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高蘇維埃透過了一項法令，要求將納戈爾諾…卡拉巴赫併入亞美尼亞。12月4日，作為對這項法令的回應，亞塞拜然最高蘇維埃主席團也透過了一項法令，要求保持納戈爾諾…卡拉巴赫的現狀。這是與莫斯科透過的措施相牴觸的。到12月底，亞塞拜然人民陣線強烈反對蘇聯關於限制透過與伊朗間的邊界的規定。12月29日，在離邊界不遠的賈利拉巴德，數千人衝擊了黨委機關和警察總部。在裡海邊的連科蘭市，人民陣線的成員控制了該市黨和政府的辦公場所，暴亂一直持續到1990年1月11日。1月13日，巴庫爆發了反對以第一書記阿卜杜爾拉赫曼韋濟羅夫為首的共和國領導人的大規模示威遊行，據說示威者要求撤銷韋濟羅夫的職務，就亞塞拜然脫離蘇聯問題進行全民公決。
一些示威者開始尋找留在巴庫的亞美尼亞人，對他們進行報復並佔領他們的房屋，這些示威者中的大部分是來自納戈爾諾…卡拉巴赫的亞塞拜然難民。1988年2月以前居住在巴庫的有20多萬亞美尼亞人，到1989年年底，其中大部分人已離開了該地。據當時居住在巴庫的國際象棋大師加里卡斯帕羅夫講，亞塞拜然難民並沒有從當地官員那裡得到他們索要的房屋和其他任何幫助。他們尋求幫助時得到的是鄙棄的對待。這使人們更有理由懷疑克格勃和當地共產黨官員發動了這場針對亞美尼亞人的集體迫害事件，目的是暗中嫁禍並削弱人民陣線。這方面的另一個例子是，當人民陣線以及其憤怒的追隨者不僅在巴庫，而且在納希切萬和該共和國其他地區繼續對蘇聯的統治提出挑戰時，蘇軍的介入延遲了好幾天。與此同時，蘇聯官方新聞機構大肆宣傳人民陣線的“恐怖行為”，將巴庫描述為從“一個現代城市退回到了中世紀時代”。然而，幾個訊息來源都認為戈爾巴喬夫及其助手是動亂爆發和軍隊介入的罪魁禍首。
巴庫地方當局也有不可推卸的責任。事件發生很久以後，亞塞拜然最高蘇維埃成立了一個專門委員會，負責對整個事件進行調查。該委員會得出的結論是：“戈爾巴喬夫、普里馬科夫、吉連科、亞佐夫、克留契科夫、巴卡金、瓦連尼科夫以及原蘇聯政治機關和軍事機關的其他高階官員，應對蘇軍在亞塞拜然的犯罪行為負全部責任。”當然，從中我們只能知道此事件涉及戈爾巴喬夫總書記和他在內務部、克格勃和國防部的高階助手們。然而，該委員會同時也指出，鑑於它沒有條件直接審訊亞塞拜然事件中的兇手，要把他們的罪責毫無遺漏地全部列舉出來也是不可能的。
1991年12月，該委員會從亞塞拜然國家安全部提供的情況中獲悉，1990年1月，三位當地克格勃官員博布科夫、皮羅日科夫和阿格耶夫，在莫斯科克格勃總部派出的若干同夥的支援下，設法進行了一系列地下活動。但巴庫的前克格勃頭子的說法卻與此不同，他說1月19日軍隊一介入，克留契科夫就在電話中告訴他，克格勃已經徹底失敗了，現在亞塞拜然的一切問題都得由蘇聯內務部和國防部決定。雖然這兩種說法在對克格勃的行動效果的判定上大相徑庭，但它們都沒有否認克格勃曾試圖對形勢施加影響。
人民陣線領導層的一位成員阿赫提巴爾馬梅多夫作證說，蘇軍干預的前夕，普里馬科夫和吉連科把他召到巴庫黨的總部告訴他，為了防止亞塞拜然從蘇聯分離出去，需要出動軍隊，不論付出多大代價都要阻止它脫離蘇聯的行為。他們還告訴他，亞佐夫將軍已經發布了一項命令，如果蘇軍部隊被阻止進入該市，他們將“用火海淹沒所有抵抗力量”。同一天晚些時候，巴庫衛戍司令警告他說，軍隊一旦接到命令，“他們將難免不傷害小孩和婦女”。
1990年1月19~20日蘇軍部隊進入巴庫時，其目標明顯有兩個，即摧毀人民陣線和清洗地方領導層。清洗地方領導層的工作馬上就開始了，但進行得不太順利。1月20日，韋濟羅夫被免去了黨的第一書記的職務，暫時由他的副手接任。在莫斯科，戈爾巴喬夫會見了亞塞拜然總理阿亞茲穆塔利波夫，與他討論了蘇軍從巴庫撤出的條件。勃列日涅夫時期曾擔任亞塞拜然黨的第一書記、1985年被戈爾巴喬夫清洗掉的阿利耶夫蓋達爾在莫斯科公開反對蘇軍進入巴庫，並要求其撤出。亞塞拜然最高蘇維埃設法於1月22日開了一次會，要求蘇軍立即撤出去。這樣，戈爾巴喬夫的政策不論在莫斯科還是在巴庫都遇到了挑戰，那裡的政治形勢即便在軍事管制下也依然不穩定。
摧毀人民陣線需要若干天時間，但其最後的結果或許具有更大的影響。人民陣線不僅進行了武裝抵抗，而且據蘇聯國防部部長亞佐
