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這一空缺的出現為中世紀抹上了第一層黑暗，但是日爾曼人的蠻族文化也不是一無可取的，這就是習慣法居於王權之上，避免了國王的專制，而習慣法的修改則必須經過長老會議的認同，這就直接影響到王權統治不能儘快形成，並且促發了天主教教會的世俗化程序。與此同時，日爾曼人的習慣法還播下了立憲思想的種子，導致王權統治權威的相對有限，以致於有人評論說：“歐洲的民主起源於日爾曼人。”值得注意的是，這一文化發展空缺的填補，主要是在天主教教會的引導之下來進行的，整個填補過程至少一直延續到公元11世紀初，而這將近600年的時期便被稱為中世紀前期。
正是透過天主教教會的傳教活動，不僅促使日爾曼人放棄了原有的多神教而改信天主教，而且也促成了蠻族統治者對於天主教的宗教需要。於是，在公元496年，據說是因祈求上帝保佑而在戰爭中反敗為勝的法蘭克王國國王克洛維改信天主教，並且在兩年以後率領3000名將士接受了洗禮。以此為開端，日爾曼人的諸多國王紛紛皈依天主教，並且以天主教來作為日爾曼人各王國的精神支住，再次在歐洲的大地上確認了天主教的國教地位，這就有利於日爾曼人透過天主教來逐漸認同羅馬人的生產方式、政治體制、精神生活，盡力縮短蠻族文化與羅馬文化之間的距離。由此可見，天主教教會在傳教的同時，也在客觀上促進了文化發展的復甦，為進入中世紀後期的文化發展奠定了從物質到精神的初步基礎。
中世紀前後期的時間分界線是公元1054年，就在這一年出現了所謂的東西教會大分裂。這次大分裂之所以異乎尋常，在於其產生的原因，並非僅僅是羅馬教會與君士坦丁堡教會之間爭奪《聖經》闡釋權和基督教教會領導權的問題，而是拜占庭帝國與日爾曼諸王國之間關於文化實力的一次政治較量。顯然，雙方的這一較量難分勝負，只好各行其是，從而反映出拜占庭帝國文化實力的下降，與日爾曼諸王國文化實力的上升。這樣，以東正教為標記的拜占庭文化不斷衰落，已經失去了作為中世紀歐洲文化發展代表的可能性，而以天主教為核心的西歐文化卻不斷上升，並最終成為中世紀歐洲文化發展的代表。
如果說人們關於中世紀前期的黑暗印象與基督教，特別是與天主教毫不相關的話，那麼，對於中世紀後期的黑暗印象，則與基督教，主要是與天主教直接相關。這一點，是與教皇國的崛起分不開的。羅馬教皇與法蘭克王國國王建立了緊密的政治關係，公元756年，法蘭克王國的篡位者丕平得到了羅馬教皇的承認與支援，於是將羅馬城周圍的大片國土獻給羅馬教皇，由此而形成了教皇國，這是在歐洲出現的第一個基督教國家化的神權國家。在東西教會大分裂之後，教皇國的勢力越來越強，從政治到宗教的影響也越來越大，達到了天主教教會權威的頂峰，進入了它的鼎盛期。這一鼎盛期從11世紀下半葉開始，一直持續到13世紀末，接近兩個半世紀。
正是在教皇國的鼎盛期之中，先後出現了十字軍東征與異端裁判所，來分別顯示宗教狂熱之下的武力炫耀與宗教迫害，武力東征與宗教裁判不僅造成了大量的生命損失，而且動搖了教皇國的統治，直接影響到教皇地位的合法性，造成了教皇依附於國王的現象：公元1245年，由於權力之爭，來自德國的神聖羅馬帝國皇帝的大軍包圍了羅馬城，教皇莫諾森四世愴惶中逃到法國里昂，在法蘭西王國國王的支援下宣佈開除神聖羅馬帝國皇帝的教籍；隨後在1309年至1377年之間，一共有7任教皇在法國的阿維尼翁設立教廷，受到法蘭西王國國王的控制，以至被稱為新“巴比倫囚虜”；最後在1378年至1417年之間，由西歐各國的國王分別擁立了三個教皇。
弄巧成拙的教皇三足鼎立，導致的後果就是：一方面天主教教會內部權力分散，教皇的權力相對削弱；一方面天主教教會政治權威失落，國王的威望上升。這不僅促成了宗教改革運動的最終出現，而且推動了西歐文化發展的文藝復興。
在公元1431年至1449年之間，召開了第十七次基督教普世主教會議，首先是天主教在瑞士的巴塞爾舉行會議，一是提出與胡斯運動中的溫和派達成妥協，同意他們在宗教儀式上的某些改革主張，一是重申基督教普世主教會議的權力直接來自上帝而高於教皇，要求限制教皇的某些權力；隨後，於公元1438年在斐拉拉召開了東正教與天主教重新謀求統一的會議，由於面臨奧斯曼人入侵的威脅，東正教派出了包括拜占庭皇帝與君士坦丁堡普世牧首在內的700名代表出席會議，並
