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成化四年六月，京師。
經過充足的準備之後，劉君韜以內閣首輔的名義上奏成化帝，開始正式推行變法。
成化帝當即批准，開始了成化變法的序幕。
此番變法，劉君韜首先對準了朝廷的官職制度，只有先將朝廷的體制改變過來，才能保證後續的變法順利進行。
劉君韜頒佈的第一道變法令就是官體革新令！
在這道命令中，劉君韜對朝廷六部的職責進行重新界定：
兵部：掌管大明兵事，統管全國軍隊的操練、裝備、調動、征伐等事項，相當於後世的國防部和軍委，幕府軍部部長向群被劉君韜提名為兵部副尚書，同時撤銷五軍都督府，將明軍的徵調權利徹底移交給兵部行使。
兵部按照劉君韜幕府軍部建制：
設立徵兵司，對全國各府縣的適齡男丁進行等級造冊，並且嚴加甄選，這些經過甄選的男丁將會在各府縣的訓練營定期進行操練，每年兩次，每次一個月，作為大明的兵源儲備，大明各省、府縣都將陸續建立訓練營，由徵兵司直接管轄，並不隸屬與地方。幕府徵兵司司丞武磊留任兵部徵兵司司丞。
設立兵備司，劉君韜將麾下的玉山鎮兵仗局、東平州軍械所、徐州兵仗局以及山西的數座兵仗局，全部上繳朝廷，兵部兵備司還將繼續在全國各省陸續建立上百座兵仗局，保證一府之地就有一座兵仗局。這些兵仗局將全部直屬兵備司管理，並且採取商賈的管理形式，每年由兵部直接下訂單進行採購，自負盈虧，從而徹底杜絕貪汙腐敗、以及粗製濫造的發生；幕府兵備司司丞張白圭老當益壯留任兵部兵備司司丞。
設立鎮撫司，對內負責明軍各部的軍紀進行查驗，明軍任何一部出征，鎮撫司都將派人跟隨，監察違反軍紀之事，並登記軍功在冊，防止冒領軍功之事的發生。幕府鎮撫司司丞田暮生留任兵部鎮撫司司丞。
設立研發司，負責各種新式裝備的研發和試驗，對現有兵備進行改良。幕府研發司司丞楊立本留任兵部研發司司丞。
戶部：掌管大明民政，劉君韜將戶部原本掌管的大明財權從戶部拿了出來，將戶部變成只管民政的清水衙門。
仿照幕府民部的屯田司設立物資司，掌管大明各地的民屯事宜，以及大明各地的府庫、各種物資的儲備、調運，並且的對大明各地的物價進行平抑。幕府屯田司司丞張睿留用物資司司丞。
設立戶籍司，掌管大明各地民戶資料，並且重新編寫魚鱗黃冊，以後每隔十年重新審定一次，作為大明徵收賦稅、徵發徭役的憑證。幕府戶籍司司丞許琺留任戶籍司司丞。
刑部：負責大明各地的緝拿、治安，劉君韜將原先刑部的審判權拿出來，將刑部變成後世的公安機構。
劉君韜在刑部下面設立：
治安司，主管大明各地的民間治安維持，在各地設立公安府衙，建立縣、府、省三級，幕府治安司司丞陳瑜留用司丞，原幕府緝拿司司丞牛傑出任副司丞；
案牘司：負責儲存大明所有的審訊、辦案資料等要件，原幕府案牘司司丞黃澤天留任司丞；
劍鋒司：負責統領一支特種兵馬，專門應對大明各地的悍匪、豪強，原幕府劍鋒司司丞徐兆會留任司丞。
吏部：負責大明各級官吏的選拔、使用、調任、考核等事物，相當於後世的組織部。劉君韜提名幕府中樞部部長藍思齊出任吏部副尚書。
禮部：負責大明外交事宜，以及國家大典的承辦。劉君韜將原太常寺、鴻臚寺、光祿寺全部合併進禮部之中，精簡人員、節省朝廷開支。
工部：掌管大明國家工程建設，以及各項新發明、新技術、新裝置的研發和推廣。同時劉君韜將幕府商部中的將作司併入工部，將作司司丞馬立軍留任。
對大明原六部的改制的基礎上，劉君韜還增加了不少的新機構：
增加財政部：對大明各地由票號改組而成的銀行進行管理，並且統管原戶部的朝廷財政大權。劉君韜提名原幕府商部部長唐宇出任大明第一任財政部部長。
下設財政司：對接大明兩京一十三省、安西都護府、北庭都護府、瀚海都護府每年的收支與報銷；
下設工商司：負責大明各地所有工坊和商貿的管理，以及各種物資的生產、專利的販賣，對大明境內的商事進行干預和收取各種行政費用；原幕府工商司司丞崔寧留用。
下設中央銀行：負責對大明所有民間、官辦銀行進行管理，並且開始籌備銀票向紙幣過度的事宜，同
