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殺掉這些人，洪秀全、韋昌輝仍舊不放心，兩個多月內在“天京”城內四處搜殺楊秀清族人、部下及他們的所有親屬，共殺二萬多人，可謂是斬盡殺絕。韋昌輝作為執行命令者，他手下三千人也幹不了這件事。當時“天京”城內共有軍士近三萬人，這些人在洪秀全的命令下，也配合韋昌輝殺人，所以才有這麼大的“成果”。
楊秀清被殺後，屍體仍被洪秀全下詔分屍，然後投入大鐵鍋煮成肉糜，集合眾將士來啖此“大奸賊”。吃著“革命”老同志，不知當事人作何感想？
９月中旬，同樣受密詔誅殺楊秀清的石達開趕回“天京”，見天王、北王濫殺這麼多人，又有自己的屬下亂中被殺，石達開很生氣，責斥韋昌輝。
韋昌輝告之洪秀全，深宮中的天王又大動殺心。幸虧石達開並非愚忠之人，見形勢不妙，入城僅僅數小時，便率手下由小南門斬門而逃。
在洪天王授意下，韋昌輝殘殺了石達開全家。同時，為了不留後患，燕王秦日綱受詔，率一萬多人出城追殺石達開。
石達開不是吃素的，他在軍中威望很高。武昌的洪山軍聞調而動，約四萬人齊集石達開手下，自安慶渡江至涇縣，聲言要回城殺討韋昌輝。
老奸巨猾的洪秀全接報，心中著實害怕石達開手下的精兵良將。他忙派人當眾譴責韋昌輝：“爾我非東王不至此，我本無殺他之意，而今已拿戮之（東王）霸氣 書庫 —wＷw。QiＳuu。cＯm，其下屬何辜，又盡殺之，應念天父好生之心，以寬縱為宜。”這樣一來，洪天王把自己偽裝成不知情的大好人。
韋昌輝此時氣得頭髮昏，深知自己被洪秀全利用，怒言道：“我為渠除大害，今反責我，欲沽名耶！”
洪秀全忽然變臉，下詔誅殺韋昌輝。從前被人當槍使，現在又要被殺，氣急敗壞的韋昌輝兩眼冒火，率手下三千人就撲向天王府。天王府的府牆比當時南京城牆還要厚堅，即使手中有火炮，韋昌輝一時也攻不下來。關鍵時刻，天王府中的大腳客家女兵突顯神威，這些被洗過腦的女性們為了誓死捍衛偉大的天王，在被圍攻的第二天，突然大開天王府，持槍舉刀，主動衝殺。如此出奇不意地遭到一群不要命的女兵攻擊，韋昌輝及其手下不知所措，驚潰而去。其中，有一部分北王士兵趨朝陽門，斬關而去。韋昌輝本人帶著一些殘兵，返回北王府抵拒，這樣一來，北王成了甕中游魚。
洪秀全親自佈置，嚴令在城內各街設柵，派軍圍攻北王府。見勢不支，韋昌輝僅率兩三從人偷溜出來，想從內橋柵口逃往城外。其間，恰好遇上巡邏隊，北王答不出口令，被人當場抓獲，押送天王府。
洪秀全並不見他，立刻下令把北王“五馬分屍”，算是對大眾有個交待。然後，他又派人逮捕了率兵追擊石達開的燕王秦日綱，斬首示眾。再後，洪秀全把二人首級裝匣，派人送至率大軍自涇縣到寧國的石達開軍中。於是，石達開便於11月28日回到了天京。
洪秀全見石達開，放聲大哭，泣訴自己被韋昌輝“挾持”的委屈，顯得特別無辜。石達開信以為真，淚如雨下。
但是，對於這種內訌殘殺，太平天國上層諱言，並不敢對外宣佈楊秀清是篡權被誅，聲稱東王是“贖罪期至，被世人陷害”，和耶穌一樣，“昇天”了，所以，日後太平天國就把楊秀清被殺的那一天定為“東王昇天節”。即使對韋昌輝，也不敢“顯誅”，稱其“死”為“喪”。
“天京事變”之後，對太平軍最大的影響，就是“太平天國”從精神上喪失了昔日的“神靈性”和“正統性”。所以，百姓們私下傳說：“天父殺東王，江山打不通。長毛非正主，依舊讓咸豐。”
太平軍士兵很迷惘，“上帝”咋會容許這種事情發生？“天父殺天兄，總歸一場空。打包回家轉，還是做長工。”
再篤信“拜上帝教”的人，也會產生疑問：代“天父”傳言的東王，怎會被“天父”另一個兒子北王殺掉？而“真主”天王，又怎能把北王五馬分屍？
信仰出現了裂痕，對於軍國來講，是最致命的一件事情。
船到江心補漏遲
為了挽救信仰危機，洪秀全對東王楊秀清作了一系列“追封”工作，不僅把北王韋昌輝的“雷帥”、“後師”爵位轉給東王，還封東王為“傳天父上主皇上帝真神真聖旨”的“高大全”東王，並作歪詩“深情”呼喚：
“七月念七東昇節，天國代代莫相忘！”
由於楊秀清兩個兒子均被殺掉，洪秀全把自己的第五個兒子洪天佑過繼給東王
