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1956年重新計數時少了兩條，為46條。這還不算最複雜。複雜的是染色體非常之小，而且在兩次細胞分裂之間突然不知去向，就像國會休會期間的議員一樣變得無影無蹤。
摩爾根還說了另一難題：“既然染色體的數目比較少，性狀的數目卻很多，那麼，根據這個理論，許多性狀就必然包含在同一染色體內，於是，很多性狀應該組合在一起而表現為孟德爾式的遺傳。事實與染色體假說的這一前提是符合的麼？我認為不符合。”（載《美國博物學家》第44卷第449…496頁；投稿日期，1910年5月8日。）
在當時的情況下當然是不符合的。當時還不行。
幾個月後又增添了四種眼色突變。例如出現了粉紅眼，該性狀的分離與性別無關，也同白眼性狀無關；又出現了限性性狀硃砂眼，其性狀分佈與白限性狀一樣。於是他接受了孟德爾觀點。他這樣寫道：
“況且，假如我們承認（如同這些事實所表明那樣），粉紅
色因子位於不同於白色因子的遺傳機構的另一部分，那麼，為
什麼在一種情況（白與粉紅）下是限性遺傳，而在另一種情況
（紅與粉紅）下會是另一種遺傳的問題就是清清楚楚的了。換
言之，白色（缺乏紅色素）因子同決定性別的因子聯絡在一起，
而粉紅色因子處於細胞內另一部分。我認為正是這種證據證
明瞭，限性遺傳現象是由於性別因子同我們
