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份“清君側計劃”也是起非常重大的案件。但是，戴笠並沒有馬上組織人員進行追查，而是經過縝密的考慮後決定暫不打草驚蛇，只是由軍統局的特檢處加強了對第六戰區長官部以及在陸軍大學深造的那批青年軍官的監視，以便獲取更多的證據。雖然，軍統局裡清楚戴笠與陳誠之間恩怨的人再三催促戴笠及早下手，但戴笠認為時機還沒有成熟：其一，軍統局對這批人的軍事行動計劃沒有完整掌握，難以對其性質作出正確的判斷；其二，參與“清君側計劃”的中堅分子只是些參謀幕僚人員，並不是具體帶兵的軍官，而且主要矛頭又不是指向蔣介石；其三，尚不清楚陳誠是否牽連在內，在沒有抓住陳誠的把柄之前出擊，反而會給陳誠以脫身之機最終功虧一簣。儘管軍統局的監視活動一刻也沒有停，並且“清君側計劃”的密謀活動仍在緊張的策劃之中，但由於這些年青軍官組織工作做得相當的嚴密，在相當長的一段時間裡軍統局沒有搞到更多的情報和證據。然而戴笠也不急躁，他知道對這起案件是必須要有耐心和時間的。
果然，戴笠的耐心，最終讓他等來了時機。
一九四三年二月，蔣介石命令成立“中國遠征軍司令長官部”，由陳誠出任中國遠征軍司令長官。陳誠出任後，從第六戰區司令長官部帶了一大批人員到雲南楚雄組建中國遠征軍司令長官部。這樣，原來一些策劃“清君側計劃”的青年軍官滲透進了中國遠征軍司令長官部，而且在這裡繼續進行計劃和組織實施行動。在不長的時間裡，年青的軍官們已經擬就了“清君側計劃”的組織章程和行動計劃，並決定把行動時間定在一九四三十二月十二日，這天剛好是“西安事變”七週年的紀念日。就在這些青年軍官緊鑼密鼓地進行秘密籌劃時，他們忽視了一個非常重要的問題。原先，第六戰區司令長官部地處鄂西的偏僻之處，加上交通又相當的不便利，軍統局的勢力很難涉及到。但中國遠征軍司令長官部距昆明只有百來公里的地，而云南又是戴笠的軍統局苦心經營多年的地方，不但人員集中而且勢力也雄厚，況且軍統局對策劃“清君側計劃”的青年軍官早就有監視，所以軍統局雲南站很快就把這些青年軍官制定的組織章程、行動計劃和時間搞到手了。而且，這次軍統局雲南站查清了“清君側計劃”制定者中有一位是陳誠的親戚。這時，戴笠覺得打擊陳誠的時機成熟了：一方面他當時與胡宗南和湯恩伯的聯盟已經形成，自己的實力已大大增強；另一方面距離這批青年軍人實施“清君側計劃”的時間越來越近，如果不在這之前先下手，說不定會遺患無窮。
於是，戴笠帶著該案的全部材料，親自向蔣介石面報。雖然，“清君側計劃”矛頭不是直接指向蔣介石，但在他內心裡“西安事變”的陰影仍舊難以揮去，特別是對陳誠的部下會有如此的舉動感到吃驚。蔣介石很快批准了戴笠的行動計劃，並親自給陳誠下令立即將中國遠征軍司令長官部內所有參加“清君側計劃”的青年軍官交給軍統局審訊。與此同時，戴笠下令將第六戰區司令長官部內和正在陸軍大學學習的那些參與“清君側計劃”的青年軍官進行逮捕。此次行動，所逮捕人員的總數達到六百多人，全被秘密囚禁在“中美特種技術合作所”的警衛大隊內。戴笠對被逮捕的首要分子親自進行審問，欲從他們的口供裡證實陳誠支援了“清君側計劃”。但審來審去，就是審不出有這方面的事實。此時，蔣介石儘管寵愛陳誠，而且也相信陳誠不會介入“清君側計劃”，但他作為第六戰區和中國遠征軍的司令長官應有不可推卸責任，加上國民黨內部反對陳誠的軍政大員不斷向蔣介石施加壓力，蔣介石不得不讓陳誠以養病為名主動辭去了中國遠征軍司令長官的職務，以示對陳誠的懲戒。
不久，蔣介石下令對十六位為首參加“清君側計劃”的年青軍官進行秘密處死。
可事情到此並沒有結束，戴笠在審訊中儘管沒有抓住陳誠的把柄，但透過審訊他掌握了“清君側計劃”得到了美國人的暗中支援。這支持者不是別人，就是蔣介石的對頭史迪威。蔣介石從戴笠處得到報告後極為震怒，此時史迪威與蔣介石的矛盾本已十分激烈，現“清君側計劃”有了這麼個背景，他蔣介石怎麼能容忍得了？幾天後，蔣介石要外交部正式通知美國政府，要羅斯福總統解除史迪威的職務並調回美國國內。後來，經過東南亞盟軍司令蒙巴頓將軍和美國空軍補給司令薩摹維爾將軍的出面斡旋，再加上與美國關係很深的宋家姐妹的勸說，蔣介石考慮到自己即將要參加開羅會議，終於在自己的官邸接受了史迪威的當面道歉。
但由此引起的風波並沒有過去。
