晉級。另一件出人意外之事則是他替鄒元標說好話。這一位鄒元標，除了上書觸怒聖顏之外，還幫助反對申時行的一派逐走了他的兒女親家徐學謨。萬曆本來想重辦鄒元標，申時行出來討價還價，終於使鄒沒有受到廷杖，僅以除籍了事，而在鄒元標離職以後，申時行還在設法使他能第二次被召復職。
1587年又值京察之年，這是一個極好的機會可以宣揚他作為大政治家的誠意。京察每六年舉行一次，全部京官都將被考核。各地巡撫由於帶有都察院御史的頭銜，所以也同於京官在考核之列。與他前任1581年的原則相反，申時行力主人事上的穩定。隨即訊息傳來，政府讓大小官員各安其位。於是眾心欣慰。京察的結果，凡由進士出身的職官只有33人降級或罷免，而且這33人，沒有一個出於吏部、都察院或翰林院這些傳統上最富敏感的機關。這種恕道穩定了文官集團的情緒，也穩定了首輔自己的地位，他被眾口交譽為老成持重，有古君子之風。
他和萬曆之間的關係也越來越好，概言之，即已經由協調進而為親密。冊封萬曆的寵妃鄭氏為皇貴妃時，他被委為正使之一。申時行又奉派為總攬大峪山今上陵寢的建築工程，並已到施工之處巡視多次，一次在嚴寒，一次在酷暑。1587年，他報告一切進行都很順利。萬曆龍顏大悅，特賞首輔申先生織有雙喜字的錦緞一匹，讓他製成新衣，以供閱陵時服用。
在皇帝的心目中既已取得了很高的信用，申先生又能以他高超的勸說能力，委婉地請求今上放棄他禁中內操，即在皇城中訓練以宦官編成的軍隊，並同意不再隨便出城巡閱，管束職掌特務的宦官張鯨。這些事情，如果不是申時行採用恰當的方式調停，很可能造成皇帝與百官間的衝突。因為在這些地方文官們有他們堅定強硬的看法，要是他們一定要以道德的名義在御前諍諫，言語衝突之餘，萬曆一動反感，很可能導致一意孤行。申閣老防患於未然，確已盡到從中調濟的職責。
反對申時行的則仍稱他為妥協，一味只顧目前適用，放棄原則。申時行當然有他的辦法答辯。他表示，要是不恢復百官間的彼此信賴，怎麼可以使他們大有作為，為皇上推行開明的政治？
管理我們這樣一個大帝國，在許多問題上一定是要生罅隙的。張居正以整飭紀律自居，而實際上他是強迫要求各人保證不生罅隙。申時行用恕道待人，又鼓勵誠信，就是期望各人自動地各盡其能地補救罅隙。申時行的立論並非沒有理由，
