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最終，明朝決定由中央政府統籌軍餉，除此之外，還從國庫專撥白銀兩萬兩，以作朝鮮流亡政府的日常開資。由於山高路遠，輜重由大陸運抵朝鮮半島費盡周折，以至於中途損耗糧草過多，前線所得甚少。明朝敦促朝鮮政府能夠盡全力籌措，以備不時之需。
由於中、朝雙方對日本實力均缺乏準確瞭解，使得萬曆皇帝無法決定出兵規模。
四 情報不準，導致明軍出師不利（1）
日軍登陸朝鮮半島兩個月之後，明朝即正式出兵，且不論明朝國內紛亂不已，這在人類社會的農業時代，已經是很驚人的反應速度。最初階段的入朝部隊由遼東方面軍組成，6月15日，官兵一千零二十九名、軍馬一千零九十三匹抵達朝鮮半島。
明軍渡過鴨綠江之後，朝鮮國王希望明軍能夠立即南下進攻日軍，卻不希望明朝將領擁有在朝作戰部隊的總指揮權。
明朝將領與朝鮮大臣之間發生了最初的糾紛。明朝將領認為戰報不詳，不可貿然出擊，堅持要等到後續部隊來朝之後才可出兵。由此可見，明朝方面對日本軍力的判斷是十分慎重的。
隨後，明朝方面發來第二批援朝部隊，與第一批赴朝部隊匯合，共計兵士二千三百四十八人、馬匹二千六百二十二匹。指揮官為遼東副總兵祖承訓，後勤則由駐防遼東九連城的總兵楊紹勳在中國境內籌備。但這一批部隊隨軍只帶了火銃等輕型火器，並沒有攜帶火炮等重型裝備。
7月15日，祖承訓率三千騎軍從安順連夜抵達平壤城外。至嘉山時，慎重起見，找來當地人詢問：“日軍主力是否還在平壤城內？”但對方提供的資訊很模糊，只是用道聽途說來的情況做了彙報。這一階段，祖承訓顯然有輕敵心理，他在戰前吹風會上舉杯仰天曰：“賊尤在，必天使我成大功也！”
16日拂曉，祖承訓乘日軍不備，派遊擊將軍史儒率領千總馬世龍、張國忠兩名軍官從七星門突入，手斬日軍十餘名。三千明軍騎兵隨後攻入城內，與上萬日軍展開激烈巷戰。
由於城內多狹小街巷，明軍無法施展騎兵衝鋒優勢，這種地形反卻有利於日軍裝備火繩槍部隊進行伏擊，日軍“左右發丸齊射”，以致明軍陷入險境。
馬世龍、張國忠等先鋒軍官被日軍火繩槍擊中身亡。
明軍戰敗，只有祖承訓等寥寥數人身免。退出平壤之後，祖承訓一日之內跨過鴨綠江以東的大定江。
朝鮮流亡政府得知訊息，急忙派出兵曹參知沈喜壽前往九連城面見遼東總兵，希望楊紹勳能下命令讓祖承訓留駐在朝鮮境內，但祖承訓尚未得到命令就已退過鴨綠江回到遼東。
祖承訓雖然兵敗，卻得到了第一手日軍情報，在其上呈給遼東總兵楊紹勳的報告裡面，對數個重要問題進行了詳細總結和分析：
一、部隊後勤不足問題嚴重影響軍隊進度，應該予以足夠重視；
二、朝鮮對軍事情報的掌握有重大失誤，戰前認為平壤城裡只有日本守軍千人，但經過實際交戰後，估計日軍兵力有萬人之上；
三、日軍輕火器裝備率很高，明朝需要派出重火器部隊予以壓制；
四、平壤城裡日軍方面有朝鮮人加入，朝鮮方面需要予以解釋；
五、中、朝部隊不能做到協同作戰，反而彼此相累，同赴平壤進行攻城作戰的也有朝鮮軍隊數百人，但臨戰之時，已逃逸大半，其怯戰、畏日心理可見一斑，做到戰時令行禁止，首先就需要解決在朝作戰部隊的指揮權問題。
對於情報提供以及日軍中有朝鮮人這兩個情況，朝鮮政府立即出面申辯。說明情報是由朝鮮地方人員提供，而朝鮮人助日截擊明朝軍隊，有可能是朝鮮兵器落入日軍，或因朝鮮軍士被俘受其脅迫所致。
初戰失利，北京震動。平壤兵敗也讓萬曆皇帝認識到，單靠遼東軍力已不足以對抗侵朝日軍。
當時明朝有軍隊一百五十萬左右，堪稱世界第一軍事強國，但是軍隊缺編情況非常嚴重。明朝初年的屯田兵是一種世襲兵制，即“一旦為軍，子孫後代皆為軍籍”，這種軍制本身就是一種權宜之策，不能保證部隊戰鬥力。加上嚴重的土地兼併，屯田不斷被官吏侵佔，而且自身也不斷遭受軍官私役，導致明初兵制遭到根本性破壞。
四 情報不準，導致明軍出師不利（2）
明朝中期對沿海倭寇和北方蒙古的被動應付，已經暴露出軍隊的軟弱無力。隨著募兵制代替世襲兵制，因為軍官的貪腐，不對士兵進行日常訓練，還夾雜著文臣武將不和、上下有隙
