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這些問題，你可以擴大。至於我自己，哪裡發現敵人，我就向哪裡進軍。”
豪格維茨從拿破崙的這番話中看到一場風暴行將襲擊普魯士，於是，未經君主授權，就自作主張地同拿破崙簽署了一項條約。根據條約，普魯士必須與法國結盟，並向英國關閉一切港口。同時，普魯士須用巴洛特和安斯巴赫兩侯國交換漢諾威。普王弗里德里希·威廉三世早已嚇得心驚肉跳，他正以惶恐的心情等待著拿破崙的懲罰。如今豪格維茨代他簽訂的這項條約，比他預料中的懲罰要輕得多。他不敢再討價還價了，對條約的一切都表示同意。
拿破崙在離開奧地利之前，還有一件事要做，那就是懲罰那不勒斯王國。那不勒斯王國本應保持中立國地位，但那不勒斯王國的波旁王朝與革命後的法國有著不共戴天之仇，尤其仇恨拿破崙，所以當他們獲悉法國海軍在特拉法加海戰中慘敗後，欣喜若狂，認為拿破崙一定會失敗，便和英國和俄國拉上了關係，向英國、俄國開放了各個港口，在其各邦接納了12000名俄軍和8000名英軍。那不勒斯王后曾當著法國使節的面毫不掩飾地說：她想使那不勒斯王國成為一根點燃燎原烈火的火柴。“但請陛下想一想，不管這場大火的結局如何，火柴總是首先燒盡。”法國使者這樣回答了他。現在，在奧斯特里茨戰役以後，這根“火柴”在轉瞬之間就燃為灰燼了。拿破崙對波旁王族進行了殘酷的清算，他宣告：“波旁王朝不再統治那不勒斯了。”法軍立即佔領了整個王國。波旁王室在英國艦隊的保護下逃到西西里島，拿破崙的哥哥約瑟夫被任命為那不勒斯國王。
耶拿之戰
1806年1月26日，拿破崙離開維也納回到巴黎，受到無數狂歡民眾的歡迎。幾天後，一個令人興奮的訊息傳來：拿破崙的死敵、英國首相威廉·皮特去世，英國要求與法國簽訂和約。威廉·皮特是第三次反法同盟的創立者和鼓吹者，他希望這個耗費了幾百萬黃金建立起來的聯盟能夠阻止法國向英國進攻。然而，奧斯特里茨一戰使得這一聯盟土崩瓦解。議員們開始指責威廉·皮特，反對黨要他下野，皮特經受不住精神上的震動，就此一病不起，過了幾個星期便一命嗚呼。格蘭維爾繼任為英國首相，他任命了同情法國大革命的福克斯為外交大臣。福克斯一貫反對皮特的對外政策，他真誠希望法國和英國能和平相處。於是，福克斯派亞爾默思勳爵去巴黎進行和談。
拿破崙向亞爾默思勳爵表示：如果英國在他的條件下籤訂和約，他願把漢諾威還給英王。訊息傳到普魯士，整個宮廷大為震怒。普魯士曾用了兩個侯國交換了漢諾威，只是由於英國因此要對其宣戰，才讓拿破崙的軍隊繼續駐紮該地。如今拿破崙又將漢諾威作為與英國和談的籌碼，普魯士政府感到自己受了極大的欺騙。特別是那些在1805年曾極力主張加入反法聯盟的人對此更是憤慨，他們斷言，如果當時毅然決然地加入反法聯盟，便會預防奧斯特里茨的失敗，也不致使普魯士今天在同拿破崙面對面的鬥爭中陷入孤立無援的境地。
這時，拿破崙為了鞏固自己對德意志西部和中部部分地區的統治，決定建立萊茵同盟。1806年7月12日，德意志各國君主根據拿破崙的命令簽訂了相應的條約，萊茵同盟正式形成。參加同盟的有巴伐利亞、符登堡、巴登等16個西部和南部的德意志國家。這個同盟選舉拿破崙為自己的保護人。為了對皇帝的“保護”表示感謝，同盟有義務在發生戰爭的情況下為拿破崙提供63000名士兵。許多以前服從奧地利哈布斯堡王朝皇帝們的獨立小國，現在都要受到萊茵同盟各國君主的管轄，他們的領土也都劃入萊茵同盟各國。整整存在了1000年的“神聖羅馬帝國”名存實亡。1806年8月，奧地利皇帝根據拿破崙的建議，取消了“神聖羅馬帝國”，廢除了“德意志皇帝”的稱號。
與此同時，拿破崙開始在被佔領地區給身邊的高官重臣、兄弟親戚封王封爵。繆拉元帥為克累弗和貝格大公爵，貝爾蒂埃為納夏泰爾大公，路易·波拿巴為荷蘭國王，塔列蘭為貝涅維特大公，貝爾納多特為本特·科爾諾大公，康巴塞雷斯為巴馬公爵，勒布倫為起亞琴察公爵，這些人是拿破崙在這些地區的全權代理人。
萊茵同盟的成立及佔領區各重要官員的任命使得普魯士極為不安。普魯士看到拿破崙的權力已深入到德意志的心臟，直接威脅著普魯士的領土完整，反法情緒日益高漲。1806年4月8日，普魯士向法國發出最後通牒，要求法軍立刻從德意志土地上撤出。拿破崙根本不予理睬。6月，拿破崙公開向立法院宣佈，
