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，他完全不同意象奧溫和華萊士這些人的觀點，因為他們準備僅僅在一個特徵——人的大腦或精神上的能力特別發展——的基礎上，把人從其他動物中硬行分出去。達爾文在一八六四年寫信能華萊士，信中他談到華萊士在《人類學評論》上發表的一篇文章時說：“不論一些螞蟻的本能有多高，也不論另一些螞蟻的本能有多低，我們不能把螞蟻從其他膜翅目昆蟲中分出去”。赫胥黎在更早的時候，（一八六三年）對這一問題寫了一篇文章《人類在自然界中的地位》，而在另一部著作中（一八六九年）他把靈長目劃分為人、猿和狐猴等亞目。
達爾文的研究則更為深入。他指出，人按其身體特徵來說，是屬於舊大陸狹鼻猿類的，因此，導致人類出現變化是在這一類中發生的，因此不應該把人歸為一個完整的亞目，而是較小的等級，即科、甚至是亞科，達爾文認為，人類的故鄉就象所有的狹鼻猿的故鄉一樣，應該在舊大陸尋找，但是，如果指的是人和大猩猩、黑猩猩的相似之處，那麼更可能的是要在非洲尋找。人喪失毛被層，用果實來充飢，在任何情況下，都說明這是發生在熱帶地方。
至於談到假想的人的系譜，達爾文說，人來源於狹鼻猿類，當時狹鼻猿類已經從闊鼻猿類中分了出來。根據赫胥黎的意見，猿來源於狐猴，狐猴來源於其他高階（有胎盤的）哺乳動物，而其他高階哺乳動物則來源於有袋亞綱。有袋亞綱則透過原獸亞綱（鴨咀獸和針鼴）來源於爬蟲綱。達爾文附帶宣告說，就在人們試圖徹底研究哺乳動物的系譜時，“我們沉浸於越來越模糊的科學領域”。並向那些願意知道，“智慧和知識可以達到何種程度”的人們介紹赫克爾的《自然創造史》時，達爾文扼要地解釋說，為什麼可以設想所有的脊椎動物亞門彼此之間有血緣關係，並且來源於無顎類祖先。
在更早更原始的祖先中，達爾文列舉了文昌魚，即蛞蝓魚，當時人們把它歸為魚類，或者看作是脊椎動物亞門中最原始的動物。後來他又轉而研究海鞘的幼蟲，一八三三年四月，還在福克蘭群島時，他就研究過這些幼蟲，並藉助放大鏡把它們仔細地畫了出來。他舉了別人向他報告的亞·奧·科瓦列夫斯基的那波利的發現，即海鞘的幼蟲，就其發展方式和神經系統的位置，就蛞蝓魚和高階脊椎動物胚胎所固有的脊索的存在方面來說，是和脊椎動物亞門相似的。達爾文斷定說：“因此，如果相信胚胎學（他在分類學中始終是最可靠的指導者），我們最終就會找到脊椎動物亞門起源的鑰匙。我們現在有權認為，在以前極其遙遠的時期，就存在過一類動物，他們在許多方面都與現在的海鞘幼蟲相似，這一類動物分為兩大分支，其中一支在發展①中變弱了，形成了現在的海鞘綱，另一分支則發展到動物界的高階階段，奠定了脊椎動物亞門的基礎②。
①由於不活動的生活方式。
②有趣的是，這一假設不久以前由洛曼重新提出，他是尾海鞘綱（構造接近海鞘幼蟲的動物）的專家。
達爾文敘述了在研究痕跡器官的基礎上怎樣看出人類近期的遠祖的外貌，然後他以下列語句結束了這一章：“真的，沒有什麼可為它們害羞的。最簡單的生物也還是要比我們腳下的無生命塵土高出許多，正常人的智慧，在研究任何有生命的東西，甚至是最低階的有生命的東西時，是不能不為它的奇特構造和屬性而感到驚奇的”。
因此，達爾文在《人類的起源》的第一部分中，在廣度和深度上，都發展了赫胥黎和赫克爾已經發表了的那些基本思想。他象往常一樣，儘管使研究的主題包括的內容更寬一些，他所舉出來的證明人起源於動物的事實，在數量上也遠遠超過赫胥黎和赫克爾的論據：例如，他列舉了許多人的痕跡器官，這就應該感到驚奇。關於人類才智和精神方面的能力逐漸發展的這幾章內容就是嶄新的，毫無疑問，這是與有必要反駁華萊士關於這些人類才智和精神方面的能力有特殊起源這一觀點有關的。
然而，還有一個問題，達爾文對它作了完全獨創的解答，這就是關於人種起源問題。自然選擇——這一他認為在物種起源、種的區別中起著如此重大作用的因素——在這裡都不太適用了。透過自然選擇，通常只是儲存一些有益的變異，但是人種間外表上的區別，卻不能列入這一特徵的範疇之內，因為它沒有給自己的擁有者帶來任何明顯的好處。他認為，這些特徵既不能用外界條件的直接影響來解釋，也不能用拉馬克關於器官使用和不使用的原則來解釋。用對其他有益的特徵的某種依賴性，即所謂相關作用，也是難於解釋這些特徵的。由於他的思路完全是順
