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心耿耿，積極進行籌備工作，同時竭力催促蔣介石回廣州復職。孫中山後又電催蔣介石回粵復職，責問：“辭呈未準，何得拂然而行？”廖仲愷也電催蔣介石南歸，責令“毋負遠來考者，以損黨譽”。3月14日，蔣介石覆函廖仲愷，表示不相信國共始終合作。對蔣介石的如此要挾，孫中山和廖仲愷仍是苦口婆心地勸說，3月16日孫中山發表《中國國民黨孫總理勉勵同志文》，再次闡述聯俄、聯共的必要性。
為了切實做好招生工作，孫中山指示軍校籌備委員會成立入學試驗委員會，仍公佈以蔣介石為委員長，王伯齡、鄧演達、彭素民、嚴重、錢大鈞、胡樹森、張家瑞、宋榮昌、簡作楨等9人為委員，經孫中山批准於3月21日成立。因當時蔣介石離職，指定李濟深為代理委員長。
軍校籌備工作日益繁忙，蔣介石卻逍遙地由上海返回了浙江奉化老家。這一期間，廖仲愷連日電催蔣介石南歸，3月26日詢問：“歸否？俾得自決。”表示作最後通知。3月30日蔣介石致電廖仲愷，藉口懷疑軍校經費不足，黃埔軍校校黨代表廖仲愷表示對軍校失去信心。廖仲愷覆電表示，經費不乏，儘可安心辦學，惟請即來。然而，蔣介石未達目的，哪肯罷休，仍以種種理由不歸，暗中也在四處探聽孫中山對校長一職的安排。為了革命大業，孫中山委曲求全，又特派許崇智專程到奉化勸說蔣介石回校，並說明如果蔣介石再不回廣州，軍校之責就只好另請別人了。4月21日，蔣介石在感到再拖下去恐怕凶多吉少的情況下，他這才重返廣州。
蔣介石回廣州後，在未正式下達校長命令前，仍是對籌委會的工作橫挑鼻子豎挑眼。當時，籌措辦校經費是一大困難，蔣介石對此十分不滿，質問廖仲愷：軍校費用“是否另有指定？”廖仲愷為使蔣放心，對他說：“軍校款，弟不問支出，兄亦不問來源。”實際上，從籌備到辦校，廖仲愷為解決軍校經費問題，常常不得不以極大耐心同控制了廣東財政收入的西南軍閥交涉，甚至要跑到楊希閔的鴉片煙床前耐心做工作，才能夠從他們霸佔的稅收中得到一點撥款。廖仲愷扶持軍校的苦心，使師生深為感動，譽稱他為“黃埔慈母”。同時參與軍校籌備工作的葉劍英後來就此事評價說：“當時真正懂得中山先生建軍思想的是廖仲愷先生，而不是蔣介石。”（1956年11月10日《文匯報》）
蔣介石不顧大局，鬧個人意見，孫中山欲想換人，但權衡之下又找不到更合適的人選，於是想出了一個妥協而又明智的巧妙辦法：決定讓出校長一職給蔣介石，另設軍校總理一職由自己親任，仍位駕於校長之上，並設校黨代表由廖仲愷擔任，以制約校長。5月3日，簽署了“特任蔣中正為陸軍軍官學校校長”的任命；5月9日，簽署了“特派廖仲愷為駐陸軍軍官學校中國國民黨代表”的任命。
籌備處自2月6日成立，至5月9日本校開課，軍校辦事機構在黃埔島正式開張，南堤籌委會改為軍校駐省辦事處。籌委會歷時3個月，共召開籌備會議32次。這一時期，蔣介石在籌委會僅工作了很短的時籌辦軍官學校的報道間，許多重大事情是廖仲愷負責籌劃的。然而，蔣介石卻如願以償地當上了黃埔軍校校長，這裡面既有蔣介石的投機成分在內，也是由多種因素組合造成的這一歷史必然。首先是國民黨內缺乏軍事人才，其次是蔣介石先期要求出使蘇俄，造成了先入為主、舍其無人的態勢，從而迫使孫中山最終做出了這一決定。
孫中山對黃埔軍校十分重視，他作為軍校總理與校長、黨代表3人組成校本部，這是軍校的最高領導機構。校本部之下，除原設5個部外，為加強對學生的政治思想教育，決定增設政治部。另設教官室主管戰術訓練工作。後又增設教育長一職。建校之初，政治部以戴季陶為主任，張申府（當時是共產黨員）為副主任；教練部以李濟深為主任，鄧演達為副主任兼總隊長；教授部以王伯齡為主任，葉劍英為副主任；管理部以林振雄為主任；軍需部以周駿彥為主任，俞飛鵬為副主任；軍醫部以宋榮昌為主任，李其芳為副主任；以何應欽為戰術總教官。教育長則先後由胡謙、王伯齡、何應欽、鄧演達等擔任。後又增設參謀處，以錢大鈞為處長。
黃埔軍校以造就革命軍幹部為目的，所以教練部特別注意各級官長的人選，以作為學生的楷模。籌委會規定，凡是由各方舉薦的人員，先填寫履歷表，再經過詳細考察，然後任用。3月24日，軍校在廣州市文明路高等師範學校內舉行下級幹部考試，對各方舉薦人員嚴格考察。各學生隊分隊長、副分隊長則從廣東警衛軍講武堂和西江講武堂畢業生
