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和印象中，發現有與洪保德的見解和觀察相同之處，這是一件使他特別高興的事。他這種高興的心情，就象話劇作品中塑造的、現實生活中熟悉的人的性格一樣。傍晚，青蛙、蟬和蟋蟀在不停地演奏著協奏曲。達爾文細聽著這些聲音，或者觀察某個螢火蟲的飛舞，收集螢火蟲的幼蟲或對螢光進行實驗。
查理有時單獨遊玩，有時同美術家埃爾結伴旅行。例如，他曾同埃爾一起登上了科爾科瓦多山，有時他還同“貝格爾”號上的其他旅伴或同當地的幾個居民一起出去。在幾個當地的居民中，有一個是葡萄牙神甫，酷愛打獵，曾打死過一隻長鬚捲尾猴，他送給了達爾文一隻非常好的當地野貓——美洲野貓；另一個是巴西小孩，他是個農場主的兒子。這個小孩和他哥哥的觀察力使達爾文感到驚訝，因為這是跟蹤追捕野獸的真正獵人，他們根據勉強可以看得出來的蹤跡，就能發現極其罕見的動物。
達爾文認為，里約四郊的地質情況沒有多大意思，而植物和鳥類倒應好好研究；當然這並沒有妨礙他對植物的讚美和觀察蜂鳥的飛翔，在他看來，蜂鳥的習性同大蛾蝶類的習性很相似。但他最關心的還是收集陸上無脊椎動物和淡水無脊椎動物。他收集了很多漂亮的陸生扁平軟體多腸目的蒐集品，並對昆蟲進行了大量的研究，對其習性經常進行觀察。許多熱帶大型蝶類引起了他的興趣，其中某些蝶類都有自己的習性特點：這些蝶類可以雙翅張開成平面，在陸地上奔跑，發出很大的聲音和噼啪聲。達爾文由於對甲蟲十分熟悉，所以毫不費力就發現，里約熱內盧附近的甲蟲同美國的甲蟲不是同一個科。他特別努力收集這些小的品種，並正確地認為，巴西的甲蟲在美國昆蟲學家的蒐集品中，主要都是些大的品種。他還發現了許多直翅目、半翅目和針尾膜翅目。使他感到驚奇的是：這些源源不斷的螞蟻大軍正在被它們踏平的四通八達的小路上來來往往，搬運著一塊塊綠葉。他觀察了黃蜂獵捕蜘蛛的情形，黃蜂把蜘蛛螫昏，這些蜘蛛便用來餵養它的幼蟲。他收集了很多使人感興趣的蜘蛛，對它們習性進行了觀察。
收集昆蟲使達爾文清楚地想起他在英國迷戀於甲蟲的那些日子，想起巴爾穆特給他的印象，尤其是想起許多昆蟲與他在那裡所收集的昆蟲，例如在沙地上奔跑的斑蝥很相似。當然在環境方面存在著驚人的差別。他在給福克司的信中寫道：“如果你在五月份一個天氣晴朗的日子裡（無疑是很冷的一個日子裡），在帶刺的白色籬笆上捉昆蟲的話，那麼就請你想象我正在菠蘿叢中和柑桔林中捉昆蟲吧：而當你的手指被汙穢的黑莓弄髒的時候，那就請你想象那些成熟的柑桔，並且羨慕我吧……”。
旅行、收集和整理蒐集物這些活動，有時因達爾文參觀英國軍艦而中斷。那些校級軍官們讓他參觀這艘軍艦。在軍艦上他被待為上賓。海軍樂隊演奏了《菲加羅結婚》、《謝米拉米達》、《塞維爾理髮師》序曲，使得非常想聽音樂的達爾文感到特別愉快。他還參加了海軍的競走和艦員們在岸上舉行的賽跑。
當“貝格爾”號停泊在港灣時，達爾文參觀了這艘軍艦。這艘兩桅方帆軍艦幾乎成了他親愛的家，所以達爾文關心艦上的一切事情，例如一些軍官和水兵的退役，新的軍官和水兵的到來。這時“貝格爾”號上發生了一件令人悲傷的事：有三個人病了，這三個人曾同其他幾個人一起乘快艇到馬卡卡去打了一次田鷸，馬卡卡是個沼澤地，當時寒熱病正在流行，這三個人被傳染上了，病得很嚴重，結果喪了命。一塊去的其他五個人病得輕一些。這是達爾文在熱帶所遇到的許多次可能發生的意外中的一次。
達爾文還結識了幾位商人，他們曾經到過南美洲的其它一些地方，或在那裡住過，這些地方是達爾文打算去參觀的。當然他已預先打聽並詳細地詢問了這些地方的生活條件和自然條件。他在博託福戈還觀看了聖者胡安婚禮日前夕的慶祝活動，在這一天，居民們燃起篝火，放焰火，燃爆竹，鳴槍炮，使得這個節日顯得十分熱鬧和愉快。
七月五日，“貝格爾”號在其它軍艦鳴放的友好送別的禮炮聲中，終於離開了到處都是處女林的熱帶地區，向南方，向氣候溫和的地帶，向覆蓋著草本植物的海岸駛去。這次航行又不太令人愉快：驚濤駭浪和洶湧澎湃的大海再次使達爾文遭受到通常在海上所受到的那種痛苦。但他仍能有時觀賞逆戟鯨，有時觀賞口齒鋒利的抹香鯨，有時觀賞那被人們稱為“開普小鴿子”的小海燕。
七月二十五日，“貝格爾”號駛進一個叫作里約德拉普拉塔的小海灣，這個海灣的水就象小河裡的水那樣平靜，又
