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在華夏特別軍事法庭有的庭審上，被告人的辯護律師有的向法庭提及被告的教育背景和犯罪的社會根源，有的提出部分指控的罪行是由被告人的前任指揮官所實施的，有的請求法庭注意被告人的個人情況等。
比如，一名被告人在犯罪時已離職，有的指出被告身為低階軍官並未參與政策制定故而不應當對指控的罪行負主要責任。
一部分為被告人辯護的律師進一步的提出，儘管被告人是日軍的高階軍官，但是一些重要的軍事行動必須經過上級長官的授命才能實施，所以，被告人的辯護律師建議法庭應當區分被告和其上級長官的刑事責任以減輕被告人的罪責，大多數的辯護律師都強調被告人有悔罪表現並且請求法庭從輕處罰。
在一些特別的情形下，被告人的辯護律師還向法庭提出一些特殊問題來保護被告的權利和利益，比如，在對武部六藏的審判中，被告人因嚴重的疾病無法出庭，法庭因此同意辯護律師的請求，允許在被告接受治療的醫院開庭。
華夏特別軍事法庭委派審判員楊顯之前往審判，隨同前往的還有書記員婁玉，國家公訴人曹振輝、被告辯護律師關夢覺、趙敬文也參與了此次訊問，這些對被告人利益的保護措施也都體現著對被告人的人道待遇。
許多國際人權條約和公約都明確規定被告人有公開審判權，所以，華夏特別軍事法庭在瀋陽和太原審判中的日本戰犯都是公開審判的，到庭旁聽的有各民主黨派和人民團體的代表、工廠、學校和機關的代表以及軍隊代表共百餘人。
新聞記者也都觀察和報道了華夏特別軍事法庭在瀋陽和太原這兩地的審判，這一程式充分的讓華夏特別軍事法庭的審判受到了人民的監督，保證了華夏特別軍事法庭的審判透明、公正。
在對日本戰犯的量刑上，從一九五五年的偵查工作結束後，最高人民檢察院檢察長便會同有關政府部門對日本戰犯的量刑問題進行了初步研究，其中，東北工作團建議由七十名被關押的日本戰犯為罪大惡極的戰爭罪行負最主要的責任，應當判處死刑。
但是在一九五五年十二月的一次會議上，政治局常務委員會明確表示對日本戰犯採取從寬處理政策，即“不判處一個死刑，也不判處一個無期徒刑，判有期徒刑的也要極少數”。
不過，各民主黨派，工商聯和無黨派人士代表對此政策都提出了異議，因為他們覺得這個政策難以平息民憤。
至於採取從寬量刑的政策是有兩個原因，首先，這些日本戰犯已經被監禁了十年之久，對於其中大多數人所犯的罪行來說這都足以用來替代量刑，更長期的監禁僅需要在一小批犯極嚴重罪行的犯罪分子中適用。
其次，鑑於第二次世界大戰已經過去十年，華夏和日本兩國在國際事務中的地位都發生了巨大的變化，採取從寬量刑政策有助於推動華夏和日本的外交關係正常化以及國際局勢的和平與穩定。
《關於處理在押日本侵略華夏戰爭中戰爭犯罪分子的決定》清楚地表明日本戰犯所犯的罪行對華夏人民造成了極其嚴重的損害，他們罪大惡極地違背國際法準則和人道主義原則，本應予以嚴厲的懲處。
但是，鑑於日本政府投降後十年來情況的變化和現在的處境，以及華夏和日本兩國人民友好關係的發展，同時考慮到這些日本戰爭犯罪分子在關押期間絕大多數已有不同程度的悔罪表現，因此決定對於這些犯罪分子按照從寬政策分別予以處理。
一九五六年一月，負責審理日本戰犯的領導以及史良、張志讓、潘震亞、周鯁生、梅汝璈等法律專家根據從寬處理的原則對量刑問題開會進行了專門的討論，量刑的原則也都反映在了最高人民法院特別軍事法庭的判決書中。
最高人民法院特別軍事法庭作出的四起案件的判決書判定，在日本軍隊侵華期間，被告人實施了日本侵略華夏的政策，協助日本軍隊的侵略戰爭，違反了國際法準則和人道主義原則，根據事實和可適用的國際法和國內法，被告人被判定犯了戰爭罪和反革命罪，包括篡奪華夏國家的主權，計劃和推進侵略政策，破壞城鎮和村莊，驅逐平民，掠奪財物，強姦，迫害和非人道對待、虐待、屠殺戰俘，參與間諜行動，製造細菌武器以及使用毒氣。
但是，華夏特別軍事法庭沒有被判處日本戰犯分子無期徒刑或者死刑，即使對日本戰犯所犯下的罪行重判是罪有應得，所以，華夏特別軍事法庭對所有日本戰犯判處的刑罰都不超過二十年有期徒刑。
華夏特別軍事法庭在瀋陽和太原的審判，在一定意義上
