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新編第三軍在當天下午就收到了集結整備的將令，各部開始收攏人馬，休假、探親的人員也在收到將令後往回趕，整個講武學堂連同第三軍的駐地同時進行了軍事管制和戒嚴。上海、蘇州、杭州等地的軍政司、府衙都忙碌了起來，各種糧食、彈藥、物資透過各種渠道開始往溫州運送。
溫州經過數月的治理之後，已經恢復了秩序，西殿在這裡的軍事佔領得到了百姓們的擁護，甚至很多富戶士紳們也開始轉而支援佔領者。相比只會喝富戶士紳血肉的清軍來說，太平軍在溫州的做法好得太多了，至少沒有強逼他們納獻錢糧，他們的財產得到了很好的保護。
不過和清軍交往過密，甚至是辦過團練對抗太平軍的土豪劣紳就沒有這麼好的待遇，這些人被太平軍從精神和*上完全進行了消除，財產、土地也被充公。
在溫州接連開了十多次公審大會，罪大惡極的清軍官吏、團練頭目、土豪劣紳們被一批批的押上斷頭臺。百姓們拍手稱快，開明計程車紳們彈冠相慶，幸虧當時自己沒有頭腦發熱跟著清軍和太平軍作對。西殿正是用這種方式告訴其他地方的土豪劣紳們，和太平軍作對會是什麼下場。
在清除了地方几股團練勢力之後，溫州、台州等地變成了和寧波郡一樣穩固的後方，溫州郡也就及時的成立了。作為太平軍對閩作戰的前沿郡縣，溫州、台州匯聚了蘇褔省大部分的物資，這些物資都是為前方準備的，這次新編第三軍南下也不例外，溫州依舊成了第三軍的物資儲備城市。
上海的第三軍還沒有出發，溫州就已經開始接收屬於第三軍的物資了，大到寧波郡新近採購到的西洋火炮，小到湖州出產的單兵棉布子彈袋，戰爭讓各地做生意計程車紳百姓們都得到了大筆的錢財。
溫州也不例外，當地的手工作坊、藥商都被太平軍的軍需官們訪問過。溫州幾家大一點的鐵匠作坊成了專門打造太平軍所需冷兵器的指定商家，而溫州的藥商們手上的藥材更是被太平軍蒐羅一空。連帶著溫州城內原本沒有活路的很多百姓都找到了活幹，在太平軍那裡做搬運工和隨軍民夫，待遇也是非常好的，每月的工錢足夠養活一家五口人。
不得不說太平軍自從有了參謀部和後勤部之後，的確讓將領們身上的擔子清了很多，西殿這種大規模的熱兵器作戰方式也是清軍不能抵擋的。但現在出現了問題，熱兵器作戰的確很犀利，但它對後勤補給要求也很依賴，泉州戰役就是因為物資彈藥補給跟不上而駐足不前。
雖然李開芳曾今因為颱風、雨天而導致物資補給跟不上而說過氣話。“第一軍的人就是隻用弓箭刀槍也能打下泉州！”。這話是沒錯。但西王知道後在往來的書信中大罵了李開芳一頓，說他不夠成熟，太平軍新編人馬都是用銀子喂出來的精兵，用這些精兵去和滿清打冷兵器肉搏戰。就算得勝，太平軍難免不會出現大的傷亡，這顯然是極為不划算的。
現在的清軍已經不是太平軍起兵初期那支腐朽懦弱的綠營兵了，戰爭讓雙方都在改變和成熟起來，清軍的肉搏能力開始得到提升，雖然新編第一軍的太平軍士卒們也善於肉搏，而且三三制的小單位刺刀陣絕對是清軍的噩夢，但這次他們是要攻打泉州的城牆，居高臨下的清軍可以用很多種方式給太平軍帶來傷亡。李開芳現在帶的兵不再是當年隨便招募的泥腿子兵。他們都是經過系統培訓的將士，自然不能做無謂的消耗，他們是經後太平軍向列強叫板的最大籌碼，這場戰爭還沒到拼命的時候，所以降低減員也是一種任務。
李開芳在想明白之後。他無視泉州城頭挑起的“李開芳是縮頭烏龜”的罵語，堅決的守在城外，等候支援。太平軍參謀部和後勤部的人員都為補給傷透了腦經，福建多山，這個時代的道路又非常的糟糕，加上雨水和颱風的阻攔，大批的物資積壓在溫州、台州等地，甚至連福州都積壓了不少物資。
隨著問題的出現，參謀部的人員開始重視氣候、道路條件對後勤補給的影響，在講武學堂中也開設了新的氣象學科，氣象條件和戰地交通條件能讓參謀部制定出更為精確和詳盡的後勤補給計劃，而不是像現在這樣，遇上突發問題就束手無策了。戰爭讓軍隊成長，同時更會帶動其他科技的進步，西殿的軍隊就是在不斷的挫折中開始真正的成長起來。
相比物資補給不及時，將士們的疲憊更讓李開芳擔憂。從年初開始，第一軍已經連續作戰五個多月，從寧波打到了泉州。李廷鈺在福建搞了個鄉村結寨自保的策略，很多村鎮都有地方團練兵馬，在幾次大的殲滅戰之後，第一軍的兩萬餘兵馬和五萬多鄉兵主要的任務
