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清廷在山東消滅了西捻軍之後，召左宗棠入京覲見。劉松山、郭寶昌和喜昌的部隊返回陝西。左宗棠命令金順率部進軍北山。
這時隴州的回民起義軍奔向火燒寨，被羅洪德所部擊退。吳士邁所部在麟遊擊敗起義軍，高連升和周紹濂所部在宜君擊敗起義軍。
周紹濂所部於8月3日在中部攻擊起義軍，被起義軍擊敗。
涇河的回民起義軍於8月4日分兵攻擊彬縣和三水，黃鼎的部隊在世店與起義軍交戰，起義軍首領馬正和負傷逃走。
起義軍於8月5日攻打三水西關，被劉典的弟弟劉倬雲和喻兆圭等部擊退。
中部的回民起義軍於8月6日返回白水，魏光燾率部從宜川凱旋南下攔截，獲得勝利。第二天，起義軍搶渡渭河，湘軍水師橫出攔截，起義軍沿洛河西岸北上，於8月10日鳧水渡過洛河。時值漲水，起義軍在河水中溺死過半，只有四五千人渡到對岸。沒有來得及渡河的起義軍，被魏光燾和高連升部追殺，全部犧牲。
已經渡河的起義軍於8月14日攻擊合陽，聽說魏光燾部趕到，無心戀戰，解圍奔向東南方的坊鎮，然後奔向西北方的馮原。
魏光燾對這支起義軍死咬不放，於8月18日追到馮原。起義軍從黃龍山北上洛川，魏光燾部被阻在洛河以東，一時無法過河。
8月23日，魏光燾部全部渡過洛河，起義軍已越過蒲城西進。湘軍於8月25日在曹村追上起義軍，將起義軍截為三支，一支奔赴同官，一支奔赴涇陽，另一支奔赴耀州。
劉典令高連升從同官追擊。魏光燾部在耀州遭遇起義軍，料定起義軍必定會北上楊家店，因為那裡與甘肅的正寧交界。他派人給高連升送去情報，高連升令部隊在楊家店設伏等候。
起義軍果然於8月28日抵達楊家店，高連升的伏兵殺出，起義軍措手不及，趕緊奔逃，犧牲兩三千人。
李大有和成定康兩部於9月6日在淳化擊敗起義軍。金順的部隊在北部作戰，於9月11日在榆林擊敗起義軍。
這時，綠林軍首領扈彰參見劉厚基請降，劉典令延安知府趙維慶等人受降。
扈彰是甘肅環縣的漢民，他的部隊有幾萬人，佔據的地區，西達保安，即現在的志丹，東至安定，即現在的子長。扈彰投降後，湘軍要對付的綠林軍，就只有二十九歲的環縣人董福祥領導的部隊了。
金順和劉馨集的部隊於9月下旬在陝西東北部的綏德擊敗回民起義軍，獲得大勝。湘軍搗毀十多座村堡，斬殺兩千多人。
黃鼎所部在長武擊敗白彥虎的部隊，白彥虎等首領從甘肅正寧奔向陝西三水，進軍旬邑東北方三十里處的職田鎮。餘明發和李大有率部阻擊，大敗陣亡。
白彥虎於10月6日率領一萬人攻打職田，劉倬雲率部阻擊。起義軍藉著夜色的掩護襲擊湘軍軍營，未能攻克，連夜撤走。
左宗棠從連鎮抵京覲見，清廷詢問陝西甘肅的作戰還要持續多久，左宗棠奏答：五年可以辦完西北的軍事。
左宗棠離京後，率部返回陝西，從河南西北部的孟縣渡到黃河以南，先派卓勝的部隊入關。
雷正綰部於10月下旬攻打靈臺，回民起義軍從瓦雲驛趕來襲擊，雷正綰率部奮戰，將起義軍擊退。
陝西的綏德於10月23日遭到起義軍的攻擊，成定康率部將起義軍擊退。
雷正綰和黃鼎所部於10月25日在上良擊敗起義軍。
楊佔鰲在11月9日進入肅州城，同回民起義軍言歸於好。他的部隊於9月底包圍肅州之後，他就著手開始招撫，直到起義軍懇求投降，楊佔鰲同意在烏魯木齊會商，此時獲得成功。txt電子書分享平臺
1868年，同治七年（10）
楊佔鰲向清廷報告肅州已經收復。清廷對楊佔鰲“保全涼州，接濟省垣，收復肅州”十分滿意，賞穿黃馬褂，賜官正一品。他的曾祖父、祖父、父親和他的夫人謝氏與黃氏，也以一品官和一品夫人賜封。
成祿仍然逗留肅州，不肯出關。肅州以西各城的官紳希望左宗棠的部隊早日開到。清廷也把所有的希望寄託於左宗棠的湘軍。
左宗棠於11月26日抵達西安，令高連升率部駐紮甘肅平涼的廟莊和楊店；令周紹濂分兵駐紮雙柳樹；令魏光燾率部進駐王家角，以達慶陽；令劉端冕率部進駐富縣和甘泉，扼守東西的關鍵地區；令吳士邁和朱德樹率部趕赴鳳翔；令黃鼎率部駐紮彬縣；令張嶽齡和喻步蓮率部駐紮千陽和隴州；令奉駱
