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法恢復，決不入京應招。 在各界駁斥和海軍獨立的威脅下，段祺瑞只得暫時放棄恢復《新約法》的主張，以免自己陷入孤立。
護國戰爭發展到這一階段，懲辦帝制禍首成為重要議題。梁啟超等提出一個禍首名單，包括楊度、嚴復、梁士詒等十三人稱為“十三太保”，要求“明正典刑以謝天下”。段祺瑞當然不會嚴懲這些“舊交”，他一面謀求緩刑，一面暗示榜上有名的人離開北京，與梁啟超等人週轉，以圖開脫，為帝制禍首大開綠燈，而梁啟超認為段祺瑞“宅心仁厚，持恭清重，維護時局，非匹莫屬”，對其不斷妥協，使得段祺瑞得寸進尺，只在最後得到一到“通而不緝”的命令。
另外，段祺瑞一邊拉攏原北洋各派，一邊分化、打擊護國軍，使得獨立各省紛紛宣佈撤銷獨立，蓄謀搞垮軍務院。在這種情況下，梁啟超仍然認為在段祺瑞領導下，“我國之共和政治必日趨鞏固”， 繼續對段祺瑞妥協。7月15日，在北方申令懲辦禍首的同一日，唐繼堯等在梁啟超的一再催逼下，宣佈撤銷軍務院的通告中外，護國運動的勝利果實被段祺瑞不費吹灰之力竊取了。梁啟超打倒了一個封建專制的代表，又將政權交給了另一個封建專制的代表。電文如下：
今約法既復，國務總理既特任，雖閣員未經國會透過，然當國會閉會時，元首先任命以俟追認，實為約法所不禁。現國務院既依約法而成，與本院組織條例所指正合。今大總統之依法繼任，既符獨立各省最初之宣言，政府國會次第成立，允為全國人民心理所同愜。本軍務院謹依組織條例於本日宣告撤廢，其扶軍及政務委員長外交專使軍事代表等名目，一併銷除，國家一切政務，靜聽元首政府國會主持。為此佈告天下，鹹使聞知云云。
護國戰爭後，蔡鍔接到了北京政府的任命他為四川督軍和省長的公報，但是因為戎馬倥傯，一直沒有醫療的時間，此時他已經喉嚨腫痛，飲食難進，無法繼續工作，只好向梁啟超“請乞假數月”。7月19日，北京政府批准給假三個月，讓他“就近調養”。然而蔡鍔病情加重，國內無法醫療，而醫生也給出了無法診治的結果，在這種情況下，梁啟超一邊向政府為蔡鍔請假，一邊整理護國戰爭起草的文電、宣言及回憶錄等彙集為《盾鼻集》，請蔡鍔作序，共同分享護國戰爭的果實和喜悅，書中洋溢著軍人的豪邁和高度的樂觀精神。11月8日，為護國戰爭立下豐功偉績的陸軍上將、一代風雲人物、四川督軍及省長蔡鍔，在日本福岡九洲醫院與世長辭。他是中國民主革命的巨大損失，他的英名永垂青史。
護國運動以《異哉所謂國體問題者》為開端，以軍務院解散為結束標誌。蔡鍔為事業獻出了生命，李烈鈞懷著壯志難酬的悲憤離開了護國軍第二軍，梁啟超也“決不立朝”，功成身退，而唐繼堯等繼續他們的軍閥生活，中國重新回到了北洋軍閥的手中，袁世凱死了，但民主共和還未實現，“同志尚需努力”呀！
1917年2月1日，德國實施無限制潛艇政策，擴大侵略，嚴重侵犯中立國的利益。2月3日，美國對德宣戰，隨後，一些中立國紛紛與德絕交，進而宣戰，而中國卻陷入了參戰與否的漩渦，黎元洪與段祺瑞的矛盾也日益尖銳起來。
2月8日，在段祺瑞的督請下，梁啟超來到北京，商討應對政策取得總統同意之法。9日，梁啟超入總統府說服黎元洪，並與當天對德國新潛艇政策提出抗議，然而仍然沒能透過對德絕交方案。
梁啟超透過分析，指出參戰是我國躋身國際社會，增強國際地位的大好機會。而戰爭結束後，中國才能在和平會議上爭得權利，以公理制裁日本侵略的野心。段祺瑞也希望能夠借參戰擴大自己的軍權和政治權利，因此二者皆主張與德絕交，對德宣戰。
但是，以黎元洪為首的一些人因反對段祺瑞的擴張而極力反對參戰，甚至列出數條參戰之不利影響，以支援反對參戰，輿論上也一直反對參戰。這時，黎元洪夢想借國會之力制裁段祺瑞，府院之爭摻入了國會與內閣之爭，國會中有進步黨和國民黨兩派，又摻雜了黨派之爭。為了實現自己的夢想，梁啟超一面在社會上大造輿論，另一方面積極配合段祺瑞政府行動，經過不斷奔走，國會參眾兩院於3月10日和11日分別透過了對德絕交案，並於14日對外宣佈。
隨後，政府代表陸徵祥開始與協約國駐京使節商談北京參戰的權利和義務，梁啟超也以在野黨的身份與各國使節頻繁接觸，推動對德宣戰，4月25日，段祺瑞召集親信督軍到京，脅迫黎元洪及國會同意參戰，而黎元洪則在5月23日，下令解除段
