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祺瑞總理及陸軍總長職務，二人公開對立起來。不久，皖奉等省督軍在段祺瑞的煽動下宣佈獨立，而研究系 議員也紛紛辭職離京，政府、國會陷入了癱瘓，政局一片混亂。
黎元洪請求梁啟超出面斡旋，梁以“與世隔絕”為由拒絕。隨後，張勳在黎元洪的電請下率領4300餘“辮子軍”進入北京，“調停國事”。進京後，他便解散國會，驅走黎元洪並於7月1日和康有為一起擁出溥儀，宣佈恢復大清帝國。隨後，張勳被封為內閣議政大臣，康有為為弼德院副院長。
訊息傳出後，梁啟超、段祺瑞密商於天津租界，一起起兵###張勳。7月2日，梁啟超、段祺瑞在第八師駐地馬場召集軍事會議，組成“討逆軍總司令部”，即“馬場誓師”。段祺瑞任討逆軍總司令，梁啟超、湯化龍等為參贊。7月3日，宣佈梁啟超的《代段祺瑞討張勳復辟通電》、《反對復辟電》痛斥張勳、康有為的“公然叛國叛道”，指出“此次首造逆謀之人，非貪黷無顏之武夫，即大言不慚之書生”。梁啟超的駁斥讓他承受了巨大的精神壓力，成為別人眼中的“叛師”禽獸，康梁徹底決裂。馬場誓師後，討逆軍攻進北京，“辮子軍”不堪一擊，張勳逃進荷蘭使館，康有為也逃進了美國使館避難，溥儀也不得不宣佈退位，上演12天的復辟鬧劇結束了。
共和國的旗幟再度飄揚，段祺瑞成為了再造共和的英雄。8月14日，段祺瑞政府發表了對德宣戰的佈告，加入協約國，以期“以立於國際團體之中，共享其樂利也”。
梁啟超的努力終於得到了回報，對德宣戰對中國捍衛國家主權，起到了重要作用。關於梁啟超不遺餘力推動參戰，儘管有許多人認為他是要投靠日本，發展自己的力量，排除異己。可是，當時美國駐華使者芮施恩在他的《使華記》中為梁啟超辯解梁啟超與當時段祺瑞的參戰動機區別時，這樣講道：儘管以曹汝霖、梁士詒為首的交通系和以梁啟超為首的研究系在參戰問題上都支援段祺瑞，但“他們彼此都又是對立的”，“梁啟超先生是一個文人，又是一個理論家，雖然日本人長期以朋友的態度相待，但他無疑相信自己是一個愛國的中國人，他準備利用日本人的援助，但決不願放棄國家的一切基本權利。” 而後來的事實也證明，梁啟超對戰後國際形勢的分析是正確的，參戰的確為中國代表在巴黎和會上收回德國在山東的利益提供了有力的依據。有學者這樣評價道：“沒有8月14日的宣戰案，可能就沒有1919年中國代表在巴黎和會上的抗議和五四運動的爆發，而沒有中國代表在巴黎和會上拒籤巴黎和約，也就沒有1921年華盛頓會議上山東問題的解決。”
7月14日，黎元洪宣佈辭職，副總統馮國璋就任總統，梁啟超被任命為參政總長。梁啟超就職後，清楚地看到政府的財政，比清末更加混亂，外債累累入不敷出，幣制紊亂。為了改善這一狀況，一上臺，梁啟超便提出全面改革財政的方案：利用緩付的庚子賠款和幣制借款來徹底改革幣制，整頓金融。
梁啟超希望向外國借一筆款項作為整理財政的基金，隨後實施一系列這個政策，如發行國內公債，劃定中央與地方稅範圍，裁厘金，簡化稅則；食鹽專賣；田賦按地價冊籍制度辦理，地價差增稅；統一國庫；整頓稅務機關等，從治標、治本兩方面整頓，先治標後治本。
而這時，國內再生波瀾。共和政治有了內閣，就不能沒有憲法和國會，而原來的國會被張勳強行解散，恢復國會又提上了議程。但是，梁啟超認為恢復舊國會必然造成莫大###，拒絕召開舊國會，而主張重新恢復組織臨時參議會，這也是揣摩段祺瑞意圖後作出的妥協，但他們主要還是認為舊國會束縛了進步黨的手腳，希望能夠透過改造國會，來達到控制國會的目的，這一主張將《臨時約法》產生的國會棄而不用，引起了孫中山等人的不滿和反對。
8月，孫中山在廣州成立護法軍政府，聯合西南軍閥向北洋政府進攻。8月11日，雲南督軍唐繼堯通電擁護護法。25日，護法國會議員在粵召開北京會議。9月1日，粵非常國會選舉孫中山為軍政府大元帥，護法運動進入高潮，從此南北對立局面形成。
段祺瑞面對如此狀況，決心武力鎮壓，統一南方。因此一大部分原計劃用於建設、整頓財政的資金，被段祺瑞充作軍費，投入到烽火連綿的戰爭中去了，梁啟超一籌莫展，憤然提出辭職，被總統馮國璋執意挽留，只得勉力維持殘局。
11月初，國會名單選拔結果，進步黨人不過佔了三分之一的席位，而段祺瑞的御用黨安福系 卻佔了三分之二。國
