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竟有參將、遊擊、千總、把總這層層軍官形成的指揮鏈條，而聞香教大軍中絕大部分都是抱著不花錢看病的愚民，各級指揮絕大部分也是抱著佔便宜的目的混入宗教的。這些人洗劫地方百姓的慾望是有，但是一看到官軍的白刃長槍，立刻就望風披靡，抱頭鼠竄了。
而當朝廷下令赦免徐鴻儒以外所有人之後，聞香教教主也就成了孤家寡人，事後明廷甚至沒有禁絕教徒，只是對剩下的宗教首領恩威並施了一番。
黃石認為一個組織的凝聚力取決於他的選拔制度，比如聞香教這種，靠著表面上的狂信來提拔，那必然會選拔出一批真正腦殘的狂信者和心懷狡詐的首鼠兩端之徒。
再比如軍隊中的兄弟會、哥老會。透過拜把子、認大哥來確實可以形成私家軍，但黃石認為這是一種封建軍頭制度，他無意在自己的軍隊中推廣，更不要說由自己來親手建立。
黃石的如意算盤是打著宗教的旗號發展政黨，而如果自行組織一個很容易引起朝廷和監軍的警惕，畢竟幾千年來打著這個旗號作亂的賊子不少，而在軍隊中自行建立宗派更是非常敏感。所以人數不能很多，要儘可能把教徒限制在一個較小的範圍內。
而透過政黨這個工具黃石可以灌輸給士兵一些他想灌輸的東西，比如說：理想。
近代軍隊是一具戰爭機器，透過殘酷的體罰和每天的訓練，讓士兵漸漸失去自我思考的能力，而形成對命令條件反射式的執行。一支近代軍隊中計程車兵，對軍棍和皮鞭的畏懼是根深蒂固的，在戰場上越恐懼就越會機械地執行命令。
例如南北戰爭的美軍，在炮火覆蓋下，列著嚴整的隊型，以緩步行軍一英里，然後完美的進行佇列變換，翻越矮牆。並從400碼距離開始還要受到不停的線膛槍射，一萬人在進攻戰鬥中掛掉八千這才崩潰掉。
封建軍隊的組織結構不必說，作戰主要靠個人武勇，憑首級計功，靠搶劫來維持鬥志，所以封建軍隊才會有歸師勿遏、圍城必闕的說法，就是希望不要逼得對手拼命。而近代軍隊就沒有這些說法，反正都是拼光了拉倒，但也只是戰場上的一具殭屍和行屍走肉罷了。沒有靈魂的軍隊只能僵化地進行殺戮或被殺戮，而不能積極主動地作戰，所以遇到現代軍隊後就再次出現了一邊倒的大屠殺。
只有理想，才能給近代軍隊這具死屍注入靈魂，不僅僅是機械的剛硬，還有靈活的戰術和柔韌的彈性。充滿戰鬥慾望地去作戰，靈活地根據戰場形勢去爭取勝利，被擊潰的單兵也能自行恢復戰鬥意志。
比如大規模的敵後游擊戰，並非古人不願意，而是封建軍隊和近代軍隊根本做不到。陷入敵後的封建軍隊是隻會搶劫的流寇，失去指揮的近代軍隊是死挺的乾屍。
黃石不知道這個計劃能不能成功，不過他還是要試試看，如果不行也不怕。吳穆幫著撒謊還是有好處的，如果真的把一死四傷的戰績報上去，這戰鬥力恐怕會引起朝廷的疑慮。朝廷把勝利理解為黃石個人的武勇是最好不過了，千萬不能讓別人意識到這是軍隊體制的威力——換誰來作指揮官都一樣。
黃石不同意鄧肯的說法，他告訴鄧肯信教計程車兵只能稱為信徒，但是受洗前必須經過選拔，這些信徒必須首先證明他們對天主的熱愛和忠誠才能受洗成為教徒……好吧，是對黃石的熱愛和忠誠。
預備教徒——黃石給這些信徒士兵加上的新稱號，必須要在戰鬥中表現出勇敢，或者在平時積極工作，才能得到積極入教份子的稱號。而這些積極入教份子必須要經過進一步的考驗，才能成為一名光榮的天主教教徒。
“這些教徒名義上——注意是名義上都是耶穌會的鄧肯發展的，包括我都是鄧肯吸收入教的，我和其他教徒在地位上的平等的。”
如果朝廷想找麻煩就去找耶穌會的麻煩吧，萬一真的朝廷起疑心了，最多也就是勒令黃石不許信教而以。黃石決心把背黑鍋這個重擔交給耶穌會的兄弟們去扛了，正所謂“死道友，不死貧道”，萬一“道友”也沒死，將來就把耶穌會說成是“託派”或者“修正主義”好了。
為了幫助這些積極入教份子早日得證大道，黃石還專門安排了學習班等組織生活，黃石已經給洪安通寫好了這些組織生活需要的材料。
“至於入教，這個也要按照標準模式來，比如你洪安通現在是一名光榮的‘大明忠君愛國天主教會’的教徒了，你的介紹人是黃石——也就是我，如果你以後叛教……這個當然不會，但是如果出現這種情況，就要追究介紹人的責任。”
黃石希望這個連坐制度
