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（Lucas Alamán）的策劃下，恰帕斯舉行公民投票，結果萬票贊成與墨西哥合併，萬票主張與瓜地馬拉合併。在投票過程中，印第安人受到主張與墨西哥合併的教士的操縱，駐紮在附近的特旺特佩克（Tehuantepec）的墨西哥軍隊對投票人進行恐嚇。1824年9月14日，除索科努斯科（Soconusco）以外的整個恰帕斯正式併入墨西哥。1842年，在遭受瓜地馬拉的一次入侵後，索科努斯科也加入墨西哥。但是，由於獨立後的墨西哥政府的軟弱，加上與其他地區在地理上的隔離，恰帕斯的當地精英在相當長的一段時間內擁有很大的自主性。
獲得獨立的墨西哥擺脫了西班牙的殖民統治，但是，歐洲和北美的企業家接踵而至，在墨西哥投資生產供工業化國家需要的農、林、礦產品。在恰帕斯，他們發現了兩種最有價值的物產——木材和咖啡。
如果設想從恰帕斯的西北角到東南角劃一條斜線，這條線以西是相對繁榮的索科努斯科海岸，肥沃的馬德雷山（Sierra Madre）斜坡以及格里哈爾瓦河谷；這條線以東是中央高地和東部低地，也是印第安人的主要聚居區。由這條虛幻的線分開的兩部分走上了不同的發展道路，形成了不同的政治和文化歷史。
19世紀，恰帕斯東部的主要經濟活動是歐洲人經營的木材生意。到19世紀90年代，歐洲木材公司在烏蘇馬辛塔河（Usumacinta）及其支流流域開採古老的桃花心木和雪松，這是製作傢俱的極好材料，價值昂貴，歷史學家簡·德·博斯（Jan de Vos）稱之為“綠色黃金”。由於這兩種樹木稀稀落落地散佈在整個森林地區，可能一公頃的面積內僅有一兩棵成熟的樹木，因而木材公司佔據了穿越森林的河流兩岸的大片土地，他們在河岸搭建臨時營地，僱用那些採集樹液製作口香糖的印第安人尋找這兩種珍貴木材。一棵樹木被放倒後，用牛將樹幹拖到溪流岸邊，等河水上漲時將其漂往下游。然後，木材公司將其製作成厚木板，用船運往利物浦或倫敦，拍賣給整個歐洲的傢俱製造商。一旦一個地區的樹木被採伐完畢，木材公司即將營地遷往別處。公司的印第安人勞工由於負債於向他們出售食物和飲料的公司商店，沒有人身自由，類似於奴隸狀態，也隨公司的營地遷移。這種產業，滿足了歐洲的需要，但沒有給當地留下居民點、道路、鐵路或其他建設性的基礎設施。
種族之戰（2）
相比之下，恰帕斯西部山區咖啡種植園的發展的確對恰帕斯地區經濟的增長作出了貢獻。這裡的種植園是隨著19世紀中期美國加利福尼亞的淘金熱而興起的。由於美國東西部大陸交通不便，東部的人需乘船繞過南美南端的合恩角進入太平洋沿岸北上，前往加利福尼亞淘金，這條運送淘金者的航線也開闢了將原材料和食品運往北大西洋港口的道路。外國企業家，主要是德國人利用這一突如其來地進入北大西洋市場的途徑，前來投資經營咖啡種植園。恰帕斯的索科努斯科海岸馬德雷山肥沃的陡峭山坡是種植咖啡的理想場所，於是，這裡出現了大的種植園。直到現在，這些咖啡種植園仍提供墨西哥30％的咖啡出口量。
咖啡種植園帶動了鄰近地區的經濟增長。格里哈爾瓦河谷的低地向咖啡種植園提供食品和家畜，在19世紀後半期成為商品農業的基地。隨著經濟實力的增強，這裡的農牧場主開始向中央高地的舊寡頭集團展開挑戰。當時的墨西哥，統治集團的兩大派別——保守派和自由派，正為爭奪國家政權進行激烈的角逐。保守派主張保留教會和軍隊特權，自由派主張為促進企業發展沒收教會土地。恰帕斯的精英分子也捲入了這場政治漩渦。隨著兩派的衝突演變為內戰，恰帕斯中央高地的精英希望維護他們對高地地區的經濟和印第安人勞動力的控制，加入了保守派；而低地的農牧場主覬覦格里哈爾瓦河谷的教會莊園土地，加入了自由派。
1860年，自由派擊敗了保守派，1861—1867年法國干涉的失敗進一步削弱了恰帕斯州中央高地的保守派力量。1863—1864年間保守派曾一度控制州政權，但很快，自由派重新獲得了州政權。1869年，自由派將首府自聖克里斯托瓦爾西遷至低地地區的恰帕德庫爾索（Chiapa de Corzo），不久後又遷往圖斯拉古鐵雷斯，進一步削弱了中央高地的保守派力量。
兩派鬥爭加劇了印第安人的負擔。雙方都增加了對印第安人的稅收，並強徵印第安人充作腳伕和士兵。保守派失敗、自由派掌權後，印第安人村莊的官員——“秘書官”（
