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這些非營利機構開始將自己視作製藥業的“合夥人”，他們變得像企業家一樣，急於抓住一切機會將自己的發現轉化為財政收益。研究人員被鼓勵將他們的工作申請專利（專利將授予其所在學校），並且他們可以分享專利權稅。許多醫學院和教學醫院設立了“技術轉讓”辦公室來操作此事，將員工的發現變成資本。與此同時，醫學院的員工也與製藥公司建立了其他有利可圖的合作關係。後果之一就是醫藥研究開始重視商用化，而這本是不應該的。早先那些對“雖然清貧但很紳士”的生活方式感到滿足的員工們，開始問自己， “如果你真那麼聰明的話，為什麼你不富有呢？”醫學院和教學醫院於是就將更多的資源用於那些有商機的研究。
從1984年的《哈奇—維克斯曼法案》（Hatch…Waxman Act）開始，議會又透過了一系列對製藥業是福音的法規。這些法規將壟斷權擴充套件到了品牌藥中。壟斷權對製藥業而言，就像人體的血液一樣重要，因為它意味著其他公司在一段時期內都不能銷售與之相同的藥物。當市場壟斷權到期之後，複製品（被稱為“通用名藥”）進入市場，通常價格會下降至原來的20％。
藥物可以粗分為兩種，一種是製藥公司經過研究開發新的藥物成分，再實施嚴格的試驗，包括動物試驗、人體臨床實驗等，再經過各國藥政單位稽核之後，才能上市的品牌藥（brand drug）；又名原廠藥；另一種是所謂的通用名藥（generic drug），又稱副廠藥、仿製藥，即指品牌藥的專利權過期之後，通用名藥公司仿造原來品牌藥的成分，加上一些簡單的臨床試驗，或直接使用原來品牌藥藥廠所作的試驗資料，而向藥政單位申請稽核上市的藥品，通用名藥的好處在於節省了開發新藥所需花費的各種動物或臨床試驗的費用，所以可以大幅降低通用名藥的價格，且因為藥物成分類似，所以基本有一樣的藥效。
有兩種形式的壟斷權——由美國專利商標局（USPTO）授予的專利權以及由FDA授予的壟斷權。二者儘管相關，但它們一般是獨立運作、互為補充的。《哈奇—維克斯曼法案》，以參議員奧林·哈奇（Orrin Hatch（R…Utah））和眾議院議員亨利·維克斯曼（Henry Waxman（D…Calif。））的名字來命名，旨在透過繞過FDA對將通用名藥推向市場的一些稽核流程，來刺激通用名藥行業的繁榮。《哈奇—維克斯曼法案》達到了它的預期目標，但由於其中的一些條款被製藥業的律師所利用，延長了品牌藥的專利權期限，違背了立法者的初衷。
20世紀90年代，議會制定了其他一些法案，進一步延長了品牌藥的專利權期限。製藥公司現在僱傭了一些律師團來從這些法規中尋找可利用的空子——這些空子確實非常有價值。其結果就是品牌藥的專利期限從1980年的8年延長到了2000年的14年。對某種非常暢銷的藥物而言——通常指一年內銷售額超過10億美元的藥物（例如，Lipitor、 Celebrex或是Zoloft）——這多出來的6年時間就像金子一樣值錢。它能使銷售額增加數十億美元——足夠僱傭很多律師並且還能剩下很多。很自然地，大型製藥公司會不惜代價去保護它們的市場壟斷權，儘管這樣做公然挑戰了它們口口聲聲標榜的自由市場體系。
飛上雲霄
20世紀八、九十年代，當製藥業的利潤暴漲的時候，它的政治影響力也與日俱增。到了1990年，該行業自認為對自己的財富有著空前的控制力。例如，如果它對FDA（本應是監管該行業的機構）的什麼規定不滿意的話，它就會透過直接施壓或是透過議會里的朋友，改變這些規定。十大製藥公司（包括了歐洲公司）1990年的銷售額包含了大約25％的利潤，並且除了克林頓政府提議進行衛生保健改革期間，該比例驟降之外，整個90年代，該比例幾乎一直保持不變（當然，從絕對數額上看，當銷售額增加的時候，利潤額也在增加）。到2001年，在財富500強的名單中出現的十家美國製藥公司（與前面提到的世界十大製藥公司有所不同，但是它們的利潤率基本一致）與名單上其他行業的美國公司相比，其淨收益率遙遙領先，銷售利潤率為18�5％。這樣的利潤率非常驚人。相比之下，財富500強中所有其他行業的平均淨收益率僅是其銷售額的3�3％。雖然商業銀行也是一個十分具有“攻擊性”的行業，但是，它排名第二，其銷售利潤率遠低於製藥業，為13�5％。
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