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整個荷蘭東印度帝國的最高管理機構是東印度群島委員會。公司總座是委員會的召集人，但一般的總座並沒有絕對權力。儘管總座是委員會主席，卻不被允許不受委員會控制地獨立做任何重要決定。
總座權力大小取決於他在阿姆斯特丹的政治資源，取決於他個人的奮鬥，也取決於歷史的程序。自1610年至今的31年，東印度公司在亞洲經歷了八位總座，讓。皮特埃茨。科恩與安東尼。範。迪門是權力最大的兩位。如果不算科恩之前的三任，從巴達維亞建城算起，東印度公司經歷了科恩、彼得。德。卡彭蒂爾、科恩（二次就任）、雅克。斯派克斯、亨德里克。布勞威爾、安東尼。範。迪門，共5位領導人。這個歷史時段的東印度公司總座沒有庸才，其餘幾位的功績可能不及科恩與範迪門耀眼，但依然在公司的擴張與征服中做出了水準之上的貢獻。
總座之下的二號人物是全面管理公司在亞洲貿易的總幹事。科恩與範迪門在就任總座之前，都曾擔任過總幹事一職。強勢的總幹事，某些時候可以與總座分庭抗禮。
理論上，其餘五位委員的職司並不固定，一般有首席簿記員、司法評議會主席、軍隊司令、商船隊管理和其他分管業務等。司法評議會主席的一項重要工作是給城內的歐洲人證婚。但由於委員經常會出現去職、病亡等情況，滿員的時候並不多，也會出現交叉任職現象。
在委員會做任何決定之前，必須要有7張正式的選票，如果在職的委員沒有7個，投票權往往會移交給所謂的“特別”委員。如果碰到特別重要的問題，總座有時會派船前往涉事殖民地去徵集一張他們的選票。這7個委員之間的協作與分歧往往取決於他們各自代表的家族、勢力和個人品質。
東印度公司在亞洲的生意分為三種，一種是透過“自己征服獲得的貿易”，如巴達維亞、班達和臺灣。第二種是基於公司與本地國家“簽署的排他性合約”項下的貿易，如與香料群島的德那地蘇丹國；第三種是基於商業合同下的貿易，如暹羅、日本、印度，在這種地方公司沒有任何特殊地位，也不能強制執行任何檔案和法律。
這三種情況並不是一成不變的，也有很多介於三種典型之間的情況出現。讓人尷尬的是，公司在自己征服獲得的貿易項下，利潤是最低的，像巴達維亞本地貿易和臺灣，長期處於虧損狀態。軍事和戰爭導致公司在這些地域負擔的義務過重。
公司毫無特權的日本和印度，則提供了最大的利潤來源。在那裡，荷蘭人只要悶頭做生意，不需要考慮打仗和其他亂七八糟的東西。
同樣的原因也導致了英國東印度公司在安汶大屠殺之前，一直只想安靜的貿易，沒有與任何當地國家交戰的想法。
基於不同的貿易型別，荷蘭東印度公司在分支機構的設定上也頗有不同。在巴達維亞、馬六甲、班達和臺灣，荷蘭人是純粹的征服者，這就要求在這些地方設定類似地方政府的機構，並派駐軍隊。
1640年前後，安汶、班達、摩鹿加群島、科羅曼德爾海岸的奈格帕特南、錫蘭和馬六甲，是公司六個最重要的分支機構，巴達維亞在這裡派駐有行政長官。在孟加拉、蘇拉特和波斯，公司設定有貿易主管。在萬丹、日本和帝汶島是駐紮官或是首席幹事。
地方也仿造巴達維亞的權力結構，地方首長與一個委員會共同負起管理責任。地方首長是委員會主席，其他包括有分管貿易的商務員、軍事指揮官、首席簿記官和司法部門的最高官員，檢舉人或者檢察官。當然，在實際執行中，情況也往往會發生變化。
荷蘭東印度公司在亞洲設立了一個人數也許不多，卻很全面很正規的官僚機構，每日間都充斥著有趣的官僚遊戲。
在這一點上，英國人就要靈活的多。英國東印度公司在亞洲就沒有太複雜的官僚機構。英國人的薪水待遇也普遍高於荷蘭人。並且公司董事會允許職員在公司的生意中跟投，在船上主動分出部分噸位供員工使用。英國人認為這能有效激發員工的工作熱情，將員工的利益與公司捆綁在一起。
荷蘭人則恰恰相反，董事會嚴禁員工以權謀私。這反倒造成了貪汙與走私在亞洲盛行。山高皇帝遠，阿姆斯特丹派人到巴達維亞路上得花8個月，倒黴的時候，還得花上18個月。荷蘭人的航路缺少補給點，除了在英吉利海峽可能遭遇到敵國艦隊，他們在路上還要經過三段危險的航程。第一段在幾內亞灣附近，他們只能在很狹窄的“小航道”上行駛。一旦偏離航道，要麼被洋流捲進危險的
