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下臺，段再次復出就任總理。這時，進攻湖南的曹錕及其部下吳佩孚屢屢獲勝，段封曹為川粵湘贛四省經略使。曹錕督直而經略四省，成為民國以來地方官員權力最大的人。吳佩孚也被授予孚威將軍、援粵軍副總司令。吳原以為打下了湖南，可以做湘督，但湘督卻讓張敬堯搶去了，心中不快，雖掛了個援粵軍副總司令的名，但安坐衡陽，並不南下援粵。段祺瑞武力征服南方軍政府的目的未能達到。半年後，段又下臺。北方政府的總統換成徐世昌，總理換成錢能訓。
南方的軍政府內部也不團結。陸榮廷、唐繼堯並不是孫中山的同志，不情願處於孫之下。孫除部分海軍外並無其他軍隊，敵不過陸、唐。於是，軍政府由大元帥制改為七總裁制。這七個總裁是：陸榮廷、唐繼堯、孫中山、唐紹儀、伍廷芳、林葆懌、岑春煊，由岑擔任主席總裁。孫中山遭排擠，遂離開廣東來到上海。
居住上海期間，孫中山致力於革命政黨的改造，將中華革命黨改組為中國國民黨。在“國民黨”的前面加上“中國”二字，為的是區別於民國元年的那個國民黨。他又撰寫出版了《孫文學說》一書，闡述革命理論，為國民革命的下一步發展奠定了重要的基礎。
這時，隨著曹錕、吳佩孚實力的加強，他們與段祺瑞派的矛盾越來越激烈。曹錕是直隸人，曹派被稱作直系。段祺瑞是安徽人，段派被稱作皖系。北洋軍便正式裂變為直、皖兩系。在東北，土匪出身的張作霖已迅速崛起，成為東北三省的土霸王。張作霖是遼寧人，張派被稱為奉系。曹錕與張作霖聯合通電討段，奉軍入關，直奉聯合打敗了皖系。不久，直奉之間又因分贓不勻火併。結果奉系大敗，退回關外。
南方軍政府也因為派系矛盾，隨著孫中山、唐紹儀、伍廷芳相繼辭去總裁終於全盤瓦解。
中國實際上已處於無政府狀態。於是不少省倡導聯省自治，即像美國聯邦自治一樣，各省由本省自己管理，在省之上有一個鬆散的聯盟組織，用以對外。這個倡議以湖南叫得最響，還居然制定了一個湖南省憲法。當然，這個省憲也只是一紙空文而已。
此時，在廣東省崛起一個年輕的軍事實力人物，此人名叫陳炯明。他一九○九年加入同盟會，兩年後辛亥革命成功，年僅二十四歲的陳炯明便做了廣東省的副都督，不久又做了都督。一九一三年國民黨發動二次革命，陳炯明也參加了，失敗後逃亡海外。一九一五年，陳回國參加討袁行列，組織粵軍，自任總司令。袁死後，陳公開擁護孫中山。
革命成功前的老同盟會員，兩次反袁的經歷，使得孫對陳很是信賴，引為自己的革命同志。當陳炯明的軍隊控制了廣東的政局後，電邀孫中山回粵，孫欣然離滬回穗。
其實，陳炯明並非中山信徒。他邀孫回粵，只是想利用孫的崇高威望為自己撐臉面。孫中山回到廣州後，立即著手重新組建政府。陳是贊成聯省自治的，他一心只想做廣東王，對孫中山統一全國的主張甚為反感。但他拗不過孫，只得勉強同意。在二百二十個非常國會議員的擁戴下，孫中山再次當選大總統。於是中國大地上又有了兩個總統：一是北方的徐世昌，一是南方的孫中山。
孫中山的政府也只設六個部，六個部的部長只有四個人，伍廷芳外交兼財政，陳炯明陸軍兼內務。陳一身任兩部外，還兼任廣東省長及粵軍總司令。孫中山決定北伐，在廣西桂林組織大本營，委朱培德為滇軍總司令、彭程萬為贛軍總司令、谷正倫為黔軍總司令、李烈鈞為參謀長、胡漢民為文官長。
控制著廣東實權的陳炯明對北伐很冷淡。為保證北伐的後方供應，孫不得不撤去了陳的廣東省長及粵軍總司令的職務，任命伍廷芳為省長。陳因而懷恨在心，秘密與吳佩孚及同屬直系的贛督陳光遠聯絡聲息。當許崇智率領粵軍第二軍進入江西的時候，陳炯明的部隊竟然圍攻廣州總統府及孫中山在觀音山的住所粵秀樓。
孫中山在侍從的保護下來到海珠海軍司令部，登上楚豫艦，第二天轉登永豐艦。孫中山在永豐艦上一邊督率海軍炮擊叛軍，一邊部署各路人馬回援廣州。在獲悉陳炯明勾結直係軍閥企圖撲滅北伐軍的電函後，為制止直係軍閥與陳聯合行動，孫中山給同盟會的老同志、與曹錕曾有過交往的劉成禺寫了一封信，要他全權辦理此事。此時劉成禺住在香港，接到孫的親筆信後星夜啟程北上。在長沙候車時，偶遇賦閒鄉居的劉揆一。
當年滿腔熱情投身革命，充當過革命前同盟會總部負責人、革命成功後兩度出任工商總長的劉揆一，近幾年來對黑暗、醜惡、混亂、傾軋的中國政壇痛
