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四月一日，“貝格爾”號上所有的人都在開愚人節的玩笑。午夜時分，人們開始把所有穿著睡衣的人從下面叫到甲板上：叫來木匠是為了修理爐子，叫來後甲板上的工匠，其藉口是桅杆咔嚓直響，叫來海軍練習生是要他們把風帆降低一些。大家在回到各自的吊床上時，有的罵，有的笑。對於達爾文，人們想出了一個合適的誘惑物。謝利萬喊道：“達爾文，您看見過逆戟鯨嗎？現在出現這種動物了，您快點來看”。滿腔熱情的達爾文馬上跑出去，想看一看這個南方的海豚，但是迎接他的卻是值班人員們發出來的哈哈大笑聲。
四月四日，“貝格爾”號駛進了里約熱內盧港灣。在這裡，即在里約，第一次收到英國的來信。
“貝格爾”號打算在里約熱內盧長期停留。因此，達爾文同美術家埃爾一起在里約的近郊，即在離市區有一小時路程的博託福戈租了一座漂亮的房子。
此外，達爾文打算到巴西國內作一次旅行。因此，他加入了一個成分特別複雜的團體。該團體的成員有：眼鏡商和溫度表商帕特里克·連農（他在國內擁有一塊不直接經營的森林，八年來第一次決定視察自己的領地）；連農的侄子洛裡（他是一個狡猾的奴隸販子和騙子，到他哥哥那裡去，他哥哥娶了當地一個財主的女兒為妻）；洛裡的朋友戈茲林格；還有一個藥鋪學徒和一個黑人小嚮導。他們是騎馬進行這次旅行的。
道路有時穿過熱帶森林（在熱帶森林中，使達爾文感到驚訝的是“那些寄生植物、特別是蘭科植物開放出來的奇花異卉，那些鮮綠色的樹狀羊齒及其彎曲得很精巧的葉子，那些同別的樹交叉長著的棕櫚樹，特別是西印度椰子樹，它那枝幹纖細得用巴掌就可以握住，它那優美的樹冠在十二——十四米的高空中搖曳著”）；有時蜿蜒在險峻的花崗岩旁，這裡躲藏著一些逃亡的黑人，至今士兵也沒有把他們滅絕；有時穿過被沼澤地、淺海灣和無數湖泊切斷的荒無人跡的地區。沿途的客棧非常簡陋：客棧裡常常找不到吃的東西，甚至連麵包也沒有。他們訪問過的那些處在偏僻地方的莊園裡，有很多牲畜，農作物的收成很好，森林裡有很多野獸。
奴隸主對待奴隸的態度使達爾文極為氣憤，他們可以隨隨便便地賣掉自己奴隸的妻子兒女。有這樣一件事使他特別吃驚：達爾文在《考察日記》中敘述到：“一個非常笨的黑人渡我過河。為了向他說清楚我要幹什麼，我就大聲地說起話來，並且在做手勢的時候，把手揮動得離他的面孔很近。大概他以為我在發怒，想要打他，因此他突然大驚失色，半閉眼睛，挺直身體，垂手而立。一個體格非常強壯的成年人，在他以為自己的臉上就要捱打的時候，卻不敢起來自衛。看到這種情形、驚奇、厭惡和羞愧的感覺交織在我的心中，這是我永遠也忘記不了的。這個人已經被弄到如此屈辱的地步，甚至連最沒有自衛能力的動物都不如‘”
在回來的路上，達爾文在這些莊園中的一個叫作索謝戈的地方度過了兩天，他利用這兩天的時間到森林裡去採集昆蟲標本。他從里約給同學弗·沃特金斯的信中寫道：“我住在一個莊園裡，這裡是有人煙地區的邊緣，後面是一片無法穿過的大森林。這種安靜的生活幾乎是無法想象的，在好幾裡之內找不到一個人來同你作伴。在這種陰暗的森林中坐在一個枯爛的樹幹上想一想家，這件樂事是要化一些勞動和費一些麻煩來換取的”。在森林的某些地方，含羞草象幾英寸厚的地毯一樣覆蓋著地面。達爾文從上面走過去，就留下了一行腳印；這是由於含羞草敏感的小葉閉合下降和色彩變化而形成的。
在巴西內地的旅行，一共用了將近兩個星期的時間。達爾文回到里約後，便把自己的東西從“貝格爾”號上運往博託福戈。在靠岸時，海浪由小船的頭上衝了過去，在達爾文的眼前，浮現著他的書籍、儀器、槍殼和其它必需品，全都漂了起來。不過他只是受了點驚：什麼東西也沒有失掉，但大部分東西下面都浸溼了，他用了整整一天的時間才把這些東西曬幹。整理在巴西內地旅行時所採集的東西和補寫日記，象往常一樣佔用了幾天的時間。
達爾文在博託福戈住了兩個半月。在這裡，他研究了里約四郊的自然界。他的房子位於科爾科瓦多山麓。科爾科瓦多山海拔在六百八十多米以上，呈陡峭的錐體形，半山腰處，通常總是白雲繚繞。達爾文白天旅行和收集蒐集品，或整理收集來的東西，晚上就給自己的許多朋友寫信或讀遊記，例如他閱讀在十八世紀中葉曾到南美洲去探險的安松船長的遊記，再不然就重讀他所喜愛的洪保德的著作，他在自己對熱帶自然界的觀察
