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事態（指東京受到空襲）發生，即使南方作戰全勝，海軍也會被輿論強烈譴責，從而招致國民志氣的低下。”
山本五十六的想法是對的。
美國人已經從最初的震驚中清醒了過來，“Remenber Pearl Harbor，To Hell with Jap（記住珍珠港，把日本人趕到地獄裡去）！”成了全體美國人的口號。
巨大的美國戰爭機器已經開始開動了。
就在爪哇最後淪陷的1942年3月9日，羅斯福和丘吉爾就戰區劃分統一了意見。從歐洲到亞洲的廣袤區域被分成了三個區域，美國人負責太平洋區域的作戰以及作戰指揮，英國人負責新加坡以西到地中海的中間區域的作戰和作戰指揮，包括大西洋在內的歐洲區域則由英美聯合參謀部（bined Chiefs of Staff）共同負責作戰以及作戰指揮。
和任何其他國家一樣，美國也有陸海軍關係問題。但美國陸海軍之上還有聯邦政府和總統，因此在美國負責的太平洋戰區，最難纏的陸海軍關係也透過一種微妙的方式得到了平衡。
1942年3月30日，新成立的美國參謀長聯席會議將太平洋地區分為了西南太平洋地區（SWPA）和太平洋地區（POA），前者包括東經159度以西和赤道以南，由麥克阿瑟擔任最高司令官，而其餘部分則劃歸後者，由尼米茨擔任總司令官。
麥克阿瑟得到的命令是：“準備對日反攻，……為了將來的反攻確保澳大利亞基地”，而尼米茨得到的命令則是：“準備從南太平洋和西南太平洋開始對日本佔領地區的水陸兩棲攻擊”，就是說麥克阿瑟的戰區其實也歸了尼米茨，起碼在當時，兩棲進攻的主力是海軍，這一條的由來其實很正常，但是麥克阿瑟好像有點不太樂意，自作主張地把自己的官職也改成了“總司令官”。
美國陸海軍的內鬥、美國戰爭機器的開足馬力與向日本帝國碾了過來根本是兩回事，不能說日本海軍不明白這個道理，但是當時的日本海軍沉醉在開戰大勝的餘韻裡，從感情上就無法擺正心態，從根本上來說這就是後來中途島大敗的原因。
1942年1月30日，軍令部作戰課參謀山本祐二中佐屈尊來到長門艦上和聯合艦隊的參謀們討論下一步作戰方案，半年前可是黑島龜人一次次地從廣島灣往東京跑，現在反了過來，該由那些丟了臉的軍令部參謀到聯合艦隊拜碼頭了。
此時日本海軍已經失去了甲午戰爭和日俄戰爭時曾經有過的那種有效的指揮機能。海軍的三大衙門海軍省、軍令部和聯合艦隊之間的關係已經變得怪里怪氣，沒有了命令的上達下行這麼一說，只有各衙門頭頭個人的實力對比這麼一說。
比如軍令部在理論上應該是“執掌國防、用兵的機關，軍令部總長直隸於天皇，參劃帷幄，統轄軍令機關，執掌國防用兵計劃，傳達用兵事項”。而聯合艦隊司令長官則“直隸於天皇，總理麾下艦隊，有關軍政事項根據海軍大臣指示行事，統監艦隊軍紀、風紀及教育訓練，有關作戰計劃事宜則根據軍令部總長指示行事”。。 最好的txt下載網
中途島真的僅僅是偶然？（2）
就是說本來聯合艦隊司令長官僅僅應該是一個根據海軍省軍令部指示行事的作戰指揮長官。在甲午戰爭和日俄戰爭期間確實做到了這一點，但現在做不到了。由於國際國內形勢以及作戰方式變化加上軍令部的無能，山本五十六長官以及下屬的聯合艦隊基本上對軍令部是無視的。奇襲珍珠港作戰方案的由來就是一個證明。
現在聯合艦隊和軍令部在作戰方向上又產生了分歧，軍令部本來想佔領澳大利亞北部的計劃被參謀本部否決了，隨後又提出佔領薩摩亞、斐濟和新喀里多尼亞的計劃，稱為“FS作戰”，軍令部作戰課在課長富岡定俊大佐的領導下已經做好了作戰計劃，山本中佐這次親赴聯合艦隊，就是來和聯合艦隊的這些牛人參謀們商討作戰細節的。
可是聯合艦隊先任參謀黑島龜人大佐根本就沒有理睬軍令部的計劃，反而在教訓了山本中佐一陣以後，再告訴他聯合艦隊正準備解決錫蘭問題。
山本祐二張口結舌了：“什麼錫蘭問題？軍令部怎麼不知道？你們在搞什麼小動作？軍令部不掌握全海軍的動態怎麼指揮戰爭？”
“一樣啊，聯合艦隊也不知道軍令部要搞什麼FS作戰，等我們計劃完成了，會向軍令部說明的。”
山本真急了：“先任參謀，軍令部在組織上位於聯合艦隊之上，你們無視軍令部是一種僭越
