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呂布心裡有數，雖然自己將眾人的工作做了細緻的分工，但由於手下人才太少，所以眾人的職權必然產生一定的混亂和重複，尤其是總參謀部那一塊，到最後各種策略還得自己拍板，這也是無可奈何的事情了。
為了增強軍隊的實力，也因為他實在弄不懂那些將軍亂七八糟的封號，呂布迫不及待的實行了軍銜制。他將軍隊按照後世的方法，分為少尉、中尉、上尉、少校、中校、上校、准將、少將、中將、上將、大將、元帥。當然，元帥作為一種尊貴的稱呼，只有特殊功勳的將領才有可能獲得。軍銜建立的同時，呂布還建立了爵位制度，即王公侯伯子男，六等爵位，每個爵位又分為三等，為了避免土地兼併政策，只有公爵以上的爵位才可能有封地，總之，這一切都是和軍功掛鉤的。因為呂布畢竟還是漢朝的臣子，爵位方面的事，只是在內部進行，對這種束手束腳的情況，呂布很憤怒，但也很無奈。
按照朝廷的標準，驃騎大將軍的地位僅次於大將軍，呂布完全可以得到大將的職位。但考慮到作為集團最高統帥的自己，佔據本應該屬於將領的官職，心中總是有些不舒服，到後來，呂布還是放棄了大將這個頭銜。
為了鼓勵將領們的進取心，呂布故意沒有讓人成為上將，最高的軍銜不過中將。張遼、高順、趙雲、顏良、文丑五人就是中將軍銜。張郃、蔣奇、韓猛、典韋、高覽等人則成為少將，而侯成、曹性等將只是准將軍銜。至於尉官則取代了以前的伍長等低階軍官，校官由以前的低階將領擔任。為了提高軍官的素質，呂布強令軍官讀書識字，同時制定了必讀的兩本書——《孫子兵法》、《史記》。活字印刷並不是很難推廣，大規模的刊印書籍成為可能，這也避免了軍官想讀書，卻沒有書讀的尷尬局面。
為了增強部隊戰鬥力，呂布改變了古代三軍的方法，部隊不再分壯男、壯女、老弱三軍，而是分為正規軍和預備役。正規軍全部由現役部隊組成，要求普通士兵年齡在十六歲到四十三歲之間，身體必須足夠強壯，為了彌補軍隊數量上的不足，呂布下令徵召壯女，自成一營，擔任醫療和後勤補給等相對輕鬆的工作。而預備役則全部由屯田兵和徵召的流民組成，閒散時進行屯田，有戰事的時候，隨時轉為正規兵，參加戰鬥，他們的軍餉也是最少的，通常用屯田的糧食了支付。為了增加預備役的數量，呂布擴大了屯田兵的數量和徵兵的標準，從而保證了部隊在人數上的優勢。
考慮到以後戰爭的主要物件是北方的軍閥和大漠的胡人，呂布再一次擴大了騎兵和弓弩兵的數量，而相應地削減了步兵的數量，他還成立了一隻專門負責攻城器械的部隊，統一管理部隊中的先進武器。在改革陸軍的同時，呂布開始招攬水戰方面的人才，他要在青州建立一支足以震懾任何敵人的水軍。
在內政方面，呂布繼續推廣屯田，來自幷州的馬和牛以及先進的生產工具極大的提高了冀州和青州的生產效率。為了刺激農民，提高他們的生產積極性，呂布咬著牙，不顧手下的反對，採取了輕徭薄賦的政策，對農民徵收十一稅，即徵收一成的稅務，這在三國時期，簡直是不可想象的優惠政策。為了避免糧食的不足，呂布還鼓勵百姓出海捕魚，同時教導百姓將賣不掉的魚曬成魚乾，極大的減輕了來自糧食方面的壓力。
為了彌補稅收方面的損失，呂布聯絡甄家、糜家等大商家，他大力發展工商業。呂布在會議上，滿懷信心的道：“我要把三州變得和京城一樣繁華。”隨著賦稅的統一，社會的穩定，呂布統治下的三州逐漸開始繁榮，經濟實力迅速增強。來自大漠和西域的奇珍異寶，來自蜀中的布帛良錦種種奇異物事，不一而足。可以說，三州繁華甲天下。
為了培養人才，徹底斷絕門閥對官場的壟斷，呂布正式宣佈不殺言官，同時從本來就十分緊張的錢庫裡撥出大量資金，興建學校、書院，免費或收取極低的費用，鼓勵人們入學。他還下令開設科舉考試，但因為剛開始起步，呂布並沒有廢除讓各地舉薦人才的政策。
呂布的舉措再一次震動了天下。曹操正努力恢復兗州的人口和生產，他現在雖然瘦死的駱駝比馬大，但也元氣大傷。手下的部隊銳減到十二萬人左右。為了儘快恢復實力，曹操也對轄下的大戶開刀了。無數大戶被安上了各種各樣的罪名，男的被殺頭，女的被充做營妓，僕人、丫鬟被釋放回家，健壯的被要求屯田有人想反抗，但曹操的軍事實力太強大了，在兗州一地，沒有人是他的對手。在曹操的努力下，兗州的人口、生產和經濟迅速恢復著。
幽州的公孫瓚，費了九牛兒二虎之力，損失慘
