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群人，都分別指出功過，奏請升黜。同時他對於大同總兵馬芳，嚴重地提出彈劾。他認定馬芳行賄，當然非嚴加懲處不可。百朋是閱視大臣，這一點完全沒有做錯；但是居正是首輔，便不免有無限的遲疑。明代的軍隊，久已是一個腐化的機構，從下層到上層，是層層的剝削。總兵官是最上層的了，他再把剝削所得，分潤京官。科道受賄，兵部受賄，有時大學士也受賄。舞弊貪贓，成為一般的風氣。遇到清明的高階長官，談不到賄賂，總兵官便和長官底家丁聯絡，高階長官也難免受到一些嫌疑。明朝中葉以後，武人在社會中底地位，正在逐日地低落。當他們到兵部領取公文的時候，三軍司命的總兵官，都要長跪，這是奴才，不是長官。他已經取得奴才底身分，那麼和大官底家丁聯絡，也正是恰巧適合，整個國家底命運，付託給這一群人物，不能不算是前途的大慮。居正看到這一點，所以到萬曆元年便有西北邊用書生為將的意念。（書牘五《與王敬所論大政》）書生受的文化陶冶多了，自然會比較地注重名節和操守。這是後話。但是隆慶六年，居正還是遲疑。吳百朋彈劾馬芳的奏摺到了，言官們又在彈劾宣府總兵趙奇，居正只是說：
僕與馬、趙，素不識面。異時當國者之家奴，率與邊將結拜，鮮不受其啖者。自僕任事以來，內外隔絕，幸門盡墐，朝房接受公謁，門巷間可張羅，亦無敢有以間語譖言，入於僕之耳者，又何所私庇於人。即此兩人之狡猾無狀，僕豈不知？第以其俱嚄唶宿將，部下又多獷少，代者未必能馭，即有瘢纇，猶可驅策而用之。貢市羈虜，本難久恃，猝有緩急，無可使者，故為保全，徒以為國家耳。土大夫乃獨不諒鄙心，謂之何哉！（書牘五《答薊鎮巡撫言優假將官》）
但是居正保全不得了。吳道南正在攻擊居正，認定他是包蔽馬芳，忽略吳百朋。怎樣辦呢？馬芳免職了，同時居正再給百朋去信：
馬帥褫職，國法已彰。僕以淺薄，謬肩重任，雖不足以當天下事，然一念公虛平直，則可以告於天地祖宗之靈，不敢措一毫私意於其間也。乃昨吳少參（指吳道南）有書，甚為公不平，其辭怨憤，使人難堪。今九邊之事，宣大為重，不以付之他人而託公者，以公為心知故也。又面請於上，特賜命服以寵其行，公視僕此心為何如哉！渠乃以僕為厚猾帥而薄故舊，豈不厚誣我哉？區區之心，惟公垂鑑焉。（同卷《答閱視司馬吳堯山》）
居正底一番苦心，沒有得到同僚底諒解，但是他對於北邊的佈置，始終是著著不懈。對於九邊重鎮，他派人巡閱；對於九邊督撫，他注重人選：這是對內的事。他對外的策略，也是不斷籌措。北方的韃靼，除了土蠻一支以外，俺答這一個系統，已經透過封貢手續，和明朝處在停戰狀態中了。俺答對於幾個重要的領袖，如他底胞弟昆都力哈，胞侄永邵卜、吉能，以及他底兒子黃臺吉，本來是可以指揮的，但是因為那時的韃靼，是一個組織不健全的部族，實際不能合作。居正底計劃是要儘量地使他們分離為無數的單位，單位底增加，便是力量底減小。韃靼沒有聯合向北邊進攻的能力，國家底安全便增加一層保障。
隆慶五年，謠傳昆都力哈（即把都）和吉能死了，居正準備扶植把都底兒子青臺吉，使他和黃臺吉對抗。他說：
把酋之子，不知何如。僕料黃酋必思東並，今當扶植青把都，使之力抗黃酋。黃酋若有東並之志，只可責之以大義，亦不必力禁之。待其兩敝而歸命於我。（書牘四《咎總督王鑑川計處黃酋》）
把都、吉能，一時俱殞，黃酋亦且病發，天之亡彼，於茲見矣。但在我處之，須以恩信。其子但能管束其部落，即令告於順義，奏請襲職，不必擇賢。要令其勢分而釁構，則我可因其機而制之，數十年之利也。（同卷《答王鑑川論東運之衰》）
俺答底問題解決了，但是一個桀驁不馴的黃臺吉，連俺答也無可奈何。昆都力哈之妻，又聯絡永邵卜，不肯進貢，事情有些棘手。隆慶六年居正當政以後，又說起：
昆婦愚悍，似無來期，永邵卜雖為所牽，終貪嗜關市財物，可招而致，然皆無足為輕重，第常以大義責之，時出小利誘之，毋令東合土蠻，為薊鎮害，足矣。（同卷《與王鑑川言虜王貢市》）
就在這一年，昆都力哈提出要求來了，他要和俺答一樣封王。封王只是一個名義，在中國沒有什麼損失，但是中國不能受他底威脅。居正明白現在不是世宗時代了，中國有的是準備。所以他再和王崇古說：
辱示昆都力、黃臺吉二酋事情，先已有人言之。黃酋驕悍，誠為難馴，然剛躁寡謀，
