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到現在為止,鮑林的工作都是圍繞分子的血紅素進行的,然而與此同時,鮑林努力思考著分子的其他部分——珠蛋白部分,即蛋白質部分。蛋白質化學還是一個龐大而又支離破碎的領域,鮑林用他慣常的方式開始自學,一面廣泛地閱讀科學文獻,一面尋找著合適的切入點,以便用自己擅長的化學知識來提供深刻的見解。他發現蛋白質是由稱為氨基酸的材料構成的。氨基酸的種類相對較少,20種左右,但都具有關鍵的相同點:每一個氨基酸都具有由三個原子組成的骨架,碳—碳—氮。碳的一頭是羧基的一部分,氮的一頭是氨基的一部分。各種氨基酸唯一的區別在於與中間碳原子相連的支鏈。偉大的德國有機化學家埃米爾·費歇爾在20世紀就證明,氨基酸可以透過頭尾相連,即把羧基和氨基相連而構成較長的鏈,費歇爾把這一共價鍵稱為肽鍵。他將構成的較長的分子稱為多肽。到了30年代,儘管並不是每一個人都認為所有蛋白質都包含多肽鏈,但至少有一部分蛋白質是包含多肽鏈的。

鮑林覺得費歇爾的理論很合理,他開始用這個理論去認識蛋白質,將其視作由肽鍵聯結的氨基酸所構成的長鏈。但是如何用這一長鏈的構造來解釋蛋白質的多樣性,如何解釋蛋白質在肌體中令人眼花繚亂的功能呢?所有蛋白質都是由多肽鏈的不同排列構成的呢,還是存在著別的基本結構?

和以前一樣,結構仍然是鮑林研究的重點。他相信,蛋白質的構造方式決定了它的活性。然而要發現它們的構造卻幾乎不可能。直接用電子衍射或X射線晶體衍射難以解決蛋白質複雜的構造問題。例如,瑞典科學家西奧多·斯韋德貝里剛剛證明,血紅蛋白是一個龐然大物,包含數十萬個原子。其他的蛋白質也差不多大小。

不過,仍然有一些實驗室試圖透過X射線來獲得對蛋白質結構的初步認識。最著名的兩個實驗室都在英國。在利茲,威廉·阿斯特伯里正在調查羊毛和其他纖維蛋白質,如毛髮、角質、羽毛和肌肉纖維的分子結構。他的研究成果——出乎許多科學家的意外——清楚地顯示出這些蛋白質具有一種規則的重複結構,一種晶體結構。

阿斯特伯裡認為,他能夠解釋羊毛為什麼可以被拉長而不會斷裂,為什麼又能縮回到原來的長度。羊毛同獸角、指甲和人的頭髮一樣,統稱為角蛋白。到了30年代初,阿斯特伯裡也確信,角蛋白是由環狀的多肽鏈組成的長鏈。他將其稱為“分子毛線”。他的X射線照片顯示,當羊毛被拉長時,分子發生了變化。儘管照片很模糊,他難以確定單個原子的位置,但是仍然可以從中推斷出,角蛋白被拉伸時——他稱其為乙型——多肽環被拉長了,而未被拉伸時的形態,或甲型的多肽環則是摺疊在一起的。他的測量還表明,摺疊發生在兩個方向上,而不是三個方向上——就像在桌面上將甲型中的多肽環摺疊成鋸齒形狀。進一步的研究顯示,肌肉纖維具有同樣的基本形狀。

這是一項重大的進步,對蛋白質的特性作出了分子上的解釋。

阿斯特伯裡認為,也許這些分子的摺疊同樣能夠用來解釋肌肉和染色體的收縮。他開始將角蛋白視為“所有蛋白質的祖父”,這一基本結構也許可以解釋所有其他蛋白質的運動。

但是,他有些高興得太早了。X射線衍射還不足以用來解決羊毛角蛋白中多肽鏈的結構,因為每一根鏈中包含上萬個原子。無法精確地瞭解角蛋白的構造,而且將其固定的力量仍然是一個不解之謎。尚無法證明角蛋白是由多肽鏈組成的——阿斯特伯裡的研究工作只是表明有這種可能性。

鮑林對阿斯特伯裡的工作進行了仔細的研究。

阿斯特伯裡關注的是角蛋白這類纖維蛋白質,而另一組英國科學家關注的是球蛋白的分子結構。這類蛋白質在體液中會溶解,如血紅蛋白、抗體和酶。這裡主要的問題是獲取良好的晶體。球蛋白並非不能結晶——比如科學家們長期以來就知道,血紅蛋白在乾燥後會結晶——但是在進行X射線衍射時,它們只能形成一片模糊的影象。這使一些蛋白質化學家推測,球蛋白沒有內部結構,只不過是氨基酸隨意的聚合,而肌體真正的活性組織——非蛋白質分子,如維生素和荷爾蒙——是自由定位的。

直到1934年,劍橋大學晶體學家約翰·伯納爾證明了另一種理論。伯納爾發現,球蛋白就像水母:需要藉助液體環境來保持原來的結構,失水後,結構就會遭到破壞。伯納爾將其懸浮在液體中進行X射線衍射,得到了一些實用的圖形。到了30年代末期,以他為中心的一個小組致力於揭開球蛋白結構之謎。

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