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遠東國際軍事法庭在東京的審判還忽略了對日本戰犯某些戰爭罪和反人類罪的審判，比如，沒有任何對於強迫勞動、性奴役、生物學實驗和使用化學武器的行為進行起訴。
這一方面是由於盟軍為了迅速結束遠東國際軍事法庭在東京的審判，從而導致了遠東國際軍事法庭在東京的審判中並不全面的刑事調查，另一方面則歸咎於美麗國獲取了日本軍隊關於化學武器研究的資訊並據為己有的目的。
雖然，在一九五六年的時候，華夏特別軍事法庭在瀋陽和太原的審判確實起訴了發生在華夏的強迫勞工的犯罪行為，然而，光是在一九四三年到一九四五年間，就有至少約四萬華夏人被強行帶往日本為一百三十五個建築及採礦公司工作。
這些被強行帶往日本的華夏勞工中大約有七千名華夏勞工由於殘酷的待遇而死亡，但是，這一事實卻並不在華夏特別軍事法庭的起訴範圍內，華夏特別軍事法庭本來是可以起訴那些幫助將被強迫的華夏勞工送往日本的戰犯，結果，華夏特別軍事法庭的這一個疏忽也成為了之後多年以來被強迫的華夏勞工受害者們所關注的焦點。
在華夏特別軍事法庭的兩個案件中，公訴人起訴了三名日本戰犯被告人制造生物武器和生物學實驗的罪行，還有一個案件涉及兩名被告人使用化學武器的罪行，華夏特別軍事法庭的起訴書中認定日軍使用催淚瓦斯或者是毒氣的行為造成了數以百計的華夏平民的傷害和死亡。
但是，華夏特別軍事法庭上的這一項指控，並不能充分反映日本戰犯的犯罪嚴重性，要知道，在華夏和日本的戰爭期間，日本軍隊使用防爆劑、光氣、氰化氫、糜爛性毒氣和芥子氣廣泛的攻擊了華夏各處的目標。
據估計，發生在華夏和日本的戰爭期間的兩千次化學武器的襲擊，導致了華夏成千上萬的死亡和無法統計的人員受傷，並且，自從華夏和日本的戰爭結束之後，一些被日軍遺棄的化學武器在華夏被偶然的發現，也造成了很多的疾病和傷亡。
另外，直到二十世紀七十年代的一本以韓國慰安婦為主題的書問世，世界才意識到二戰期間發生的性奴役罪行，也就是所謂的“慰安婦”問題。
因此，在一九五六年的華夏特別軍事法庭並未起訴有關華夏慰安婦的罪行，但是，日軍在華夏二十一個城市中建立了成千上萬的“慰安所”，總計超過有二十萬名華夏婦女被迫向日本軍隊賣淫。
這樣的事實，連同在這段不堪往事中被傷害的人們和家庭卻被輕易的忘卻和忽略了，如果這些犯罪行為當時能被調查起訴的話，一九五六年在華夏特別軍事法庭上的審判本來可以有助於對這些罪行的認定，併為國際和國內刑事司法發展做出更多貢獻。
而關於賠償的問題，則是華夏特別軍事法庭沒有處理的另一個問題，根據《波茨坦公告》中的內容，日本政府應該向受害者國家支付賠款，在嚴重侵犯國際人道法的案件中，受害者有權要求日本政府進行補救和賠償，並且，這一原則已經被聯合國所採納。
華夏政府曾在二十世紀五十年代的早期表明了立場，保留要求日本政府賠償的權利，因為，在華夏和日本的這場戰爭中，華夏遭受到了最多的損失，其中包括一千萬人的死亡，以及在日本軍隊的入侵中遭受到的超過五百億美元的經濟損失。
然而，在一九五六年的時候，華夏政府改變了立場，華夏特別軍事法庭瀋陽特別軍事法庭副審判長袁光和廖承志彙報時曾經提出，鑑於德意志國已經為之前的入侵戰爭做出了巨大賠償，蘇聯也在華夏的東北地區沒收了日本的資產和財物，因為，華夏特別軍事法庭也應該有權利要求日本政府向華夏的受害者進行賠償。
華夏政府對賠償問題的回應，是華夏放棄對日本的索賠是更好的處理方式，因為在華夏政府看來，如果要求日本政府進行戰爭賠償的話，那賠償的負擔最終是落在了日本人民身上，而不是日本政府的身上。
如同在對日本戰犯的量刑政策上一樣，放棄賠償是華夏對日本的寬宏大量的政策的一部分，為了兩國的友誼，華夏政府採取的政策是以德報怨。
但遺憾的是，這樣的決定讓華夏的受害者們所享有的要求日本政府賠償的權利被忽視了，賠償這一權利不僅僅是透過貨幣價值來進行衡量，同時，賠償權利也是恢復性司法中極其顯要的部分並且對和解程序有著重要作用。
二戰後成立的紐倫堡與東京國際軍事法庭開啟了國際刑法的實踐，在國際法上具有開創性的意義，其中，遠東國際軍事法庭在東京的審判更是在開啟
