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，而每一種都不相同。益生菌甲的功能可能益生菌乙完全不具備。而且，目前的研究一般都是針對一種菌的。當把多種菌混合在一起以期望獲得多種功能的時候，它們之間是否會互相影響？可惜的是，這樣的研究還很欠缺。
益生菌，從何而來
人體腸道內的細菌有幾百上千種，自然界的細菌種類更是數不勝數。什麼樣的細菌能夠脫穎而出，成為萬眾矚目的益生菌呢？
篩選益生菌的過程有點兒像企業招人。首先確定菌的來源，就像一些企業只認可某些學校的畢業生一樣，用於人類的益生菌最好是來自於人體。換句話說，從大便中分離出來的細菌“根正苗紅”，比較容易受到認可。不過，所謂英雄不問出處，有一些來源於其他生物的細菌也獲得了認可，但認可的過程就曲折艱難一些。其次就是安全性的檢驗，起碼不能是致病細菌，否則就像招安強盜做警察，搞不好會監守自盜。除此之外，還不能帶有由質粒編碼的抗生素抗性基因。質粒是獨立於DNA的遺傳物質片斷，可以控制合成一些具有特定功能的蛋白質。雖然抗生素抗性基因對於益生菌的生存有好處——想想使用抗生素殺死致病細菌，而益生菌卻安然無恙，是一件多麼美好的事情——不過，這樣的風險實在太大。特種部隊的武器流落到恐怖分子手裡依然威力無窮——編碼抗生素抗性基因的質粒也是如此，在益生菌裡當然是鋒利的武器，但是一旦被致病細菌盜取，就後患無窮。為了保證壞人沒有武器，就不得不連同好人擁有武器的權利也一併剝奪了。
檢驗完安全性之後，自然就是有效性了。人們費了那麼大的勁兒，消費者花了錢，當然不能只把“吃不死人”作為目標。有效性的研究更加麻煩，一是進行細菌培養，看看它們能否經受諸如酸、消化液等的考驗，否則細菌還沒到達小腸，就一個個香銷玉殞，自然也就沒有用了；二是看看它們產生什麼，這些產生的東西對於人體是好是壞；三是看看它們有沒有什麼獨門絕技，比如結合某種毒素或者分解某種有害成分等。
如果這些所謂的“體外研究”結果不錯，細菌算是透過了又一輪考驗，可以進入下一步的“體內研究”。這一步的研究還只是針對動物，拿細菌餵動物，看看那些體外研究的結果在動物體內是否會發生，有沒有別的副作用出現，以及應該使用多大量等。
透過了這一步也還拿不到“益生合格證”，必須進行臨床研究。臨床研究週期長、成本高，通常需要大量的志願者。把培養好的細菌給這些勇敢的志願者服用，再次檢驗有效性和安全性。只有透過了大規模、設計可靠、對照嚴格的臨床試驗，才能認為這種細菌可以作為益生菌使用。
益生菌如何益生（3）
最後，進入商業化生產，廠家不能貼個“益生菌”的標籤然後就把各種益生菌的功能羅列在上面。廠家必須說明這種細菌是什麼、含量多少、在什麼使用條件下能夠實現什麼樣的功能。
可惜的是，最後這兩條，即使是目前市場上賣的“益生菌”，很多也沒有實現。
益生菌的補充，希望與挑戰
從科學的原理和目前的臨床研究來說，益生菌的概念是可行的。因為幾乎沒有負面的研究結果，商家們也就紛紛堂而皇之地賣起了“益生菌”。但是，基於目前人類對於益生菌的認識水平和商業生產能力，益生菌產品能否實現所宣稱的功能是很難保證的事情。
首先，前面說了益生菌的功能必須是“特定菌株”、“特定劑量”、“連續食用”、“活細菌”才能實現。許多商業宣傳說“研究表明，益生菌具有什麼什麼功能”，列出的是一大堆文獻中提到過的功能。但是，這些功能跟他們的細菌可能毫無關係。也有許多廣告推銷都宣稱“細菌含量高達多少多少”，而各種細菌能夠產生效果的劑量卻相差非常大，有的每天吃1億個就可以起作用，有的卻要吃1萬億個才行。由於現在對於益生菌產品還沒有相應的質量標準和法定檢測，所以廠家的宣稱只能依靠它們的信譽來保證。法律規範和權威監測在這裡都是真空地帶。
其次，益生菌的作用是治安聯防隊性質的，而不是特種部隊精英性質的。美國微生物學會2005年組織了一個益生菌研討會，會議總結明確指出“迄今為止，絕大多數益生菌在人體中的使用對於疾病處理而言都是預防和支援性的，而不是治療性的”。從這個意義上說，許多小孩兒拉肚子了，醫生給開一些基於益生菌的“某某愛”，有多大效果非常難說。對於益生菌治療拉稀，一項研究結果是這樣的：不吃益生菌的小孩兒平均拉稀時間72
