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瓦，已不成邑，即使全河趨之，亦不過一家哭耳。況勢又不得不然耶？創始為作事所難，獨任乃人情共忌，乞下所司議。
工部尚書郭朝賓復奏：“委一垂陷之安東，以拯全淮之胥溺，漕臣言可聽。”上諭立即俞允。（《明神宗實錄》雲“報曰可‘。《明史·河渠志》言帝不欲棄安東而命開草灣如所請者，誤。）居正對於國家大事，只有果斷，沒有推諉；只有全力的推進，沒有兩可的遊移。在這個情形之下，桂芳當然可以放手辦事。萬曆四年七月，草灣功成；八月工部復奏。上諭賞吳桂芳銀幣，居正去信說：海口疏通，淮、揚之間，歡聲雷動，從此人得平土而居，翳誰之力與？以此知天下無不可為之事。”人存政舉“，非虛語也。比者暫行薄賚，侯元圭既告之日，仍當有殊錫焉。（同卷《答河道吳自湖言蠲積逋疏海口》。按題銜誤。）
草灣功成以後，桂芳便進行修築高郵湖堤的工作。但是在工作進行的當中，淮水衝下來了，興化、泰州一帶，又是一片汪洋。居正說：高郵堤工聞已告成，乃久未完報者，想以大工甫就，新水暴漲，慮有變態，欲俟其堅定，乃完報耳。但微聞興、泰之間，河塘潰決，覆成巨浸，未審何以拯之？河流既自復故道，當無俟開浚。承教挽淮入河之策，甚善。考其泛地，多屬河道衙門，然公欲為國家萬年之計，救淮、揚目前之急，想當視為一家，同心共濟也。議定，幸即疏聞，此既關係來歲漕計，自不容不預圖也。年來方內乂安，庶幾小康，獨河漕一事，時往來於懷，而當事諸公亦既殫厥心力矣，乃竟不獲底於平成，豈所謂可能者人，不可能者天耶？奈何！（書牘九《答河道吳自湖。》按題銜誤。）
桂芳提議挽淮入河，牽涉到河道總督傅希摯身上來。居正再給希摯去信：“河、漕意見不同，此中亦聞之。竊謂河、漕如左右手，當同心協力，以期共濟。如所見必不能合，亦宜各陳，以俟高斷，不宜默默而已。國之大事，不妨公議。事君無隱，豈為失忠厚之道耶？”（書牘九《答河漕傅後川》。按題銜誤。）這是萬曆五年的事。但是希摯和桂芳底主張，絕對不能融洽，到萬曆六年初，居正不得不出以斷然的處置，這是後話。關於淮水底問題，自從至元二十年，黃河改道以來，黃河奪了淮水出海的水道：在黃河水落的時候，黃、淮並流，一切沒有妨礙；但是到了黃河水盛的時候，淮水被逼，倒灌運河，再加以高郵、寶應諸湖底激盪，遂成淮、揚一帶的大禍。因此在萬曆五年便有兩派不同的主張。一派主張挽淮入河，吳桂芳便是其中的一個。萬曆六年潘季馴總理河槽，徹底貫徹這個主張。一派如給事中湯聘尹等，主張縱淮入江，他們要黃、淮分背而行，黃河不再妨礙淮河，淮、揚地方，便有相當的安全。在地方言地方，這個不失為一種有力的主張，但是黃、淮兩條水道，中間不能沒有運河。假如沒有運河，四百萬漕糧，怎樣北上？假如保留運河，即使築堤設閘，如何能使黃河在洪水期不至倒灌入運，重新破壞淮河底水道？居正真有些茫然了。他聽了淮、揚京官底主張，也認為縱淮入江，是一個方法。他立刻告給桂芳，但是他還是說：“但僕自來未經此地，不悉其曲折，獨以意度如此，謾呈以備採擇。”（書牘九《答河道吳自湖計分淮導河策》。按題銜誤。）桂芳當然是明白情形的，他看到黃河洪水已退，淮水歸流，便據實見告，根本打銷縱淮入江之議。居正取消自己底動議，只提出治水底苦心。他說：辱翰示，知淮已歸流，水勢漸退，慰甚。河患自古記之，有非人力所能勝者，但僕今謬當大任，一聞愁嘆哀號之聲，痛心疾首，雖智力短淺，濟時無策，然不忍坐視民之失所，而不思以拯救之也。淮水既已會河，則導江之說，無煩再議。（書牘九《答河道吳自湖》。按題銜誤。）
居正底負責和虛心，在這一次裡，完全表現出來。他不是水利專家，但是他能任用專家，並且發動政治的力量，做專家底後盾。因為不是專家，所以他底主張，不一定正確，但是在他發現錯誤以後，他立刻修正，這正是他底優點。關於黃、淮水利的事，萬曆六年，潘季馴提出他底定律。他說：“淮清、河濁，淮弱、河強。河水一斗，沙居其六，伏秋則居其八，非極湍急，必至停滯。當借淮之清，以刷河之濁，築高堰束淮入清口，以敵河之強。使二水並流，則海口自浚，即桂芳所開草灣，亦可不復修治。”到季馴手裡，理論方面有了根據，事業方面也有了成績，這才不愧為水利專家，而任用季馴的，也是居正。
萬曆四年十月，居正因九年考滿，奉旨加特進左柱國，升太傅，支伯爵俸。一切當然只是循例的升轉，但是居正四賜恩命，中間還曾一
