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這件事迅速惡化。
始皇35年，為突顯秦始皇在皇室中的地位，決定在阿房宮加建“始皇登天台”。由於此事與宗教有關，始皇乃再度要求候公和盧生為其工作。
盧生等在求取仙藥上績效不佳，為害怕始皇追究，乃趁機先提出他們的建議：
“臣等為皇上求取靈芝仙藥而屢次不獲，是因皇廷內部有不良因素之所致……。為人主者應隱蔽自己的行為以避惡神，能避開惡神，仙人才肯到來。人主所居所行，臣下都很清楚，便會有礙神明降臨意願……因此，希望皇上日常所居及言行切勿隨便為人所知，然後不死的仙藥才能順利獲得。”
經過7、8年密切相處，盧生等人的確相當能掌握秦始皇的心理。對一向缺乏安全感又好疑的皇帝，最害怕的便是別人窺視他私底下的言行。盧生這些話，秦始皇不見得相信，但正好讓他有足夠理由來刻意掩飾其私下的言行。
沒多久，有天秦始皇在新建成的梁山宮山上，看到宰相李斯的車騎陣容龐大，心中十分不滿，便作了幾句埋怨。侍從人員便將此事告訴李斯，李斯立刻減少跟隨車騎。想不到秦始皇知道這件事後，勃然大怒，表示有人洩露其私下言行，便將當時在場的太監及侍從人員全部處死。雖然這件事所牽連的大多是嬖人而已，但所有的重臣和近臣都因而大感不安，再也不敢過分的親近秦始皇了。
最感到害怕的，卻是始作湧者的盧生，他和始皇間秘密的事情最多，萬一哪天有所洩露，就準死無疑了。因此他和諸儒生相為謀道：
“始皇天性剛愎自用，併吞諸侯取得天下後，更是意得欲從，自以為功業冠古今。他重用獄吏及執法人員，雖有博士70人，備位而已。丞相等大臣也僅接受命令，一切以皇命為主。
“始皇喜歡以刑殺為威，天下人因為害怕犯罪，更想保持祿位，根本不敢真正盡忠。他從未聽過批評，所以日益驕傲，下面的人只好以欺瞞掩飾來取得皇上歡心……天下事大小均取決於上，皇上每天處理公事以石（120公斤）計算，日夜不得休息，貪圖權勢如此，是不可能幫助他求得仙藥的……。”
這雖僅是盧生逃避責任的藉口，但從這裡也可以看出，秦始皇到了晚年，由於受盧生等方士的影響，變得非常孤獨；加上工作量龐大，日夜不得休息，更使他成了緊張而神經質的人。在這樣的精神狀態下，會作出怎麼樣的事情，其實已很難預料的了。
盧生這段話，自然很快在儒生及方士間傳開，很多人更表示，連最親密的戰友盧生都跑了，始皇帝的確已到眾叛親離的地步了。
當這話傳入秦始皇耳朵時，他暴怒了，立刻下達命令：
“前些日子我下令蒐集諸子百家書籍，不中用的全燒燬，又召集如此多的文學方術之士到此，主要想讓天下能興盛而太平啊！如今韓終率領求仙者不知去向，徐市更耗費國家鉅萬錢財而毫無訊息……。盧生等人我是何等地禮遇他們，現在卻這樣的誹謗我，到處說我的壞話……。立刻去追查咸陽城內的儒生，哪個和盧生有來往、口出狂言、擾亂民生的，馬上查辦。”
從這段命令中，我們可以感受到，秦始皇悔恨、痛心又無奈的心境，身為當代最高權力者，竟陷入如此困境，內心的苦痛實非筆墨所能形容。
因此，始皇派遣御史審問在咸陽的諸儒生，儒生在害怕下，相互密告，總共牽引出460餘位和盧生有關係之黨徒。始皇下令全部活埋坑殺，罪刑較輕者發謫徙邊，這便是歷史上最有名的慘劇——坑儒事件。
焚書是出於李斯的建議，目的在進行思想統制；坑儒則是由秦始皇自己發動的，原因是向欺騙他的方士報復。
由於秦始皇這時已處在相當不正常的情緒下，因此沒有人敢表示任何意見。只有始皇的長子扶蘇，基於人道立場，向始皇規勸道：
“天下初定，遠方百姓的向心力尚且不夠，諸生都是口誦孔子的門徒，吾皇降以重罪，恐怕會使齊、楚間的百姓更為不安呢！希望皇上明察。”
尚在暴怒中的秦始皇自然無法接受扶蘇不斷的進諫，為了避免在眼前看了生氣，他下令扶蘇到邊疆去監督蒙恬的北征軍團。
扶蘇的個性很像年輕時代的秦王政，心胸則更開朗些，因此頗得本土派領袖之喜愛，秦始皇對他也相當信任。由於此事件，又失去惟一可以相信的兒子，使秦始皇更陷入嚴重的孤獨和挫折中，兩年不到，便猝死於東巡的半途中了。
始皇遽逝，趙高李斯聯手奪權
始皇36年，即坑儒事件的第二年，齊地
